基于TCGA数据库的膀胱癌mRNA表达及内源性RNA表达谱的研究

发布时间：2021-06-19 16:38

　　目的:膀胱癌是泌尿系统最常见的恶性肿瘤,占我国泌尿生殖系统肿瘤发病率的第一位,并即将成为全球第六大最常见的恶性肿瘤,且发病率仍在上升。具有转移迅速、预后比较差、复发率高等特点。膀胱癌是发生在膀胱黏膜上的恶性肿瘤,根据病理组织学分类,膀胱癌的病理类型包括膀胱尿路上皮癌、膀胱腺癌、膀胱鳞状细胞癌、膀胱小细胞癌、膀胱类癌和膀胱透明细胞癌6种类型。其中,膀胱尿路上皮癌占膀胱癌患者总数的90%以上,是最常见的膀胱癌。虽然局限性膀胱癌肿瘤能通过外科手术切除而得以控制,但目前对于膀胱癌术后的高复发和高转移率临床上仍然缺少有效的治疗手段。因此,如何阻止膀胱癌的发生和进展成为目前治疗膀胱癌有待解决的关键问题,其中寻找新的分子靶点、探究膀胱癌发生发展的分子机制成为研究的热点。基因突变、肿瘤抑制因子的丧失以及细胞生长信号通路的异常调控都与膀胱癌的发生发展有关。近年来大量研究表明,非编码RNA（non-coding RNA,ncRNA）的异常表达在膀胱癌的发生、发展过程中起着重要作用。因此,本研究利用生物信息学数据库对膀胱癌中基因（mRNA、miRNA、lncRNA）从分子水平进行研究,丰富膀胱癌的发生、发展... 

【文章来源】：桂林医学院广西壮族自治区

【文章页数】：76 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

在TCGA数据库中设定检索条件获取膀胱癌数据

图 1-2.ceRNA 假说的机制示意图[49]。Figure 1-2.Schematic diagram of the mechanism of the ceRNA[49]。1.4 基因功能富集分析为了进一步阐明膀胱癌中差异表达的 RNA 生物学功能，本研究中使用了 DAVID 数据库对 ceRNA 网络中有差异表达的 RNA 进行富集分析，主要分析分子功能，生物过程和细胞成分这三方面。我们常用的富集分析主要包括 GO 分析和 KEGG 分析。GO 分析和 KEGG 分析的条形图均由“Goplot”包产生，其筛选调节为 P<0.05,此时显示为显著富集。具体过程如下：打开网站 https://david.ncifcrf.gov/ ，进入 DAVID 首页，然后点击 Start

异表达的 mRNA、lncRNA、miRNA 聚类生成的火山图（表达倍数>2 倍，P<1-4E，红上调，绿色代表显著下调）。A:差异表达的 mRNA 火山图；B：差异表达的 miRNA 火山差异表达的 lncRNA 火山图。 2-1. Volcano map generated by clustering of differentially expressed mRNA, lncRNAand mpression multiple > is twice, P< 1-4e, red represents significantly up-regulated, green represenificantly down-regulated).A: volcano map of differentially expressed mRNA; B: volcano mapdifferentially expressed miRNA; C: volcano map of differentially expressed lncRNA.eRNA 网络的分析们根据 ceRNA 假说进一步验证了这些差异表达的 RNA 的关系和功我们预测了在线数据库中的 lncRNA-miRNA 和 miRN-mRNA 的相互作ceRNA 网络的 17 个关键 miRNA 总共有 52 个靶向 mRNA（表 2-2）们预测到 58 个 lncRNA 和 22 个 miRNA 有相互作用关系（表 2-3有差异表达的 RNA 的中的 52 个 mRNA，58 个 lncRNA 和 22 个 m

【参考文献】：
期刊论文
[1]生物信息学预测lncRNA DLEU1的功能及其在膀胱癌中调控ncRNA代谢途径的作用[J]. 何富强,付军明,郭君其,朱凌峰.  生命科学研究. 2018(06)
[2]miR-126对不同类型膀胱癌细胞增殖、迁移与侵袭的影响[J]. 彭桦,吴璇,刘伟凤,孙云,金涛.  解剖学研究. 2018(06)
[3]miRNA-212在膀胱癌中的表达及其上调对癌细胞增殖、迁移、侵袭的影响与机制[J]. 李耀辉,刘春来.  山东医药. 2018(46)
[4]lncRNA ROR和lncRNA ATB在膀胱癌患者中的表达情况及其临床意义[J]. 张立冬,李辉,李娟.  检验医学与临床. 2018(14)
[5]影响原发性输尿管癌预后及其术后继发膀胱癌的多因素分析[J]. 胡益仙,姜凡,陈宸,蒲军.  重庆医科大学学报. 2019(02)
[6]上尿路尿路上皮癌预后多因素分析及术后再发膀胱癌危险因素分析[J]. 王庆伟,张涛,文建国,陶德赏,万听想,朱文.  临床泌尿外科杂志. 2018(05)
[7]长链非编码RNA-scarna 4在膀胱尿路上皮癌的作用研究[J]. 何廉波,杨磊.  医学研究与教育. 2018(02)
[8]长链非编码RNA在膀胱癌中的研究进展[J]. 谢益敏,刘海涛,顾杰,焦志敏,陈兵海,孙浩,冯亚萍.  中华腔镜泌尿外科杂志(电子版). 2018(01)
[9]膀胱癌中相关LncRNA研究进展[J]. 何俊,丁明霞,王海峰,王剑松.  医学与哲学（B）. 2017(11)
[10]lncRNA作为竞争性内源RNA调控肝癌及中药作用机制研究进展[J]. 史苗娟,郭鑫昕,商嘉玮,苏式兵,张辉.  上海中医药杂志. 2017(11)

博士论文
[1]microRNA-214在膀胱癌中表达的生物学功能、调控机制及临床应用研究[D]. 王金凤.山东大学 2015

硕士论文
[1]LncRNA RP11-79H23.3在膀胱癌的发生发展中作为ceRNA通过miR-107调控PTEN表达的作用机制[D]. 池虹.重庆医科大学 2018
[2]长链非编码RNA-n346372在膀胱癌发生发展中的作用及相关基因研究[D]. 刘安伟.第二军医大学 2017
[3]MiR-34a在人膀胱癌组织中的表达[D]. 王伟.河北联合大学 2011



本文编号：3238166