不孕不育患者分离脲原体的分子流行病学特征及比较基因组学研究

发布时间：2023-09-16 10:29

　　背景与目的:脲原体(Ureaplasma spp.,UU)是人类泌尿生殖道常见的共生型微生物,常寄居于人体泌尿生殖道粘膜表面,可引起多种感染性疾病。随着UU多位点分型方案的建立,研究人员对少部分UU感染人群进行了分子流行病学研究,并且发现UU不同亚组菌株与疾病的关系存在差异。本研究旨在明确UU在女性不孕患者和男性不育患者的克隆分布情况,以及UU不同亚组菌株间的基因背景学差异,为UU的致病机制研究提供新的思路。方法:1.使用支原体培养试剂盒,分别对浙江大学附属邵逸夫医院确诊的226例女性不孕患者和武警上海市总队医院确诊的480例男性不育患者进行UU筛查。对培养阳性的UU菌株进行种群鉴定,并对单一感染菌株进行多位点序列分型研究;比较分析UU在女性不孕患者和男性不育患者的分布情况;比较分析男性不育患者UU阴性组和阳性组的精液参数,包括精子浓度、精子总活力、前向运动力、非前向运动力和不动精子率。2.选择菌株UPA106(属于亚组A)、UUR132(属于亚组2)和UUR315(属于亚组1),使用二代Illumina和三代Nanopore高通量测序技术对三株菌进行基因组测序。分别选择标准菌株UPA...

【文章页数】：143 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
致谢
中文摘要
Abstract
中英文缩略词对照
前言
第一部分:女性不孕和男性不育患者分离脲原体的分子流行病学特征研究
    引言
    1 材料与方法
        1.1 研究对象
        1.2 菌株来源
        1.3 试剂与仪器
        1.4 标本采集
        1.5 精液参数指标检测
        1.6 UU的培养和冻存
        1.7 UU基因组提取
        1.8 菌株生物群鉴定
        1.9 菌株eMLST分型
        1.10 PCR反应
        1.11 PCR产物电泳和测序
        1.12 测序数据分析
        1.13 统计分析
    2 结果
        2.1 UU在女性不孕患者的流行分布情况
        2.2 UU在男性不育患者的流行分布情况
        2.3 UU在女性不孕患者和男性不育患者的分布比较
        2.4 UU感染与男性不育患者精液参数间的关系
    3 讨论
    4 小结
第二部分:脲原体不同亚组菌株的基因组学特征及比较基因组学分析
    引言
    1 材料与方法
        1.1 菌株来源
        1.2 试剂与仪器
        1.3 菌株复苏
        1.4 固体培养
        1.5 挑单克隆
        1.6 菌种鉴定
        1.7 菌株扩大培养
        1.8 基因组提取和二代Illumina全基因组测序
        1.9 三代Nanopore全基因组测序
        1.10 全基因组序列拼接
        1.11 基因组的注释和分析
        1.12 免疫印迹实验
        1.13 质谱检测
        1.14 药敏试验
    2 结果
        2.1 二代全基因组测序DNA样本检测
        2.2 三代全基因组测序DNA样本检测
        2.3 基因组的基本信息
        2.4 共线性关系分析
        2.5 同源基因簇分析
        2.6 基于SNP差异构建系统发育树
        2.7 毒力基因分析
        2.8 药敏结果
    3 讨论
    4 小结
结论和展望
参考文献
文献综述 脲原体致病机制研究进展
    参考文献
作者简介及在读期间取得的科研成果



本文编号：3846851