新型冠状病毒关键受体ACE2基因启动子的生物信息学分析

发布时间：2022-12-23 22:12

　　为探究新型冠状病毒（SARS-CoV-2）关键受体ACE2基因的启动子、CpG岛、转录因子以及SNP位点,从GeneBank数据库获取人ACE2基因组序列和其在染色体的定位信息,并且利用多种生物信息学工具对其上游5′端的启动子、转录因子结合位点、CpG岛、SNP等进行预测和分析。结果表明,人ACE2基因5′调控区2 100 bp区域含启动子序列;Promoter 2.0和NNPP数据库推测其区间分别存在1个、2个启动子;AliBaba 2.1和PROMO数据库预测到其启动子保守区域共同的转录因子结合位点为24个;当设置Relative profile score threshold为95%,JASPAR网站预测到7个潜在的转录因子EOMES的结合位点;此外,EMBOSS,MethPrimer及CpG finder均预测存在1个CpG岛,而且位于282～558 bp,大小为277 bp;SNP function prediction还发现了7个SNP位点。本研究将为SARS-CoV-2的疫苗研制和新药开发提供新的思路。 

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 人类ACE2基因的序列信息来源
    1.2 重要的生物信息学数据库网站
    1.3 方法
        1.3.1 人ACE2基因序列的获取
        1.3.2 人ACE2基因启动子区域序列的获取
        1.3.3 人ACE2基因启动子序列的分析
        1.3.4 人ACE2基因转录因子结合位点的分析
        1.3.5 人ACE2基因启动子CpG岛分析
        1.3.6 人ACE2启动子区SNP筛选及其潜在功能预测
2 结果与分析
    2.1 人ACE2基因特征以及染色体定位
    2.2 人ACE2基因的启动子预测
    2.3 人ACE2基因5′调控区转录因子结合位点分析
    2.4 人ACE2基因启动子区域甲基化CpG岛预测
    2.5 人ACE2基因启动子区SNP预测和分析
3 讨论



本文编号：3725509