R软件nlme程序包在网状Meta分析中的应用

  本文关键词：R软件nlme程序包在网状Meta分析中的应用，由笔耕文化传播整理发布。

中国循证医学杂志 2014, 14(3): 355～360

论 著

方法学研究

R软件nlme程序包在网状Meta分析中的应用

张 超1 牛玉明2 曾宪涛1,2*

1. 湖北医药学院附属太和医院循证医学中心（湖北十堰 442000）；2. 湖北医药学院附属太和医院口腔医学中心（湖北十堰 442000）

摘要 nlme程序包是基于广义最小二乘法和线性混合效应模型研发的、可通过R软件实现广义线性和非线性混合效应模型下的Meta分析。该程序包实现Meta分析时，需要对数据先行转化为效应量的对数值才可进行。本文介绍了使用R软件nlme程序包实现网状Meta分析的过程，详细呈现了如何转化数据这一核心步骤。

关键词 网状Meta分析；广义线性混合效应模型；R语言；nlme程序包

Implementation of Network Meta-Analysis with nlme Package in R Soft ware

ZHANG Chao1, NIU Yu-ming2, ZENG Xian-tao1,2*

1. Center for Evidence-Based Medicine and Clinical Research, Taihe Hospital, Hubei University of Medicine, Shiyan 442000, China;2. Department of Stomatology, Taihe Hospital, Hubei University of Medicine, Shiyan 442000, China

Abstract Th e nlme package is developed based on the generalized least squares (gls) and linear mixed-eff ects model (lme). It can perform meta-analysis based on linear and nonlinear mixed eff ects models in R language. When conducting meta-analysis using nlme package in R language, the fi rst step is to translate the data into its logarithm estimation. In this article, we introduce how to perform network meta-analysis using R language nlme package and show the core step of data translation in detail.

Key words Network meta-analysis; Generalized linear mixed model; R language; nlme package

随着网状Meta分析的发展及各种软件的成功研发，运算模型的选择也日益受到关注，广义线性模型（generalized linear model，GLM）就是其中之一。GLM是线性模型的扩展，其特点是不强行改变数据的自然度量，数据可以具有非线性和非恒定方差结构；与线性模型相比，GLM模型中Y的分布可以是任何形式的指数分布（如高斯分布、泊松分布、二项式分布），联结函数可以是任何单调可微函数（如对数函数logarithm或逻辑函数logit），这些优点使得GLM模型可处理多种变量，日益受到关注（欲详细了解GLM的读者建议阅读参考文献 [1,2]）。

nlme是一款基于S语言在S-PLUS软件中实现混合效应模型（mixed-eff ects models）分析的软件。因此，其可以同时进行线性和非线性混合效应模型（linear and nonlinear mixed effects models，NLME）分析 [3,4]。当前，混合效应模型也可通过nlme程序

DOI: 10.7507/1672-2531.20140060基金项目：湖北省教育科学“十二五”规划2012年度重点课题（编号：2012A050），湖北医药学院2011年度优秀中青年科技创新团队项目（编号：2011CZX01），湖北医药学院附属太和医院2013年循证医学“苗圃基金”项目（编号：EBM2013004）。作者简介：张超，男（1988年～），本科，，住院医师，以循证医学、系统评价与Meta分析为主要研究方向。Email: zhangchao0803@*通讯作者，Email: zengxiantao1128@

包在R语言中实现 [5,6]。nlme程序包亦可以实现网状Meta分析 [6,7]，本文仍以《R软件R2WinBUGS程序包在网状Meta分析中的应用》一文中实例 [8,9]为例进行展示。

1 软件及程序包的安装/加载

R软件的安装已在前文讲述，本文使用的是R-3.0.1 [8,10,11]。

此外，需要安装nlme程序包，具体命令为：in-stall.packages(“nlme”)。在弹出的对话框中选择某个镜像（CRAN）安装，安装完成后再由library(“nlme”)命令完成加载。

2 数据的加载与预处理

2.1 数据加载

R软件nlme程序包实现网状Meta分析的基本思路是将因变量y设置为效应量，自变量x设置为干预措施，结合相关的干预措施之间的比较来计算得出线性关系 [7]。本文将y设为logOR，x设为13种药物以及安慰剂，并对相关药物之间的比较作一定标记。

因实例中含有3臂试验，所以，首先将数据中

CJEBM

355

© 2014 中国循证医学杂志编辑部

  本文关键词：R软件nlme程序包在网状Meta分析中的应用，由笔耕文化传播整理发布。