构建Alport综合征患者iPSCs差异性表达microRNA，proteome，transcriptome的关联调控网

发布时间：2017-04-29 23:04

  本文关键词：构建Alport综合征患者iPSCs差异性表达microRNA，proteome，，transcriptome的关联调控网络，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：目的:构建来源于Alport综合征(Alport syndrome,AS)的多能诱导干细胞(induced pluripotent stem cells,i PSCs)差异性表达的微小核糖核苷酸(micro RNA),蛋白组(proteome),转录组(transcriptome)的关联分析图。寻找特异性的micro RNA,proteome,transcriptome,并且从关联分析图中发现micro RNA,proteme,transcriptome主要的关联位点。方法:我们首先发现了一个呈X连锁遗传的AS的家系,从这个家系中选取3名AS患者与3名健康者(Normal control,NC)作为实验参与者。在前期工作中,我们成功的从实验参与者的尿液中的尿肾状杆细胞诱导成i PSCs。提取i PSCs的总RNA,transcriptome,proteome。然后运用高通量测序方法(high through-put sequence)获得micro NRA,通过对micro RNA进行纯化,分类,长度计算,碱基突变等分析后,进一步对micro RNA进行差异性表达的分析,找出具有意义的差异性表达micro NRA。同理,运用同样的方法获得transcriptome,并对transcriptome进行差异性表达的分析,找出具有意义的差异性表达transcriptome。运用同位素标记相对和绝对定量技术(Isobaric Tags For Relative And Absolute Quantitation,ITRAQ)获得proteome,并对proteome进行差异性表达分析,找出具有差异性表达proteome。接着运用KEGGSOAP(http://www.bioconductor.org/packages/2.4/bioc/html/KEGGSOAP.html)对差异性表达的micro RNA与transcriptome进行关联分析,运用软件Pic Tar2005(http://pictar.mdc-berlin.de/cgi-bin/Pic Tar_vertebrate.cgi),mi Randa(http://www.ebi.ac.uk/enrightsrv/microcosm/htdocs/targets/v5/),与Target Scan5.1(http://www.targetscan.org/)构建关联分析图。同理用同样分方法进行micro RNA与proteome关联分析,构建关联分析图谱。最后把差异性表达的micro RNA,transcriptome与proteome三者综合起来,全面进行关联分析,构建三者之间的关联分析图。结果:在蛋白水平上,我们发现899个差异性表达proteomes;在RNA水平上,我们发现830个差异性表达的micro RNAs;在转录组水平,我们发现1168个差异性表达的transcriptomes。关联分析发现156个差异性表达的micro NRAs与382个差异性表达的transcriptomes有密切关联;26个差异性表达的micro RNAs与25个proteomes密切相关;189个差异性表达的proteomes与237个差异性表达transcriptomes密切相关。在micro RNA与transcriptome关联分析中,最具有特异性的micro RNA是hsa-mir-4775,与27个transcriptomes相连,最具有特异性的transcriptome是RNF128与RGPD8,与10个micro RNAs相连;在micro RNAs与proteomes关联分析中,最具有特异性的micro RNA是hsa-mi R-6760-5p与hsa-mi R-4775,与3个proteomes相连;在proteome与transcriptome关联分析中,最具有特异性的proteome是ELAVL1,与41 transcriptomes和67 proteomes相连,最具有特异性的transcriptome是EGFR,与19个proteomes和15个transcriptomes相连;在micro RNA,transcriptome与proteome关联分析中,最具有特异性的micro RNA是hsa-mir-4775,与30个transcriptomes与proteomes相连。结论:AS与NC的micro RNA,transcriptome与proteome存在差异性表达,对差异性表达的micro RNA,transcriptome与proteome进行关联分析,构建网络图发现AS在micro RNA,transcriptome与proteome之间存在潜在的变异性靶点,这些靶点可能与AS致病有密切相关,值得进一步深入探讨。
【关键词】：Alport综合征 微小核糖核苷酸 转录组 蛋白组 诱导多能干细胞
【学位授予单位】：暨南大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R692.6
【目录】：

• 摘要3-4
• Abstract4-7
• 1.前言7-9
• 2.实验材料及方法9-20
• 2.1 临床质料9-12
• 2.2 iPSCs的诱导建系12-13
• 2.3 microRNA的分析13-14
• 2.4 transcriptome的分析14-16
• 2.5 proteome的分析16-17
• 2.6 差异性表达microRNA与差异性表达transcriptome的关联分析17-18
• 2.7 差异性表达microRNA与差异性表达proteome的关联分析18-19
• 2.8 差异性表达transcriptome与差异性表达proteome的关联分析19-20
• 2.9 差异性表达microRNA、transcriptome与proteome的关联分析20
• 3.结果20-39
• 3.1 microRNA的差异性表达20-21
• 3.2 transcriptome的差异性表达21-23
• 3.3 proteome的差异性表达23-24
• 3.4 差异性表达microRNA与差异性表达transcriptome的关联分析24-30
• 3.5 差异性表达microRNA与差异性表达proteome的关联分析30-33
• 3.6 差异性表达transcriptome与差异性表达proteome的关联分析33-37
• 3.7 差异性表达microRNA、transcriptome与proteome的关联分析37-39
• 4.讨论39-43
• 5.结论43-44
• 参考文献44-47
• 附录47-70
• 在硕士研究生期间的科研业绩70-72
• 致谢72

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前3条

1 彭静;黄聪;蒋思文;;诱导多潜能干细胞(iPSCs)的临床应用进展[J];科学通报;2014年09期

2 景花;宋沁馨;周国华;;MicroRNA定量检测方法的研究进展[J];遗传;2010年01期

3 庞晓丽;李海波;;Alport综合征的研究现状[J];中国妇幼保健;2011年33期

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本文编号：335755