基于TCGA和GEO数据库构建前列腺癌ceRNA网络并筛选相关lncRNAs
发布时间：2021-02-24 01:27
目的利用在线数据库识别前列腺癌中的差异表达基因（DEGs）,并基于生物信息学构建前列腺癌竞争性内源RNA（ceRNA）调控网络。方法下载肿瘤基因组图谱（TCGA）数据库中前列腺癌的RNA测序（RNA-seq）数据和miRNASeq数据,筛选出差异表达长非编码RNA（DElncRNA）、差异表达微小RNA（DEmiRNA）和差异表达信使RNA（DEmRNA）。下载基因表达数据库（GEO）中GSE21036数据集的芯片数据,获取DEmiRNA,与TCGA中得到的miRNA取下调型交集。预测交集中miRNA的mRNA及相关lncRNA,与DElncRNA和DEmRNA取上调型交集。据所得调控关系构建网络,并对mRNA进行功能和通路富集分析。结果 TCGA组分别获得上调的lncRNA 481个,上调的mRNA 693个,下调的miRNA 51个; GEO组下调的miRNA共18个。对两组下调的miRNA取交集,得到6个共存miRNA。将预测所得mRNA和lncRNA与DElncRNA和DEmRNA取上调型交集,分别获得103个mRNA和19个lncRNA。将所得19个上调的lncRNA、103...
【文章来源】：临床肿瘤学杂志. 2020,25(11)北大核心
【文章页数】：7 页
【部分图文】：
TCGA和GEO数据库下调的miRNA取交集
前列腺癌的发生、发展是一个多基因参与、多水平调控和多阶段转化的复杂过程，肿瘤基因参与并调控其中绝大多数的生物学事件，具有重要的研究意义。ceRNA假说自2011年被提出以来关注热度只增不减[8]，基于该假说的诸多研究验证并阐述了各类RNA在癌症中的重要调控作用。然而，尚无研究对前列腺癌相关ceRNA进行统一分析以提供多方位的探索视角，而lncRNA是发掘前列腺癌诊疗靶标的“金矿”。因此，本研究基于生物信息学构建前列腺癌ceRNA网络并筛选相关lncRNAs将颇具指示意义。在构建的ceRNA网络中共获得19个lncRNA。研究表明，ARLNC1在前列腺癌中高表达，可稳定雄激素受体(AR)转录本并增强AR信号转导。若敲低ARLNC1可抑制AR的表达并延缓前列腺癌的进展，体内外验证表明ARLNC1在维持AR信号传导的正反馈回路中具有重要作用，这证明了ARLNC1具有作为前列腺癌新型临床治疗靶点的潜在价值[9]。Gawronski等[10]基于超级计算机和现有预测工具，提出一种名为MechRNA的高级预测管道以发现lncRNA的潜在机制。利用MechRNA预测到ARLNC1与AR 3"UTR之间的RNA-RNA相互作用结合位点，证实了ARLNC1促进AR正反馈回路的促癌机制。此外，一项验证西蓝花芽提取物(BSE)对前列腺癌化学预防作用的研究发现，ARLNC1是与BSE治疗相关的差异表达基因，其表达水平受到BSE治疗的抑制，这进一步提示ARLNC1或可作为前列腺癌药物治疗的靶标[11]。此外，ERVH48-1具有胎盘组织特异性，在抑制细胞间融合中具有重要作用。研究者构建肺鳞癌和舌鳞癌的ceRNA网络表明，ERVH48-1在这两种肿瘤中的差异表达极为显著，是潜在的预后因素并具有作为新型生物标记物和临床治疗靶标的潜力[12-13]。杨金辉等[14]研究发现，ERVH48-1在膀胱癌中低表达，可通过促进TCF21基因的表达降低膀胱癌细胞的增殖和迁移能力，从而抑制膀胱癌的进展。Munkley等[15]研究证明，ERVH48-1可作为一种mRNA异构体参与雄激素在前列腺癌中的差异性调节，且这种激素相关性受到RLN1和RLN2基因的负向调控，ERVH48-1或许参与了前列腺癌中更为复杂的雄激素作用机制。尽管ERVH48-1在泌尿系统肿瘤中的机制研究为数不多，但作为ceRNA网络结果中唯一一个联系了两个节点基因的lncRNA，该基因具有十分重要的研究价值。
在构建的ceRNA网络中共获得19个lncRNA。研究表明，ARLNC1在前列腺癌中高表达，可稳定雄激素受体(AR)转录本并增强AR信号转导。若敲低ARLNC1可抑制AR的表达并延缓前列腺癌的进展，体内外验证表明ARLNC1在维持AR信号传导的正反馈回路中具有重要作用，这证明了ARLNC1具有作为前列腺癌新型临床治疗靶点的潜在价值[9]。Gawronski等[10]基于超级计算机和现有预测工具，提出一种名为MechRNA的高级预测管道以发现lncRNA的潜在机制。利用MechRNA预测到ARLNC1与AR 3"UTR之间的RNA-RNA相互作用结合位点，证实了ARLNC1促进AR正反馈回路的促癌机制。此外，一项验证西蓝花芽提取物(BSE)对前列腺癌化学预防作用的研究发现，ARLNC1是与BSE治疗相关的差异表达基因，其表达水平受到BSE治疗的抑制，这进一步提示ARLNC1或可作为前列腺癌药物治疗的靶标[11]。此外，ERVH48-1具有胎盘组织特异性，在抑制细胞间融合中具有重要作用。研究者构建肺鳞癌和舌鳞癌的ceRNA网络表明，ERVH48-1在这两种肿瘤中的差异表达极为显著，是潜在的预后因素并具有作为新型生物标记物和临床治疗靶标的潜力[12-13]。杨金辉等[14]研究发现，ERVH48-1在膀胱癌中低表达，可通过促进TCF21基因的表达降低膀胱癌细胞的增殖和迁移能力，从而抑制膀胱癌的进展。Munkley等[15]研究证明，ERVH48-1可作为一种mRNA异构体参与雄激素在前列腺癌中的差异性调节，且这种激素相关性受到RLN1和RLN2基因的负向调控，ERVH48-1或许参与了前列腺癌中更为复杂的雄激素作用机制。尽管ERVH48-1在泌尿系统肿瘤中的机制研究为数不多，但作为ceRNA网络结果中唯一一个联系了两个节点基因的lncRNA，该基因具有十分重要的研究价值。图5 mRNA的KEGG分析气泡图
【参考文献】：
期刊论文
[1]长链非编码RNA ERVH48-1在膀胱癌中的表达及对膀胱癌细胞增殖和迁移的影响[J]. 杨金辉,胡海龙,孙建涛,郝彤彤,李小辉,张寒. 医学研究杂志. 2019(05)
本文编号：3048559
【文章来源】：临床肿瘤学杂志. 2020,25(11)北大核心
【文章页数】：7 页
【部分图文】：
TCGA和GEO数据库下调的miRNA取交集
前列腺癌的发生、发展是一个多基因参与、多水平调控和多阶段转化的复杂过程，肿瘤基因参与并调控其中绝大多数的生物学事件，具有重要的研究意义。ceRNA假说自2011年被提出以来关注热度只增不减[8]，基于该假说的诸多研究验证并阐述了各类RNA在癌症中的重要调控作用。然而，尚无研究对前列腺癌相关ceRNA进行统一分析以提供多方位的探索视角，而lncRNA是发掘前列腺癌诊疗靶标的“金矿”。因此，本研究基于生物信息学构建前列腺癌ceRNA网络并筛选相关lncRNAs将颇具指示意义。在构建的ceRNA网络中共获得19个lncRNA。研究表明，ARLNC1在前列腺癌中高表达，可稳定雄激素受体(AR)转录本并增强AR信号转导。若敲低ARLNC1可抑制AR的表达并延缓前列腺癌的进展，体内外验证表明ARLNC1在维持AR信号传导的正反馈回路中具有重要作用，这证明了ARLNC1具有作为前列腺癌新型临床治疗靶点的潜在价值[9]。Gawronski等[10]基于超级计算机和现有预测工具，提出一种名为MechRNA的高级预测管道以发现lncRNA的潜在机制。利用MechRNA预测到ARLNC1与AR 3"UTR之间的RNA-RNA相互作用结合位点，证实了ARLNC1促进AR正反馈回路的促癌机制。此外，一项验证西蓝花芽提取物(BSE)对前列腺癌化学预防作用的研究发现，ARLNC1是与BSE治疗相关的差异表达基因，其表达水平受到BSE治疗的抑制，这进一步提示ARLNC1或可作为前列腺癌药物治疗的靶标[11]。此外，ERVH48-1具有胎盘组织特异性，在抑制细胞间融合中具有重要作用。研究者构建肺鳞癌和舌鳞癌的ceRNA网络表明，ERVH48-1在这两种肿瘤中的差异表达极为显著，是潜在的预后因素并具有作为新型生物标记物和临床治疗靶标的潜力[12-13]。杨金辉等[14]研究发现，ERVH48-1在膀胱癌中低表达，可通过促进TCF21基因的表达降低膀胱癌细胞的增殖和迁移能力，从而抑制膀胱癌的进展。Munkley等[15]研究证明，ERVH48-1可作为一种mRNA异构体参与雄激素在前列腺癌中的差异性调节，且这种激素相关性受到RLN1和RLN2基因的负向调控，ERVH48-1或许参与了前列腺癌中更为复杂的雄激素作用机制。尽管ERVH48-1在泌尿系统肿瘤中的机制研究为数不多，但作为ceRNA网络结果中唯一一个联系了两个节点基因的lncRNA，该基因具有十分重要的研究价值。
在构建的ceRNA网络中共获得19个lncRNA。研究表明，ARLNC1在前列腺癌中高表达，可稳定雄激素受体(AR)转录本并增强AR信号转导。若敲低ARLNC1可抑制AR的表达并延缓前列腺癌的进展，体内外验证表明ARLNC1在维持AR信号传导的正反馈回路中具有重要作用，这证明了ARLNC1具有作为前列腺癌新型临床治疗靶点的潜在价值[9]。Gawronski等[10]基于超级计算机和现有预测工具，提出一种名为MechRNA的高级预测管道以发现lncRNA的潜在机制。利用MechRNA预测到ARLNC1与AR 3"UTR之间的RNA-RNA相互作用结合位点，证实了ARLNC1促进AR正反馈回路的促癌机制。此外，一项验证西蓝花芽提取物(BSE)对前列腺癌化学预防作用的研究发现，ARLNC1是与BSE治疗相关的差异表达基因，其表达水平受到BSE治疗的抑制，这进一步提示ARLNC1或可作为前列腺癌药物治疗的靶标[11]。此外，ERVH48-1具有胎盘组织特异性，在抑制细胞间融合中具有重要作用。研究者构建肺鳞癌和舌鳞癌的ceRNA网络表明，ERVH48-1在这两种肿瘤中的差异表达极为显著，是潜在的预后因素并具有作为新型生物标记物和临床治疗靶标的潜力[12-13]。杨金辉等[14]研究发现，ERVH48-1在膀胱癌中低表达，可通过促进TCF21基因的表达降低膀胱癌细胞的增殖和迁移能力，从而抑制膀胱癌的进展。Munkley等[15]研究证明，ERVH48-1可作为一种mRNA异构体参与雄激素在前列腺癌中的差异性调节，且这种激素相关性受到RLN1和RLN2基因的负向调控，ERVH48-1或许参与了前列腺癌中更为复杂的雄激素作用机制。尽管ERVH48-1在泌尿系统肿瘤中的机制研究为数不多，但作为ceRNA网络结果中唯一一个联系了两个节点基因的lncRNA，该基因具有十分重要的研究价值。图5 mRNA的KEGG分析气泡图
【参考文献】：
期刊论文
[1]长链非编码RNA ERVH48-1在膀胱癌中的表达及对膀胱癌细胞增殖和迁移的影响[J]. 杨金辉,胡海龙,孙建涛,郝彤彤,李小辉,张寒. 医学研究杂志. 2019(05)
本文编号：3048559
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/mjlw/3048559.html
最近更新
教材专著
