人群横断面调查应用型本体的构建及生物医学本体存储与应用平台的建设

发布时间：2021-02-24 20:22

　　自2000年基因本体问世以来,本体作为数据标准化的一种手段,在生物医学数据整合中扮演了日益重要的作用。国际上许多大型的生物医学数据库,如UniProt、ENCODE DCC,都使用本体为其提供标准化的术语与语义支持。在本体迅猛发展的过程中,本体平台的建立对本体的推广起到了促进作用。一方面,各平台基于相应的准则收录本体资源,为用户提供了拥有不同规范标准的本体。另一方面,平台还为用户提供了不同的本体应用工具,方便其使用本体进行数据注释、数据整合,乃至本体开发等工作。本研究主要分两部分工作:第一,建立国内的生物医学本体资源存储与应用平台,收录以OBO Foundry本体为主的精准医学相关本体,为国内用户提供相关的本体应用服务;第二,在所建平台的基础上,针对国家人口与健康科学数据共享平台中国国民体质与健康数据库中的横断面调查数据,建立人群横断面调查应用型本体,为数据库的建设提供基于本体的语义支持。我们通过复用NCBOBioPortal技术,搭建了本体资源平台软件框架,遴选精准医学相关本体,构建了 MedPotal本体资源存储与应用平台。对原框架中的代码和本体处理工具,我们进行了修正和完善,使之... 

【文章来源】：北京协和医学院北京市 211工程院校 985工程院校

【文章页数】：62 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
缩略语对照表
中文摘要
Abstract
引言
    参考文献
第一部分 :生物医学本体资源存储和应用平台MedPortal的建设
    研究背景
    1. 材料和方法
        1.1 MedPortal系统平台搭建
        1.2 本体的遴选、收集和数据库的建设
        1.3 MedPortal网络服务的Python实现
        1.4     MedPortal API支持生物倍患数据库中应用型本体建设的实例
    2. 结果
        2.1 MedPortal本体资源和网站基本功能
        2.2 MedPortal的高级功能
        2.3 尿蛋白质生物标志物数据库的应用型本体
    3. 讨论和结论
    参考文献
第二部分: 人群横断面调查本体的构建
    研究背景
    1. 材料与方法
        1.1 语义建模
        1.2 人群横断面调查本体的构建与校验
        1.3 人群横断面调查本体的应用示例
    2. 结果
        2.1 人群横断面调查本体的语义模型
        2.2 人群横断面调查本体构建与校验结果
        2.3 人群横断面调查本体的应用
    3. 结论和讨论
    参考文献
第三部分: 综述
    参考文献
附录1 数据库词汇的映射与富集情况
致谢
个人简历


【参考文献】：
期刊论文
[1]新医学是解决人类健康问题的真正钥匙——需“精准”理解奥巴马的“精准医学计划”[J]. 贺林.  遗传. 2015(06)
[2]生物医学领域本体的构建、评估与应用[J]. 杨春媛,李满生,朱云平.  中国科学:生命科学. 2013(03)
[3]观测指标标识符逻辑命名与编码系统（LOINC）数据库介绍[J]. 张林,赵英杰,陈兴.  河北省科学院学报. 2004(04)



本文编号：3049899