基于BRB-ArrayTools挖掘与TGF-β致肺纤维化疾病的相关分子靶点

发布时间：2021-11-02 06:05

　　目的:基于生物信息学方法在两种肺纤维化疾病模型中探寻TGF-β致肺纤维化疾病的分子靶点。方法:运用BRB-ArrayTools软件,从TGF-β作用肺成纤维细胞基因芯片数据集GSE1724和BLM作用C57小鼠肺组织基因芯片数据集GSE485中,筛选出差异表达基因。然后运用DAVID生物信息学在线工具对差异表达基因进行功能聚类,结合KEGG代谢通路和BioCarta调控通路数据库进行生物学通路分析,运用MSigDB分子特征数据库搜寻差异表达基因[-2kb,2kb]区域富集的转录因子结合位点来分析差异表达基因的生物学功能。结果:①通过分析TGF-β与BSA作用正常组成纤维细胞后的表达谱差异,筛选出35个差异表达基因;分析TGF-β与BSA作用IPF成纤维细胞后的表达谱差异,筛选出27个差异表达基因。正常组差异表达基因大多与转录调控相关,IPF组差异表达基因多与多糖类信号转导、生长因子、微管发生相关。正常组中Hedgehog信号通路受调控,该通路中GAS1、IHH、BMP4表达下调。②分析BLM作用C57小鼠1、3、14天后与对照组表达谱差异,分别筛选出190、345和527个差异表达基因... 

【文章来源】：苏州大学江苏省 211工程院校

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【学位级别】：硕士

【部分图文】：

TGF-β作用正常组后分层聚类图

12图 3 TGF-β作用正常组后基因表达丰度曲线注：图 3 中的 cluster 代表聚类分析时的各类，括号中数字表示该类包含的表达相似数，横坐标为各组 GSM 的编号，纵坐标代表 mRNA 的表达丰度。

图 4 Hedgehog 信号通路2 TGF-β作用 IPF 肺成纤维细胞后结果2.1 分类对比结果TGF-β作用 IPF 肺成纤维细胞后差异表达基因的筛选。根据表 1 中的设计，将 GSM29938、GSM29944、GSM29950 定为一类，将 GSM29941、GSM29947、GSM29952 组定为第二类，有 12625 条基因参与分析，5626 条基因通过滤过标准分类对比筛选出 27 条差异表达基因(见表 4)。


本文编号：3471483