食管癌差异表达基因的生物信息学分析

发布时间：2022-02-08 17:05

　　目的:应用生物信息学技术挖掘食管癌差异表达基因,为食管癌治疗提供新靶点。方法:从GEO数据库中下载基因芯片数据集GSE20347、GSE92396和GSE1420,使用在线分析工具GEO2R筛选出食管癌组织与正常食管组织的差异表达基因。利用在线数据库DAVID和STRING分别进行功能、通路富集分析和蛋白互作分析,使用Cytoscape软件来筛选蛋白相互作用网络中的核心网络基因,并在TCGA数据库中验证其差异表达情况。结果:本实验共发现274个差异表达基因,269个基因有相同的表达趋势,其中96个上调基因,173个下调基因（调整后P<0.05,|log2FC|>1）。通过GO富集分析（P<0.05）发现它们主要参与了表皮发育、肽键交联结合、角质细胞分化、细胞外基质组织生成等生物学过程。分子功能包括细胞外基质结构组分、分子活性、钙离子及血小板源性生长因子结合等的功能;而细胞组成分析提示这些差异基因主要集中在细胞外基质。KEGG富集通路分析（P<0.05）显示主要的信号通路包括阿米巴病信号通路、细胞外基质作用信号通路、糖酵解和糖异生等信号通路过程。MCODE分析发现... 

【文章来源】：重庆医科大学学报. 2020,45(09)北大核心CSCD

【文章页数】：7 页

【部分图文】：

GSE20347、GSE92396、GSE1420中差异表达基因的表达

GO和KEGG分析

差异表达基因蛋白-蛋白相互作用图和子模块相互作用图

【参考文献】：
期刊论文
[1]Epidemiology,etiology,and prevention of esophageal squamous cell carcinoma in China[J]. He Liang,Jin-Hu Fan,You-Lin Qiao.  Cancer Biology & Medicine. 2017(01)



本文编号：3615423