前列腺癌差异表达基因的分析及其miRNA和lncRNA的预测

发布时间：2024-02-22 19:37

　　目的:筛选前列腺癌的差异表达基因及其上下游的调控分子。方法:通过TCGA数据库和GEO数据库,经RSudio软件分析得到差异基因(DEGenes);采用STRING工具构建差异基因的相互作用网络、CYTOSCAPE软件筛选核心模块,并对差异基因进行GO和KEGG分析,运用mirDIP数据库预测核心基因的miRNA,登录STARBASE对miRNA进行生存分析并预测其lncRNA。结果:筛选出前列腺癌的差异表达基因共137个,GO分析结果显示有23个富集结果,KEGG分析有20个通路被富集;对7个核心差异基因进行分析,预测出2个与总体生存率相关的miRNA,这些miRNA有4个对应的lncRNA;最后构建lncRNA-mRNA互作网络。结论:从生物信息学角度对前列腺癌的差异基因进行筛选和分析,筛选出前列腺癌发生过程中的关键基因及其上下游的调控分子。

【文章页数】：8 页

【文章目录】：
1 资料与方法
    1.1 基因芯片数据的获取
    1.2 差异基因的分析
        1.2.1 差异基因的分析
        1.2.2 DEGenes的GO和KEGG富集分析和蛋白质相互作用网络的构建
        1.2.3 核心基因相应miRNA的预测
        1.2.4 miRNA的生存分析及lncRNA的预测
        1.2.5 基因mRNA-pathwang网络的构建
2 结果
    2.1 由RStudio软件获得DEGenes
    2.2 GO和KEGG富集分析DEGenes
    2.3 构建DEGenes的PPI和核心基因相应miR-NA的预测
    2.4 miRNA的生存分析及lncRNA的预测
    2.5 构建lncRNA-mRNA pathway网络
3 讨论



本文编号：3907157