高致病性冠状病毒密码子偏爱性分析及S蛋白真核表达重组质粒的构建
发布时间:2023-06-15 20:27
目的密码子偏爱性分析已成为多种学科研究的热点问题与前沿方向。在医学病毒学的研究领域里,密码子偏爱性分析常用来了解不同病毒株间进化关系,明确它们之间的遗传特性,进而为疾病的防控与疫苗的研制方面提供重要的理论基础。本课题分析六种人冠状病毒(HCoV:SARS-CoV、MERS-CoV、HCoV-229E、HCoV-NL63、HCoV-OC43、HCoV-HKU1)的密码子偏爱性,了解它们之间的进化关系;又分析不同宿主间高致病性冠状病毒(SARS-CoV、MERS-CoV)的密码子偏爱性及它们的进化关系,以明确高致病性冠状病毒的遗传特性,为其防控提供重要的理论依据。同时利用分子克隆技术构建高致病性冠状病毒不同长度的S蛋白(SARS-S、SARS-S1、SARS-RBD、MERS-S1、MERS-RBD)的真核表达重组质粒,为进一步S蛋白表达及功能研究奠定一定的理论基础。方法本研究,从NCBI下载了所需的冠状病毒基因编码序列(CDS),使用Lasergene子程序EditSeq保存截取的蛋白编码序列;使用EMBOSS子程序CUSP计算密码子Frequency值;CodonW计算密码子ENC、G...
【文章页数】:97 页
【学位级别】:硕士
【文章目录】:
英文缩略词及中英文对照
中文摘要
Abstract
第一章 引言
一、冠状病毒结构及分类
二、冠状病毒感染细胞过程
三、冠状病毒S蛋白的结构及其功能
四、冠状病毒受体识别
(一) 血管紧张素转化酶 2(ACE2)
(二) 二肽基肽酶(DPP4)
(三) 氨基肽酶(APN)
五、密码子偏爱性分析
(一) 衡量密码子偏好性指标
(二) 密码子偏好性的影响因素
(三) 密码子偏好性的分析方法
第二章 高致病性冠状病毒密码子偏爱性分析
第一节 六种人冠状病毒密码子偏爱性比较
1 实验材料
2 实验方法
3 实验结果
3.1 有效密码子数目分析
3.2 相对密码子使用度
3.3 ENC-Plot关联分析
3.4 中性分析
3.5 奇偶规则分析
3.6 密码子偏爱性的聚类分析
4 讨论
5 结论
第二节 SARS-CoV与SARSr-CoV密码子偏爱性比较及聚类分析
1 实验材料
2 实验方法
3 实验结果
3.1 有效密码子数目分析
3.2 相对密码子使用度
3.3 ENC-Plot关联分析
3.4 中性分析
3.5 奇偶规则分析
3.6 基于密码子偏性的聚类分析
4 讨论
5 结论
第三节 MERS-CoV密码子偏爱性分析及聚类分析
1 实验材料
2 实验方法
3 实验结果
3.1 有效密码子数目分析
3.2 相对密码子使用度
3.3 ENC-Plot关联分析
3.4 中性分析
3.5 奇偶规则分析
3.6 基于密码子偏性的聚类分析
4 讨论
5 结论
第三章 高致病性冠状病毒S蛋白的真核表达载体的构建
第一节 SARS-CoVS蛋白真核表达载体的构建
1 实验材料
2 实验方法
3 实验结果
4 讨论
5 结论
第二节MERS-CoVS蛋白真核表达载体的构建
1 实验材料
2 实验方法
3 实验结果
4 讨论
5 结论
第四章 全文小结
参考文献
附录A 六种冠状病毒同义密码子平均使用度(RSCU)
附录B 真核表达重组质粒测序比对结果图
研究生期间发表的论文
致谢
本文编号:3833614
【文章页数】:97 页
【学位级别】:硕士
【文章目录】:
英文缩略词及中英文对照
中文摘要
Abstract
第一章 引言
一、冠状病毒结构及分类
二、冠状病毒感染细胞过程
三、冠状病毒S蛋白的结构及其功能
四、冠状病毒受体识别
(一) 血管紧张素转化酶 2(ACE2)
(二) 二肽基肽酶(DPP4)
(三) 氨基肽酶(APN)
五、密码子偏爱性分析
(一) 衡量密码子偏好性指标
(二) 密码子偏好性的影响因素
(三) 密码子偏好性的分析方法
第二章 高致病性冠状病毒密码子偏爱性分析
第一节 六种人冠状病毒密码子偏爱性比较
1 实验材料
2 实验方法
3 实验结果
3.1 有效密码子数目分析
3.2 相对密码子使用度
3.3 ENC-Plot关联分析
3.4 中性分析
3.5 奇偶规则分析
3.6 密码子偏爱性的聚类分析
4 讨论
5 结论
第二节 SARS-CoV与SARSr-CoV密码子偏爱性比较及聚类分析
1 实验材料
2 实验方法
3 实验结果
3.1 有效密码子数目分析
3.2 相对密码子使用度
3.3 ENC-Plot关联分析
3.4 中性分析
3.5 奇偶规则分析
3.6 基于密码子偏性的聚类分析
4 讨论
5 结论
第三节 MERS-CoV密码子偏爱性分析及聚类分析
1 实验材料
2 实验方法
3 实验结果
3.1 有效密码子数目分析
3.2 相对密码子使用度
3.3 ENC-Plot关联分析
3.4 中性分析
3.5 奇偶规则分析
3.6 基于密码子偏性的聚类分析
4 讨论
5 结论
第三章 高致病性冠状病毒S蛋白的真核表达载体的构建
第一节 SARS-CoVS蛋白真核表达载体的构建
1 实验材料
2 实验方法
3 实验结果
4 讨论
5 结论
第二节MERS-CoVS蛋白真核表达载体的构建
1 实验材料
2 实验方法
3 实验结果
4 讨论
5 结论
第四章 全文小结
参考文献
附录A 六种冠状病毒同义密码子平均使用度(RSCU)
附录B 真核表达重组质粒测序比对结果图
研究生期间发表的论文
致谢
本文编号:3833614
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