红系细胞发育相关miR-196b的靶基因预测及意义

发布时间：2017-08-12 11:34

  本文关键词：红系细胞发育相关miR-196b的靶基因预测及意义

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【摘要】：目的预测红系细胞发育相关miR-196b的靶基因,并探讨其作用机制。方法应用miRbase数据库查找多物种已知的miR-196b成熟序列,比对后分析其在多物种间的保守性。应用miRanda、miRDB、Targetscan7.1、PITA和miRWalk数据库对miR-196b的靶基因进行预测,筛选重复率较高的靶基因。应用Cytoscape3.3.0和KEGG对重复率较高的靶基因进行GO分类富集分析和信号通路富集分析。查阅文献,再次筛选与红系细胞发育相关的靶基因,采用Targetscan7.1和RNA22分析其与miR-196b的结合情况。结果 22个物种具有miR-196b成熟序列,序列比对发现miR-196b在多物种间高度保守。靶基因预测结果显示,共得到5 004个miR-196b的靶基因,其中重复率较高的靶基因有302个。GO分类富集分析结果显示,miR-196b靶基因在生物学过程显著富集于发育过程、细胞过程和定位等,在分子功能显著富集于蛋白结合和物质转运等,在细胞组分显著富集于细胞突起和细胞器膜等(P均0.05)。结合信号通路富集分析结果,筛选出43个与红系细胞发育相关miR-196b的靶基因,其信号通路富集于Ras信号通路、c AMP信号通路和PI3K-Akt信号通路等(P均0.05)。结合文献,最终筛选出与红系细胞发育相关的miR-196b靶基因有5个,分别为GATA1、Cdkn1b、Pld1、Cdh1和Ntrk2,其中GATA1、Cdkn1b和Cdh1可与miR-196b直接结合。结论红系细胞发育相关miR-196b的靶基因可能为GATA1、Cdkn1b、Pld1、Cdh1和Ntrk2;miR-196b可能通过对上述靶基因的直接或间接作用激活相应信号通路,在红系细胞的发育过程中发挥生物学作用。
【作者单位】： 青海大学医学院;
【关键词】： 红系细胞 miR-b 靶基因 生物信息学
【基金】：国家自然科学基金资助项目(81441116) 青海省科技厅(应用)基础研究计划项目(2012-Z-729) 青海大学“123高层次人才培养工程”-中青年学术带头人基金资助项目;青海大学医学院中青年科研基金团队项目(2014-KT-1)
【分类号】：R331
【正文快照】： 微小RNA(miRNAs)是一种约有22个核苷酸的内源性非编码小RNA,通过与靶mRNA的不完全性互补配对,在转录后水平调控基因表达,参与生命体发生、发展和死亡的生物学过程[1]。miR-196家族通过对其靶基因的调控,在机体正常发育和肿瘤发生中发挥重要作用[2]。miR-196b在不同的细胞中表

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本文编号：661418