肾脏特异性microRNA的鉴定及功能预测

发布时间：2019-05-10 11:34

【摘要】：目的:应用Solexa技术分析和筛选出肾脏特异性表达microRNA(miRNA),同时利用生物信息学技术预测特异表达miRNA的靶基因并对其功能进行初步分析,探讨特异表达miRNA在肾脏中的功能。方法:选取8周龄C57/B6雄性小鼠,取其全身11个组织器官,提取总RNA并从中分离小分子量RNA进行Solexa测序,筛选出相较其他组织器官,在肾脏中表达最为特异的miRNA;然后,利用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(qRTPCR)技术对筛选出的肾脏特异性表达miRNA进一步验证;最后,通过生物信息学技术对其进行靶基因预测,并对交集的基因集合分别进行GO分析和KEGG通路分析。结果:Solexa测序结果显示在正常小鼠中miR-196a和miR-196b在肾脏最特异性高表达。qRT-PCR验证了miR-196a和miR-196b在小鼠11个组织器官中的表达分布情况,定量结果与测序结果相一致。TargetScan6.2和PicTar两个软件预测到交集靶基因74个。GO分析显示miR-196a/b的预测靶基因集合显著富集在血小板源生长因子结合活性、转录调控活性、细胞外基质的结构组成等分子功能上并参与调控代谢、发育等生物学过程(P0.01)。信号转导通路显著富集于促性腺激素释放激素信号通路、细胞外基质受体相互作用等多个信号通路和脑胶质瘤、前列腺癌等疾病通路中(P0.05)。结论:miR-196a/b在肾脏中特异性高表达,靶基因功能广泛,与细胞代谢、生长发育等密切相关。
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【作者单位】： 南京大学医学院附属金陵医院(南京军区南京总医院)肾脏科国家肾脏疾病临床医学研究中心全军肾脏病研究所;南京大学生命科学学院医药生物技术国家重点实验室江苏小核糖核酸工程研究中心;
【基金】：国家重点基础研究发展计划(973计划)(2012CB517603)
【分类号】：R692

【共引文献】

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本文编号：2473614