国内肠道病毒流行株全基因组序列扩增方法的建立与评价

发布时间：2021-12-29 10:21

　　背景和目的:手足口病近年来在我国和东南亚地区国家造成了数百万的感染,导致严重的公共卫生问题。在我国呈高发趋势的手足口病病原体是肠道病毒EV-71型和柯萨奇病毒CV-A16型。深入研究肠道病毒的基因组特点和进化规律,将对手足口病的流行和防治起到至关重要的作用。虽然目前临床诊断肠道病毒以检测到病毒核酸为确诊指标之一,但只是确认病毒的局部特征片段,并不能获取全基因组序列,不能支持肠道病毒的深入研究,而对肠道病毒进行基因组比较分析必须首先找到能够扩增我国肠道病毒流行株的引物。本研究通过调查近年来我国肠道病毒流行株的全基因组序列,建立一种能够获得我国肠道病毒序列的通用扩增方法,为今后的手足口病流行病学分析、致病机理等打下基础。方法:收集我国近五年各地报道的肠道病毒流行株全基因组序列作为参考序列,对参考序列进行比对分析,在保守区设计通用引物,以本实验室保存的肠道病毒毒株对引物进行筛选和验证。利用经过优化的3’RACE、长距离PCR扩增肠道病毒编码区和3’UTR区,利用简并引物扩增肠道病毒5’UTR区,获得肠道病毒的全基因组序列。使用Ion Torrent PGM二代测序仪对扩增产物进行深度测序以对... 

【文章来源】：军事科学院北京市

【文章页数】：81 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

肠道病毒5‘UTR区532bp至568bp比对结果

肠道病毒5‘UTR区7bp至27bp比对结果

图 1.3 P3U-T 引物逆转录肠道病毒 RNA 获得肠道病毒全长的 cDNA 产物 P3U-T 引物逆转录得到的 cDNA 为模板进行长距离 PCR 扩增，验 P3U-T2 引物的有效性。我们对上述引物的扩增产物进行琼脂糖电图 1.4 显示，DNA 电泳泳道从左至右依次是 Marker、HEV-96、H19、HEV-1376，可见 4 株肠道病毒均成功扩增出长度约 7000bp 左右特异性扩增。该 DNA 电泳图结果显示 P3U-5 引物和 P3U-T2 引物病毒多聚蛋白编码区和 3’ UTR 区序列，且扩增的特异性较好。

【参考文献】：
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博士论文
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本文编号：3555933