中国人群中前列腺癌相关遗传易感位点的研究

发布时间：2017-07-07 21:11

  本文关键词：中国人群中前列腺癌相关遗传易感位点的研究

  更多相关文章： 前列腺癌 单核苷酸多态性(SNP) COL28A1 GWAS

【摘要】：前列腺癌(prostate cancer,PCa)是男性泌尿系统常见的恶性肿瘤,PCa的发生和发展是一个涉及多因素、多基因和多步骤的过程,是诸多先天和后天因素综合作用的结果。先天因素方面,单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)起着的主要作用。研究发现SNP不仅可以预测PCa的发生风险,同时还可以预测患者预后状况。近年来,随着GWAS的广泛运用,大量与PCa发生相关的SNP位点被发现,主要位于2q、8q、11p、19q、17q和22q等12条染色体上,目前已发现超过70个的前列腺癌易感位点,其中大部分为欧美人群,而在PCa低发病率地区开展的GWAS研究中发现低发病率地区存在种族特异的易感位点。中国人群具有与欧美不同的遗传背景,筛查中国人群特异的前列腺癌易感位点,不仅可以深入研究相关SNP及基因在前列腺癌中的作用及功能,还可以为深入研究不同种族间前列腺癌发病率巨大差异的原因提供线索。Collagen基因家族编码胶原蛋白,维持细胞外基质结构的完整性,目前已发现该家族包括28种不同的基因类型。Collagen基因在癌症的发生发展中起着重要的作用,参与调控细胞增生、转移、分化和凋亡,可促进前列腺癌细胞的侵袭及转移。COL28A1编码一种新型蛋白,在前列腺癌的研究中未见报道,其两端含有的VWA区与细胞粘附和转移相关。因此,研究COL28A1的基因多态性和前列腺癌的关系对确定中国人群中特有的SNP位点有着重要的意义。目的:筛查及分析中国人群中特有的前列腺癌易感位点,明确COL28A1基因调控区与中国人群前列腺癌发生相关的SNP位点及在前列腺癌发展中的作用。为认识低发病风险人群中前列腺癌发病机制提供科学依据。方法:本研究首先通过i COGS芯片筛查了211,155个SNP位点在中国人群中(495例前列腺癌病例和640例对照)的前列腺癌易感位点,利用Taq Man探针法在验证队列中(814例前列腺癌病例和1487例对照)对发现的新位点进行验证。通过对60例正常人的COL28A1的启动子区、5’UTR和3’UTR区进行sanger测序,筛查出中国人群中COL28A1基因调控区的SNP位点,通过Taqman探针法在上述验证队列中进行基因表型的检测。使用SPSS18.0软件进行统计学分析,卡方检验用于比较病例对照组间SNP位点的分布是否具有差异,表达数量性状定位(e QTL)分析用于比较SNP位点与前列腺癌组织中基因表达的相关性。结果:1、通过i COGS芯片筛查,在中国人群中发现了5个新的SNP位点,进一步验证发现rs10235505的A等位基因(OR=1.189,95%CI=1.052-1.343)将增加前列腺癌的发病风险,而rs12567052的A等位基因(OR=0.836,95%CI=0.737-0.947)为前列腺癌发生的保护因素。2、通过反转录定量PCR检测了两个SNP位点相关基因(KIF14和COL28A1)在前列腺癌组织中的表达水平,分析发现中国前列腺癌患者中rs10235505的A等位基因相比G等位基因与前列腺癌组织中的COL28A1高表达相关,而在英国前列腺癌患者标本中没有发现该关联的存在。3、通过sanger测序发现COL28A1启动子区的SNP位点,rs4720739,rs79808090,rs76674714及rs7925534,最小等位基因频率分别为:13.4%,15.4%,16.4%及3.4%。4、rs4720739,rs79808090和rs76674714的基因表型与前列腺癌的发生均没有统计学差异,rs76674714的C等位基因与PSA低水平(PSA50 ng/ml vs≥50 ng/ml)显著相关(OR=0.566,95%CI=0.364-0.879)。结论:1、rs10235505和rs12567052为中国人群特有的前列腺癌易感位点。2、rs10235505的AA基因型和A等位基因将增加前列腺癌的发病风险,rs12567052的AA基因型和A等位基因为前列腺癌发生的保护因素。3、rs10235505的A等位基因在中国人群中可能通过增加COL28A1的mRNA水平从而影响细胞转移和侵袭,进而增加前列腺癌的发生风险。4、COL28A1启动子区的SNP位点rs4720739,rs79808090和rs76674714与前列腺癌的发生无相关性。rs76674714的C等位基因可显著降低前列腺癌病人的PSA低水平。
【关键词】：前列腺癌 单核苷酸多态性(SNP) COL28A1 GWAS
【学位授予单位】：第二军医大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R737.25
【目录】：

• 摘要4-6
• Abstract6-9
• 主要英文缩写词表9-10
• 前言10-17
• 参考文献13-17
• 第一部分 ICOGS SNP芯片筛查中国人群中特有的前列腺癌易感位点17-34
• 一、实验材料和设备17-18
• 二、实验方法18-22
• 三、实验结果22-28
• 四、讨论28-30
• 参考文献30-34
• 第二部分 COL28A1基因调控区SNP位点的研究34-51
• 一、实验材料和设备34-36
• 二、实验方法36-40
• 三、实验结果40-47
• 四、分析与讨论47-49
• 参考文献49-51
• 结论51-52
• 综述52-63
• 参考文献57-63
• 硕士在读期间发表的论文63-64
• 致谢64

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前2条

1 韩苏军;张思维;陈万青;李长岭;;中国前列腺癌发病现状和流行趋势分析[J];临床肿瘤学杂志;2013年04期

2 LI Mei Ling;LIN Ji;HOU Jian Guo;XU Lei;CUI Xin Gang;XU Xing Xing;YU Yong Wei;HAN Xue;WANG Guo Min;GUO Jian Ming;XU Dan Feng;THOMPSON Timothy C;CAO Guang Wen;ZHANG Hong Wei;;Environmental and Psycho-social Factors Related to Prostate Cancer Risk in the Chinese Population:a Case-control Study[J];Biomedical and Environmental Sciences;2014年09期

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本文编号：531829