BLAST序列比对脱机移植研究

发布时间：2022-01-15 11:34

　　BLAST序列比对算法是NCBI综合性生物信息平台整合的众多重要功能之一。研究建立BLAST算法的脱机环境移植,可使生物信息学研究人员在构建自己专有序列数据库的同时,对DNA序列进行脱机环境比对,以期更高的序列数据安全性,避免联网状态下造成的数据丢失和泄露等严重问题。通过研究BLAST序列比对过程中涉及的标准数据格式与调用细节,实现了脱机环境下的BLAST序列比对,为建立安全序列比对提供了一种可行参考。 

【文章来源】：内蒙古师范大学学报(自然科学汉文版). 2020,49(04)

【文章页数】：6 页

【部分图文】：

BLAST序列比对算法

2.2 脱机比对程序框架设计研究通过设计程序接口界面响应用户操作,读取待查序列,调用本地BLAST模块,将其与格式化的数据库序列进行比对,比对完成后返回结果,生成比对报告文档,从而达到脱机环境下的BLAST序列比对目标。程序基本框架如图2所示。

FASTA序列数据格式

【参考文献】：
期刊论文
[1]一种基于BLAST的多种遗传标记序列比对方法[J]. 赵钊,王彤,孙洁,周勤虎,刘亚楠,胡蓉.  科技与创新. 2017(18)
[2]生物信息学序列比对算法分析[J]. 黄佳琪.  生物技术世界. 2015(11)
[3]基于位图索引和B+树的BLAST改进算法[J]. 黄志洪,吕威,黄俊.  计算机工程与应用. 2013(11)
[4]MATLAB7.X生物信息工具箱的应用——专用分析工具（六）[J]. 刘新星,谢成,李红燕,杨英杰.  现代生物医学进展. 2012(15)
[5]CUDA兼容图形卡作为BLAST序列比对的有效硬件加速器研究[J]. 胡娅,黄理灿,姚晖.  工业控制计算机. 2011(01)
[6]后基因组时代的生物信息学发展[J]. 高媛.  中国科技信息. 2009(10)
[7]基于模板技术的生物信息软件Web自动发布系统[J]. 何莹,唐九飞.  计算机工程与设计. 2007(17)
[8]蛋白质组学的相关技术及应用[J]. 邹清华,张建中.  生物技术通讯. 2003(03)

硕士论文
[1]基于Spark基因序列两两比对任务并行化的研究与实现[D]. 高悦.内蒙古农业大学 2018
[2]基于Hadcop的基因序列比对算法Blast的分布式并行化研究与实现[D]. 孟明.内蒙古农业大学 2015
[3]DNA序列比对算法的研究及实现[D]. 王力.安徽农业大学 2014



本文编号：3590546