转录组测序分析COPD患者外周血单个核细胞lncRNA表达差异

发布时间：2023-01-08 18:05

　　目的:筛选慢性阻塞性肺疾病（chronic obstructive pulmonary disease,COPD）患者外周血单个核细胞中异常表达的lncRNA。方法:收集本院3例COPD病人与3例正常人对照外周血,分离单个核细胞,提取RNA后进行转录组测序,根据P＜0.05且|log2FC|＞1计算两组样本的表达差异,绘制差异lncRNA热图与火山图。通过Lncpro数据库可能预测差异lncRNA调控的mRNA,并进行GO功能与KEGG信号通路聚类。结果:COPD组和对照组两组间满足P＜0.05且|log2FC|＞1差异条件的lncRNA共计67个,其中上调33个,下调34个。靶基因主要富集的GO功能:多细胞生物过程的调控功能、发展过程的调控功能、结构体形态发生功能、系统发展功能与发展过程功能。靶基因主要富集的KEGG信号通路:多物种凋亡通路、TGF-β信号通路、补体和凝血级联通路、结肠直肠癌通路与细胞凋亡通路。结论:本研究结果提供了COPD外周血单个核细胞中lncRNA表达变化的一般情况与可能调控功能与通路,可能有助于阐明COPD的潜在机制。 

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【文章目录】：
1 资料与方法
    1.1 外周血收集
    1.2 单个核细胞分离
    1.3 RNA提取与测序
    1.4 生物信息学分析
2 结果
    2.1 鉴定到的lncRNA总数与类型
    2.2 测序结果lncRNA总数与差异情况
    2.3 差异lncRNA靶基因GO功能与KEGG信号通路富集分析
3 讨论



本文编号：3728940