Wrapper-Filter混合算法在早期矽肺生物标志物筛选中的应用

发布时间：2024-06-08 02:07

　　矽肺是吸入二氧化硅粉尘颗粒所致的以肺间质纤维化为主的全身性疾病。早期健康监护是矽肺防治的关键环节,但至目前尚无有效的早期健康监护指标。探讨矽肺的发病机制和探索发现血清早期诊断(筛检)的生物标志物,对预防、治疗乃至最终消除矽肺具有重要的经济和社会意义。近年蛋白质组学技术特别是质谱技术的发展为矽肺诊断开拓了新领域,一种新的应用功能磁珠、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)和ClinProTools软件包组成的ClinProt系统以其高敏感性和可重复性被用于血清蛋白质表达谱的研究[1]。利用磁珠分离、去除样品中的高丰度蛋白和其他杂质,同时富集低丰度目的蛋白。经飞行时间质谱测定得到在矽尘暴露人群和正常对照组之间表达差异的蛋白质,为寻找矽肺生物标记物提供重要的的线索。如何从高通量的血清蛋白质谱数据中筛选出可能的疾病早期标志物,是应用质谱技术进行疾病分析的的前提。本研究采用液体蛋白芯片飞行时间质谱作为检测手段,将Relief算法、遗传算法结合支持向量机(SVM)应用于MALDI-TOF-MS质谱数据,构建矽尘暴露人群诊断模型,筛选早期矽肺血清蛋白生物标志物,其拓展的分析技术...

【文章页数】：69 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图1无尘肺0期与正常对照组对比软件自动提取可用峰Fig.1TheselectedpeaksbyClinprotools

mixture(4pmol/ul)按1:5混匀后点1ul，待干燥后点1ul基质。（3）参数设置：采用线性阳离子模式，第一离子源25KV，第二离子源23.45KV，检测范围800-10000Da。每个样品点四个靶点，每个点100shots，选8个不同位置累计80....

图2无尘肺0期与正常对照组对比Gelview图谱

统计学意义的差异蛋白，本研究中采用了Clinprotools软件内置的QC(QuickClassifier)算法和SNN(SupervisedNeuralNetwork)算法。4结果1)无尘肺0期与正常对照组比较分析图....

图3无尘肺0期与正常对照组对比模型结果示意图

图3无尘肺0期与正常对照组对比模型结果示意图Fig.3TheperformanceofmodelbuildingbyClinprotools由图3所示在无尘肺0期与正常对照组对比，Clinprotools软件利用神经SNN和快速分类算法QC....

图4无尘肺0+期与正常对照组对比软件自动提取可用峰Fig.4TheselectedpeaksbyClinprotools

图3无尘肺0期与正常对照组对比模型结果示意图Fig.3TheperformanceofmodelbuildingbyClinprotools由图3所示在无尘肺0期与正常对照组对比，Clinprotools软件利用神经网络算法SNN和快速分类算法....

本文编号：3991292