基于多重生信分析对肾癌新标志物COPS7B的初步探索

发布时间：2021-10-17 13:14

　　目的:基于多重生物信息学分析方法探索肾细胞癌（renal cell carcinoma）新的预后标志物和治疗靶标。方法:从Gene Expression Omnibus（GEO）数据库下载GSE53757和GSE40435基因表达谱数据集,使用Morpheus（https://software.broadinstitute.org/morpheus）构建热图,设置信噪比,挑选相关基因,并利用DAVID数据库对此进行基因本体论（GO）和途径分析。STRING数据库（基于GSE53757和GSE40435两个数据集中确定的共同基因）用于构建了由106个基因组成的便携式网络,从中筛选RCC关键的中枢基因。使用视觉分子相互作用网络（Cytoscape）版本3.6（http://www.cytoscape.org）构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。基于cBioPortal中呈现的数据研究总体存活和复发的相关性,选择了PPI网络内的COPS7B基因用于体外的进一步研究。在RCC细胞系中利用合适的siRNA敲低COPS7B基因表达,通过对比COPS7B基因敲低前后肾癌细胞增殖和侵袭的能力来预... 

【文章来源】：江苏大学江苏省

【文章页数】：61 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

GSE53757/设定A类和B类分别为肿瘤和正常组/Morpheus（https://software.broadinstitute.org）构建热图

15图 2.2 GSE40435/设定 A 类和 B 类分别为肿瘤和正常组/Morpheus（https://software.broadinstitute.org）构建热图Fig2.2 GSE40435/Setting category A and B are the tumor, normal group/Morpheus（https://software.broadinstitute.org）construct heat maps

基于多重生信分析对肾癌新标志物 COPS7B 的初步探索2.1.2 Morpheus（https://software.broadinstitute.org）构建新的热图从 GEO 获取 GSE53757 和 GSE40435 这两个数据集之后，通过两者之间比较，选择了两个数据集所共有的 53 个基因。利用 Morpheus（https://software.broadinstitute.org）数据软件，将挑选出来的 53 个基因所有的数据信息输入软件，据此构建除了新的热图。GSE53757 和 GSE40435 两组数据集共有基因的韦恩图。（图 2.3，2.4）A B

【参考文献】：
期刊论文
[1]miR-429对肾透明细胞癌细胞侵袭能力的影响[J]. 郭启振,司青乐,张辉.  解剖科学进展. 2015(06)

博士论文
[1]CASC2在肾细胞癌中的功能和调控机制研究[D]. 曹赟杰.苏州大学 2016

硕士论文
[1]C1QBP在肾癌发展进程中的作用[D]. 陈雅婧.天津医科大学 2016



本文编号：3441822