补体蛋白C3c与抑制剂Compstatin的结合自由能计算

发布时间：2017-08-12 02:26

  本文关键词：补体蛋白C3c与抑制剂Compstatin的结合自由能计算

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【摘要】：采用分子动力学模拟取样,运用MM-PBSA方法计算了人类C3c-Compstatin复合物的结合自由能。通过能量分解方法探究了人类补体蛋白C3c上抑制剂结合域MG4～MG5(巨球蛋白区域)上的主要残基与配体Compstatin纤维蛋白之间的相互作用和识别。结果表明:C3c与补体抑制剂Compstatin的理论结合自由能(-8.06 kcal/mol)与试验值(-6.72 kcal/mol)吻合较好,分子内能总和(-177.24 kcal/mol)对补体抵制剂的结合贡献最大,其次为真空静电作用能(-108.74 kcal/mol)和范德华作用能(-68.51kcal/mol)。作为对结晶试验的补充,进行了C3c蛋白和小分子抑制剂之间结合的动态过程以及在两者结合的影响下蛋白形态变化的分子动力学模拟,结果发现C3c上的残基ARG459、ASP491、MET457和Compsta-tin上的残基TRP7、TRP4、HIS10为结合自由能作出了主要贡献。该结果对进一步研究C3补体抑制剂的机制提供了结构方面的信息。
【作者单位】： 大连海洋大学农业部北方海水增养殖重点实验室;
【关键词】： 分子动力学 MM-PBSA/GBSA方法 结合自由能 补体蛋白Cc 结合肽
【基金】：国家自然科学基金资助项目(3047132)
【分类号】：R392.1
【正文快照】： 在人体免疫通路中,补体蛋白C3在细菌或炎灶分解产物的作用下裂解出C3c,C3c是一种参与免疫激活通路中必不可少的蛋白。但是C3c多度表达会引发诸多复杂疾病或症状,如系统性红斑狼疮、重症肌无力、肺出血和肾炎综合征等疾病,以及异种移植超急性排斥反应等症状。目前,几种C3补体

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本文编号：659353