基于蛋白质组学的无创及微创样本的大数据研究

发布时间：2021-12-16 04:52

　　随着“人类基因组计划”的完成,“后基因组时代”渐渐拉开序幕。蛋白质组学作为其中最为重要的一个研究领域,开始受到广泛关注。蛋白质组学领域的快速发展为医学和临床领域注入了新的活力,使得疾病本身的特质、疾病进展的机理以及疾病发生的原因,都可以在分子水平上被进一步深入研究。随着生物领域在蛋白质组学研究方向上的逐渐加深,以及国际人类蛋白质组计划、中国人类蛋白质组计划、美国临床蛋白质组肿瘤分析计划等各大国际、国内蛋白质组计划的逐步开展实施,在这十几年间,蛋白质组学已对各大主要模式生物的生理和病理状态下的蛋白质表达谱和变化规律进行了深入、有力的探索。此外,蛋白质组学的最新进展还为临床应用提供了新的机会,包括新生物标志物的识别、疾病进展监测以及药物副作用评估等等。然而,蛋白质组学对于人类的各个组织器官在生理条件下的蛋白质组还从未涉及。另外,人体的组织或者器官并非完全具有质地和组织结构上的均一性。因此,对这些组织的不同区域、不同细胞、不同组织结构也还缺乏更为精细的研究。此外,在将复杂的蛋白质组学分析更广泛地引入临床应用之前,真正意义上的生理状态还缺乏准确的定义,这些真正健康的样本的采集、制备、存储、蛋白... 

【文章来源】：华东师范大学上海市 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：91 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

胃黏膜蛋白质组分析流程

由于伦理上我们很难收集到绝对健康人的胃黏膜样本，因此我们收集的胃黏膜样本都来自于患有轻度胃病的患者，包括：浅表性胃炎、胆汁返流性胃炎、伴有幽门螺旋杆菌感染的胃炎以及其他轻度胃部不适症。我们采集了来自 36 个有轻度胃病的患者的无患病区域的胃黏膜样本，总计 82 例，每个区域至少 10 例，其中包括：贲门（Ca）12 例，胃底（Fu）12 例，小弯（LC）11 例，大弯（GC）12 例，角切迹（AI）15 例，胃窦（An）10 例，幽门（Py）10 例。这些样本的采集都是通过常规胃镜活检从胃的 7 个解剖区域中正常的部位获得的标本。举例来说，如果患者在贲门（Ca）部位患有胃溃疡，那么我们则采集远离贲门的健康部位（如图 2-2 所示）。此外，对于每一个个体，同一个区域的样本最多被采样一次。

华东师范大学博士学术论文值除以其对应样本中所有检测到的蛋白的 iBAQ 总和。随后，为了让这个 F的大小更便于读写，我们将该 FOT 值乘以 105，称之为 iFOT 值。所有的胃黏膜蛋白质组的质谱原始数据和搜库数据均已经通过 iProX 上传国际标准的蛋白质组数据仓库 ProteomeXchange，数据集 ID 标识PXD011821，可在线下载。2.5 数据质量控制数据质量控制方面，我们使用了覆盖三个月采样时间段的总计 26 个 29准品进行质量控制，从而对质谱仪的性能进行了评估。结果表明，质谱仪器稳定，可重现性高，Spearman 相关系数都能够达到 0.8 以上（图 2-3）。


本文编号：3537519