ATRX对染色质开放性和基因表达调控的作用研究

发布时间：2021-10-16 19:19

　　地中海贫血伴精神发育迟滞综合征基因（α-thalassemia mental retardation X-linked,ATRX）是染色质重塑蛋白SWI/SNF2家族的成员,其在癌症中的重要作用日益凸显。大量研究发现,ATRX在胰腺神经内分泌肿瘤、成人低级别胶质瘤、儿童多形胶质母细胞瘤、儿童肾上腺皮质癌、骨肉瘤、神经母细胞瘤和肝癌等多种肿瘤中发生突变。并且ATRX突变与非端粒酶依赖的端粒替代延长机制（alternative lengthening of telomere,ALT）之间存在密切的相关性。尽管ATRX的染色质重塑作用和DNA结合序列特征已被广泛研究,但是在肿瘤细胞中,ATRX介导的表观修饰改变,特别是针对异染色质区域的调控效应还未见报导。本研究利用CRISPR/Cas9技术构建了ATR 基因敲除的人肝癌细胞PLC/PRF/5;利用转座酶可及性核染色质区域测序技术（assay for transposase-accessible chromatin by sequencing,ATAC-seq）,分别对高度重复的异染色质区域和常染色质区域的开放性在ATRX敲除前后的变化进行了... 

【文章来源】：北京协和医学院北京市 211工程院校 985工程院校

【文章页数】：69 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图１?Ｗｅｓｔｅｒｎ?Ｂｌｏｔ验证的敲除效果??

使用Ｓｋｅｗｅｒ去除接头前后，分别利用ＦａｓｔＱＣ进行质量控制。ＦａｓｔＱＣ分??析结果显示，接头去除较为彻底，而且由于切除了?ｒｅａｄｓ前后的低质量碱基，??整体的测序质量有所提高。图２所示为ＡＴＡＣ＿Ｋｌ＿Ｒｌ．ｆｑ的质控结果，包括其??在内，６组ＡＴＡＣ－ｓｅｑ在去除接头后全部通过质控。??Ａ?Ｂ??Ｈｉｌｌｌｌｌｆ?—??ＣＤ?藍??图２?ＡＴＡＣ＿Ｋ１＿Ｒ１．?ｆｑ质控结果（Ａ）去接头前碱基质量（Ｂ）去接头前接头含??量?（Ｃ）去接头后碱基质量（Ｄ）去接头后接头含量??接下来，我们使用ＰＥＰＡＴＡＣ流程，对６组ＡＴＡＣ－ｓｅｑ数据的比对情况进行??评估（表２，图３）。如图所示，６组样本中大部分ｒｅａｄｓ都比对到了线粒体，??这可能是由肝细胞中线粒体数量较多和细胞核提取不彻底共同造成的。除此??之外，我们发现每组技术重复之间比对到每种序列的比例较为稳定，说明这??两组技术重复比较可靠，有利于接下来的数据分析。??表２?ＡＴＡＣ－ｓｅｑ样本数据量及比对率??２４??

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本文编号：3440360