前列腺癌诊断/预后和耐药分子标志物的筛选及其临床意义
发布时间：2021-12-08 23:39
目的:基于已发表的芯片数据通过生物信息学方法筛选差异表达基因,以发现前列腺癌诊断/预后和耐药相关分子标志物。方法:筛选GEO数据库中已发表的前列腺癌m RNA芯片数据GSE6956和前列腺癌细胞多烯紫杉醇耐药m RNA芯片数据GSE33455进行差异表达分析;通过生物学功能注释、基因通路富集分析、蛋白质相互作用网络（protein-protein interaction,PPI）分析等生物信息学方法发现和识别与差异表达基因相关的生物学功能和信号通路;比对TCGA数据库,验证差异表达基因在前列腺癌组织及癌旁组织中的表达,并通过Kaplan-Meier分析差异表达基因对前列腺癌患者生存率的影响;用q PCR方法验证差异表达基因在前列腺癌细胞株PC3及多烯紫杉醇耐药细胞PC3-DTX中的表达情况。结果:共筛选出227个在前列腺癌和前列腺癌多烯紫杉醇耐药细胞芯片数据中共同差异表达基因。差异表达基因主要富集到了癌症相关通路（Lysosome、Sphingolipid、Fox O、Acute myeloid leukemia）,并主要参与细胞黏附、自噬和胞内蛋白转运等生物学过程。构建PPI网络选取...
【文章来源】：中国肿瘤生物治疗杂志. 2020,27(11)北大核心CSCD
【文章页数】：9 页
【部分图文】：
在前列腺癌多烯紫杉醇耐药细胞PC3-DTX中验证CITED2表达水平
经过初步筛选后在GSE33455数据库（包括前列腺癌亲本细胞DU145、PC3和多烯紫杉醇耐药细胞DU145-DTX、PC3-DTX）中一共得到1 596个在前列腺癌多烯紫杉醇耐药细胞DU145-DTX和PC3-DTX中差异表达的基因，其中与亲本细胞相比，在耐药细胞中高表达的基因634个，低表达基因962个。在GSE6956数据库（包括18例前列腺癌旁正常组织和69例前列腺癌组织）中共筛选得到3 793个差异表达基因，其中前列腺癌组织中高表达的基因2 614个，低表达的基因1 179个（图1A）。对GSE6956和GSE33455中获得的差异表达基因取交集，共有173个基因在前列腺癌组织和耐药细胞中共同高表达，54个基因在前列腺癌组织和耐药细胞中共同低表达（图1B）。采用Cluster3.0和Tree View进行聚类分析和可视化处理，结果（图1C）显示，这些差异表达基因分别在这两个数据库中呈现显著特异性。选取这227个基因作为前列腺癌组织和多烯紫杉醇耐药细胞共同差异表达基因进行下一步的分析。2.2 共同差异表达基因的GO分析和KEGG信号通路分析
通过DAVID网站进行GO和KEGG的富集分析。GO分析信号通路分析结果显示，前列腺癌组织和多烯紫杉醇耐药细胞中共同差异表达基因，主要参与转录的负调控，DNA模板（negative regulation of transcription,DNA-templated,P=0.004 3），转录的正调控，DNA模板（positive regulation of transcription,DNA-templated,P=0.032），细胞间黏附（cell-cell adhesion,P=0.012），自噬（autophagy,P=0.000 77），胞内蛋白质转运（intracellular protein transport,P=0.018）等生物学进程；其主要分子功能为蛋白质结合（protein binding,P=0.000 033),ATP结合（ATP binding,P=0.005 5），相同蛋白结合（identical protein binding,P=0.023），转录因子结合（transcription factor binding,P=0.001 5），蛋白质异源二聚体活性（protein heterodimerization activity,P=0.039）；主要与细胞质（cytoplasm,P=0.000 83），胞液（cytosol,P=0.000 19），胞外外泌体（extracellular exosome,P=0.000 46），核质（nucleoplasm,P=0.0038），细胞膜（membrane,P=0.000 20）等细胞组分相关（图2A）。KEGG结果显示差异表达基因主要和溶酶体（Lysosome,P=0.005 7），鞘脂类信号通路（Sphingolipid signaling pathway,P=0.023),Fox O信号通路（Fox O signaling pathway,P=0.035），急性髓系白血病（Acute myeloid leukemia,P=0.040）相关（图2B）。2.3 差异表达基因的PPI构建及Hub基因筛选
本文编号：3529469
【文章来源】：中国肿瘤生物治疗杂志. 2020,27(11)北大核心CSCD
【文章页数】：9 页
【部分图文】：
在前列腺癌多烯紫杉醇耐药细胞PC3-DTX中验证CITED2表达水平
经过初步筛选后在GSE33455数据库（包括前列腺癌亲本细胞DU145、PC3和多烯紫杉醇耐药细胞DU145-DTX、PC3-DTX）中一共得到1 596个在前列腺癌多烯紫杉醇耐药细胞DU145-DTX和PC3-DTX中差异表达的基因，其中与亲本细胞相比，在耐药细胞中高表达的基因634个，低表达基因962个。在GSE6956数据库（包括18例前列腺癌旁正常组织和69例前列腺癌组织）中共筛选得到3 793个差异表达基因，其中前列腺癌组织中高表达的基因2 614个，低表达的基因1 179个（图1A）。对GSE6956和GSE33455中获得的差异表达基因取交集，共有173个基因在前列腺癌组织和耐药细胞中共同高表达，54个基因在前列腺癌组织和耐药细胞中共同低表达（图1B）。采用Cluster3.0和Tree View进行聚类分析和可视化处理，结果（图1C）显示，这些差异表达基因分别在这两个数据库中呈现显著特异性。选取这227个基因作为前列腺癌组织和多烯紫杉醇耐药细胞共同差异表达基因进行下一步的分析。2.2 共同差异表达基因的GO分析和KEGG信号通路分析
通过DAVID网站进行GO和KEGG的富集分析。GO分析信号通路分析结果显示，前列腺癌组织和多烯紫杉醇耐药细胞中共同差异表达基因，主要参与转录的负调控，DNA模板（negative regulation of transcription,DNA-templated,P=0.004 3），转录的正调控，DNA模板（positive regulation of transcription,DNA-templated,P=0.032），细胞间黏附（cell-cell adhesion,P=0.012），自噬（autophagy,P=0.000 77），胞内蛋白质转运（intracellular protein transport,P=0.018）等生物学进程；其主要分子功能为蛋白质结合（protein binding,P=0.000 033),ATP结合（ATP binding,P=0.005 5），相同蛋白结合（identical protein binding,P=0.023），转录因子结合（transcription factor binding,P=0.001 5），蛋白质异源二聚体活性（protein heterodimerization activity,P=0.039）；主要与细胞质（cytoplasm,P=0.000 83），胞液（cytosol,P=0.000 19），胞外外泌体（extracellular exosome,P=0.000 46），核质（nucleoplasm,P=0.0038），细胞膜（membrane,P=0.000 20）等细胞组分相关（图2A）。KEGG结果显示差异表达基因主要和溶酶体（Lysosome,P=0.005 7），鞘脂类信号通路（Sphingolipid signaling pathway,P=0.023),Fox O信号通路（Fox O signaling pathway,P=0.035），急性髓系白血病（Acute myeloid leukemia,P=0.040）相关（图2B）。2.3 差异表达基因的PPI构建及Hub基因筛选
本文编号：3529469
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