少量细胞输入的自制转录组测序文库构建试剂评测

发布时间：2023-03-04 02:45

　　目的·验证基于SMART(switching mechanism at 5’end of RNA template)技术自制的转录组测序文库构建试剂(DIY试剂)替代昂贵的商业化试剂TaKaRa SMART-Seq v4试剂盒(TaKaRa试剂)的可行性。方法·选取4只8周龄雌性C57BL/6小鼠,随机分为2组:一组作为对照组,不进行处理;另一组向小鼠腹腔内注射1 mL浓度为4%的巯基乙酸盐肉汤,诱导巨噬细胞。经过72 h后,分离腹腔巨噬细胞并提取RNA,用DIY试剂和Ta KaRa试剂分别进行cDNA文库的构建。经二代测序后,利用生物信息学分析方法从数据质量、基因差异表达分析、KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析3个方面探究不同建库试剂对转录组测序结果的影响。结果·DIY试剂和TaKaRa试剂处理的样品数据质量良好;2种试剂捕获转录本的能力相近;样品所测序列在基因上的覆盖度均匀且一致性较高;差异表达基因以及通路富集的分析结果基本一致。结论·DIY试剂可替代TaKaRa试剂进行少量细胞的转录组测序文库构建,并降低建库成本...

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 材料
        1.1.1 实验细胞和动物
        1.1.2 主要试剂
        1.1.3 主要仪器
        1.1.4 主要软件
    1.2 实验方法
        1.2.1 腹腔巨噬细胞的诱导
        1.2.2 腹腔巨噬细胞RNA的提取
        1.2.3 cDNA的构建及二代测序
        1.2.4 测序数据质量控制和序列比对
        1.2.5 基因表达分析
        1.2.6 差异表达基因通路富集分析
2 结果
    2.1 2种试剂处理样品的数据质量比较
    2.2 2种试剂捕获转录本的能力比较
    2.3 2种试剂处理的样品基因覆盖度比较
    2.4 主成分分析
    2.5 2种试剂处理样品的差异表达基因鉴定结果
    2.6 2种试剂处理样品的基因通路富集分析
3 讨论



本文编号：3753579