胃癌相关长链非编码RNA的筛选与分析

发布时间：2017-10-26 18:11

  本文关键词：胃癌相关长链非编码RNA的筛选与分析

  更多相关文章： 胃癌 lnc RNAs 分子标志群 高通量芯片 TUG1

【摘要】：目的:根据2015年的最新癌症统计数据表明,胃癌(GC)在我国的发病率及死亡率均处于第二位。虽然近年来,我国在胃癌的诊断及治疗上已经取得了巨大的进步,但大多数患者在确诊时已处于晚期阶段,失去了行根治性手术的机会,即便进行了手术,甚至术后的辅助放化疗、靶向及生物治疗等,患者的复发率及转移风险仍很高,进展期胃癌患者的5年生存率仅为30%-50%,很可能是因为胃癌具有极强异质性,其分子信号通路复杂,许多癌基因和抑癌基因的失调被认为是导致胃癌形成的不可或缺的因素。在过去数十年里,短链非编码RNA,尤其是mi RNAs的功能及作用机制得到了充分的阐明,而另一类兴起的长链非编码RNA(lnc RNAs)近来被发现在包括胃癌在内的多种人类疾病中也发挥着重要功能。随着芯片及测序技术的飞速发展,胃癌相关分子标志物得以不断发掘。但大多数研究都着重于单个分子标志物,其用以胃癌诊断和预测的可靠性欠佳。因此,本课题利用Human Lnc RNA Microarray建立胃癌相关lnc RNAs表达谱,对有潜在研究价值的lnc RNAs进行了初步验证并对其临床意义进行了探讨,从而为后续完善胃癌相关的“分子标志群”,并基于胃癌分子标志群建立“胃癌相关lnc RNAs诊断或预测模式”提供研究基础。方法:针对5个有明确胃癌家族史的胃癌患者,利用高通量基因芯片系统性地检测了配对的癌及癌旁组织中lnc RNAs和m RNAs的表达情况,建立了lnc RNAs在胃癌中的差异表达谱。通过检索文献在表达谱中选出了3个可能有潜在功能的lnc RNAs在72对配对的胃癌及癌旁组织以及胃癌细胞株中运用q RT-PCR进行了验证,并进一步对差异表达的m RNAs作了GO分析和Pathway分析。深入研究了上调的TUG1表达水平与胃癌患者临床病理因素及预后的相关性,揭示其可能的临床价值。结果:我们通过lnc RNA芯片筛选得到了胃癌癌及癌旁组织中差异表达的lnc RNA共3107个,其中上调或下调超过2倍的lnc RNA分别为1300个和1807个,上调或下调超过10倍的lnc RNA分别有50个和482个。结合文献分析,选出了3个具有研究价值的Lnc RNAs:TUG1、HOTAIRM1、SNHG12,并分别在72对胃癌患者的配对组织以及胃癌细胞株中进行定量检测,q RT-PCR结果与基因芯片的结果保持一致。对可靠的芯片结果中差异表达的m RNAs行GO分析显示,有1898个上调m RNAs和1256个下调m RNAs富集于Biological Process;有1976个上调m RNAs和1349个下调m RNAs富集于Cellular Component;有1846个上调m RNAs和1223个下调m RNAs富集于Molecular Function。此外,KEGG Pathway分析结果显示:有47条信号通路与上调表达的m RNAs相关,12条信号通路与差异下调的m RNAs相关。相比于配对癌旁正常胃黏膜组织,lnc RNA TUG1在肿瘤组织中的表达显著上调,且与肿瘤浸润深度(P=0.002)、淋巴结转移(P=0.034)、远处转移(P=0.029)、TNM分期(P=0.008)以及脉管内有无癌栓(P=0.045)有关。Cox分析亦显示:TUG1的表达水平(P=0.031)与淋巴结转移(P0.001)、脉管内有癌栓形成(P0.001)、远处转移(P=0.002)和TNM分期(P=0.039)共为影响胃癌患者OS的独立危险因素。结论:本研究通过lnc RNA芯片成功构建了胃癌lnc RNA差异表达谱,利用q RT-PCR选取部分Lnc RNAs进行初步验证,证实芯片可靠。其中,TUG1在胃癌组织中明显高表达,与患者的临床病理资料及预后具有显著相关性。因此,它很有可能成为“胃癌相关分子标志群”中的新一员以发挥其临床价值。
【关键词】：胃癌 lnc RNAs 分子标志群 高通量芯片 TUG1
【学位授予单位】：江苏大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R735.2
【目录】：

• 摘要5-7
• Abstract7-11
• 英文缩略词表11-15
• 1 引言15-21
• 2 材料和方法21-32
• 2.1 材料21-26
• 2.1.1 病例来源及临床病理资料21
• 2.1.2 组织样本21-24
• 2.1.2.1 用于lnc RNA芯片筛选的组织样本21-22
• 2.1.2.2 用于q RT-PCR验证的组织样本22-24
• 2.1.3 胃癌细胞株24-26
• 2.2 方法26-32
• 2.2.1 组织总RNA抽提26-27
• 2.2.2 RNA质量检测27-28
• 2.2.2.1 RNA浓度及纯度的测定27-28
• 2.2.2.2 RNA完整性检测28
• 2.2.3 Lnc RNA芯片杂交28
• 2.2.4 芯片洗涤与扫描28
• 2.2.5 芯片数据的采集及分析28-29
• 2.2.6 Lnc RNA q RT-PCR验证29-31
• 2.2.6.1 引物设计29-30
• 2.2.6.2 Lnc RNA逆转录反应30
• 2.2.6.3 Lnc RNA q RT-PCR反应30-31
• 2.2.6.4 分析荧光定量结果31
• 2.2.7 统计学方法31-32
• 3 实验结果32-60
• 3.1 总RNA的提取和质控32-33
• 3.2 Lnc RNA芯片初筛结果:33-40
• 3.3 芯片结果在组织和细胞株中的q RT-PCR定量验证40-43
• 3.4 对芯片筛选结果中差异表达m RNAs的GO分析结果43-53
• 3.5 对芯片筛选结果中差异表达m RNAs的Pathway分析结果53-56
• 3.6 TUG1 的临床意义56-60
• 3.6.1 72 例胃癌患者的临床相关资料56
• 3.6.2 TUG1 的表达水平与临床病理因素的相关性56-58
• 3.6.3 TUG1 的表达水平与胃癌患者预后的关系58-60
• 4 讨论60-66
• 5 结论66-67
• 参考文献67-76
• 致谢76-77
• 攻读学位期间发表的文章77-79
• 综述79-97
• 参考文献89-97

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本文编号：1099835