特发性癫痫患者外周血差异表达基因筛选及相关生物信息学分析

发布时间：2023-01-14 15:50

　　目的通过生物信息学方法分析特发性癫痫患者外周血中关键的差异表达基因（Differentially expressed genes,DEGs）及其生物学功能、细胞定位、参与的信号通路等,为特发性癫痫的发病机制及其防治研究提供新思路。方法从基因表达汇编（Gene expression omnibus,GEO）数据库下载了于2020年1月共享的GEO数据系列GSE143272中的6个未用药的特发性癫痫患者外周血样本,8个丙戊酸钠治疗有效的特发性癫痫患者外周血样本,以及10个健康对照样本的基因芯片数据;其次,在R软件中使用limma包等筛选鉴定出DEGs。然后对所有74个DEGs采用了包括DAVID、STRING及Cytoscape里的Cytohubba应用程序等方法进行了基因功能注释和通路富集分析、PPI网络分析和关键基因分析。结果筛选确定了部分重要的关键DEGs,包括:TREML3P、KCNJ15、ORM1、RNA28S5、ELANE、RETN、ARG1、LCN2、SLPI、HP、PGLYRP1、BPI、DEFA4、TCN1、MPO、MMP9、CTSG、CXCL8、RNASE3、RNASE... 

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【参考文献】：
期刊论文
[1]癫痫遗传学研究新进展[J]. 蒋永莉,杨西爱,杨颖,江文.  中华神经科杂志. 2017 (06)
[2]丙戊酸钠——癫痫治疗一线用药[J]. 洪震.  癫痫杂志. 2017(03)



本文编号：3730706