肝细胞癌和胆囊癌基因表达谱分析及肝癌相关基因单核苷酸多态性研究

发布时间：2018-04-01 01:37

  本文选题：AFP　切入点：HNF1A　出处：《第二军医大学》2016年博士论文

【摘要】：第一部分肝癌相关AFP和HNF1A基因单核苷酸多态性研究单核苷酸多态性(SNP)是基因组水平上的DNA多态性,可发生在基因编码区和非编码区,与疾病的发生发展密切相关。本研究在课题组前期原发性肝癌易感性基因系列研究基础上,重点聚焦AFP和HNF1A基因非编码区SNP位点多态性的研究,寻找这些位点与HCC易感性之间的关联,以及它们对基因转录的调控机制。我们通过聚合酶链反应-连接酶方法(Polymerase chain reaction Ligation detection reaction,PCR-LDR)对来自中国汉族人群的1058例样本进行了SNP位点基因型检测。检测的SNP位点包括:AFP基因SNP位点rs6834059、rs4018和rs4024,以及HNF1A基因SNP位点rs73539。通过病例对照研究,评估了这些位点与HBV感染以及HBV相关HCC之间的关联性。然后,我们通过构建rs4024和rs735396位点野生型和突变型的荧光报告载体,初步研究了它们对基因转录活性的影响。我们通过体外EMSA实验进一步验证了它们对基因转录活性的影响。结果显示AFP的SNP位点rs6834059和rs4024基因多态性分别与HCC患者是否伴有肝硬化和TNM分期存在统计学相关。rs6834059位点G/G基因型在伴有肝硬化的HCC患者中比例更高(P=0.038,OR=2.72,95%CI:1.02-7.26),而rs4024位点G/G基因型在高TNM分期的HCC患者中比例更高(P=0.031,OR=1.88,95%CI:1.05-3.37)。此外,rs735396位点多态性与HBV相关HCC易感性之间存在显著相关性,携带A/A基因型人群具有更高的HCC患病风险(P=0.024,OR=1.55,95%CI:1.06 2.26)。荧光报告基因检测结果显示rs4204位点G/G基因型和rs735396位点G/G基因型具有更高的转录活性。此外,EMSA实验结果显示rs4204位点G/G与A/A基因型之间结合所在调控序列的核蛋白能力存在差异。结论:通过病例对照研究,我们发现了AFP基因SNP位点rs735396多态性与HCC的易感性显著相关,而AFP基因SNP位点rs6834059和rs4024多态性与HCC的进展显著相关。进一步功能学研究揭示了rs735396和rs4204位点多态性在基因转录中的调控作用。第二部分肝细胞癌与肝硬化基因表达谱差异分析肝硬化(Cirrhosis)是肝细胞癌(HCC)高危风险因素,易进展为HCC并最终导致死亡。本研究旨在比较HCC和Cirrhosis组织之间的基因表达数据,发现从Cirrhosis演变为HCC过程中的关键基因(Hub genes),以及这些基因在疾病过程中的作用。我们从高通量基因表达数据库(Gene expression Omnibus,GEO)下载了4个HCC和Cirrhosis相关数据集,并将HCC组织样本和正常肝组织样本数据合并为HCC数据集,将Cirrhosis组织样本数据定义为C数据集合。然后,我们使用WGCNA软件包构建了HCC和C数据集的权重基因共表达网络,获得显著共表达的基因模块,并通过flash Clust和dynamic Tree Cut软件包对得到的基因模块进行了分析,根据连接度计算筛选到出Hub基因。最后,应用DAVID在线数据库对模块特异性基因以及Yellow模块中Hub基因进行功能注释,并通过Cytoscape软件可视化显示功能注释网络。结果显示在排除了离群样本后,HCC数据集包含有394个HCC组织样本和29正常肝组织样本数据,C数据集包含215个肝硬化组织样本数据。HCC数据集构建了6个基因模块,分别标记为:蓝、棕、青绿、绿色、红色和黄色。其中的蓝、棕、青绿在HCC和C数据集之间具有高保守性,而黄色保守性最低。这些模块中的基因已经被发现与转录、有丝分裂、阳离子运输、阳离子稳态以及环化酶的分泌和调控有关。黄色基因模块中包含有编码细胞因子的基因,例如:CCL22和IL19,这些细胞因子可在HCC的发生过程中起到重要的作用。结论:通过HCC与Cirrhosis组织基因表达谱的WGCNA比较分析,发现了6个显著共表达的基因模块,其中一个基因模块可能与肝硬化进展为HCC紧密相关。通过Hub基因分析,我们发现了一些在肝硬化和肝细胞癌之间差异表达的基因,它们可能是HCC进展过程中发挥作用的重要因子。对这些基因进一步的功能研究,将有助于我们更好地了解HCC发病的分子机制。第三部分基于RNA-Seq的胆囊癌转录组研究胆囊癌是一种相对少见的的恶性肿瘤,具有高恶性程度、易早期转移、难于早期发现、对化疗药物不敏感等特点。本研究旨在通过对癌组织(TT)与癌旁组织(ANTT)之间差异表达基因(DEGs)的研究,发掘差异表达基因对胆囊癌形成和发展的影响机制,为寻找新的诊治靶点提供实验依据。首先,我们从本实验室前期研究的转录组测序(RNA-Seq)数据中挑选了16个DEGs。然后,通过实时荧光定量PCR技术(Real-time PCR),在一个包含35例胆囊癌患者的独立样本中,对这些DEGs进行了验证。而且,我们结合临床随访信息,在差异表达基因与临床数据之间进行了关联性分析。结果显示其中有12个差异表达基因在验证组的表达数据与RNA-Seq数据一致。BIRC5、TK1、TNNT1和MMP9基因表达水平与胆囊癌手术后预后相关。BIRC5基因表达与TNM(tumor-node-metastasis)分期之间存在显著相关性。此外,我们还发现血清CA19-9检测值与TNNT1、MMP9和CLIC3基因表达水平之间有统计学相关性。生存分析结果显示,TK1和MMP9基因高表达的胆囊癌患者,伴有更差的临床预后。结论:通过对DEGs的研究,发现了一些与胆囊癌相关的重要DEGs。这些DEGs不仅具有成为胆囊癌诊断和预后相关生物学标记的潜力,而且为我们发现新的肿瘤治疗方法开拓了新思路。
[Abstract]:绗�涓�閮ㄥ垎鑲濈檶鐩稿叧AFP鍜孒NF1A鍩哄洜鍗曟牳鑻烽吀澶氭，

本文编号：1693420