miRNAs在宣威肺腺癌中表达及相关生物信息学分析

发布时间：2018-09-12 05:20

【摘要】：[目 的]通过检测miR-193a-5p、miR-486-5p、miR-4778-5p、miR-4271、 miR-551b-3p、miR-4646-5p在宣威肺腺癌中的表达水平、分析其临床意义及相关生物信息学分析为后续研究miRNAs在宣威肺腺癌发生发展中的作用机制奠定理论基础。[方法]分别以snRNAU44、snRNAU48为内参采用实时荧光定量PCR检测该6个miRNAs在35对宣威肺腺癌癌组织和相应对照组织相对表达量;将6个miRNA癌组织和对应正常组织中差异表达改变倍数进行log2转换,分析转换后表达改变倍数与宣威肺腺癌患者临床资料的相关性；Ucsc基因组数据库中分析miRNA基因前体基因组定位,选取上游10kb为可能启动子区域进行分析,Neural Network Promoter Prediction数据库中预测启动子,Patch数据库中预测可能转录起始点,Promoter 2.0、proscan预测可能转录因子,EMBOSS数据库中预测启动子区是否存在甲基化位点；采用Targetscan、DIANA-TarBase、miRanda数据库中预测miRNAs可能的靶基因,将可能靶基因进行GO分析,推测该6个miRNAs在宣威肺腺癌中的可能作用。[结 果]分别以snRNAU48、snRNAU44作为内参时miR-193a-5p、 miR-486-5p、miR-4778-5p、miR-4271、miR-551b-3p、miR-4646-5p这6个miRNA在宣威肺癌组织中相对于对应正常组织均表达下调(p均小于0.05)。6个miRNAs对数转换后差异表达改变倍数是否小于-1与患者年龄是否大于60岁、肿瘤体积是否小于1cm、肿瘤是否浸润生长、肿瘤是否发生局部淋巴节转移均不存在相关性。生物信息学分析显示：启动子区甲基化、SP1等转录因子可能参与该6个miRNA的调控。miR-193a-5p、miR-486-5p、miR-4778-5p、miR-4271、miR-551b-3p、 miR-4646-5p靶基因可能的功能为参与DNA甲基化、调控细胞DNA生物合成、调控细胞膜稳定性、参与调控肿瘤微环境、参与细胞信号转导、参与细胞转移、参与细胞凋亡等[结论miR-193a-5p、miR-486-5p、miR-4778-5p、miR-4271、miR-551b-3p、 miR-4646-5p在宣威肺腺癌中表达下调,该6个miRNA可能在SP1等转录因子调控下通过靶基因在宣威肺腺癌中参与细胞信号转导、调控肿瘤微环境、参与细胞转移、调控细胞DNA生物合成、参与细胞凋亡、调控细胞膜稳定性、参与DNA甲基化等。本实验为后续研究该6个miRNA在宣威肺腺癌中的作用机制奠定了一定理论基础和开拓了新思路。
[Abstract]:By detecting the expression level of miR-193a-5p,miR-486-5p,miR-4778-5p,miR-4271, miR-551b-3p,miR-4646-5p in Xuanwei lung adenocarcinoma and analyzing its clinical significance and bioinformatics analysis, the theoretical basis for further study on the role of miRNAs in the pathogenesis and development of Xuanwei lung adenocarcinoma was established. [methods] the relative expression of 6 miRNAs in 35 pairs of Xuan Wei lung adenocarcinoma tissues and corresponding control tissues were detected by real-time fluorescence quantitative PCR using snRNAU44,snRNAU48 as internal reference. Six miRNA cancer tissues and the corresponding normal tissues were transformed by log2, and the correlation between the change times and the clinical data of Xuanwei lung adenocarcinoma was analyzed. Analysis of miRNA Gene precursor Genome Mapping in Ucsc Genomic Database, The upstream 10kb was selected as the possible promoter region to analyze whether there were methylation sites in the predicted promoter region in the prediction promoter Patch database of the neural Network Promoter Prediction database, and the Promoter 2.0 / proscan prediction potential transcription factor was used to predict the presence of methylation sites in the promoter region in the 10kb database. The possible target genes of miRNAs were predicted by Targetscan,DIANA-TarBase,miRanda database, and the possible target genes were analyzed by GO. The possible role of the six miRNAs in Xuanwei lung adenocarcinoma was speculated. The expression of miR-193a-5p, miR-486-5p,miR-4778-5p,miR-4271,miR-551b-3p,miR-4646-5p in Xuanwei lung cancer tissues was down-regulated in comparison with the corresponding normal tissues (p < 0. 05) when snRNAU48,snRNAU44 was used as the internal reference respectively. Whether the change times of differential expression of 6 miRNAs was less than 1 and patients after logarithmic conversion of 6 miRNAs was lower than that of patients with lung cancer (p < 0. 05). Whether the age is over 60, There was no correlation between tumor volume less than 1 cm, tumor infiltration and growth, local lymphatic node metastasis. Bioinformatics analysis showed that transcription factors such as promoter methylation and SP1 might be involved in the regulation of the six miRNA. MiR-193a-5 pnmiR-486-5 pnmiR-4778-5pnmiR-4271mR-551b-3p. the function of miR-4646-5p target gene may be to participate in DNA methylation, regulate cell DNA biosynthesis, and regulate cell membrane stability, the main function of miR-4646-5p target gene is to participate in DNA methylation, to regulate cell DNA biosynthesis, and to regulate cell membrane stability. Participate in the regulation of tumor microenvironment, participate in cell signal transduction, participate in cell metastasis, participate in apoptosis. [conclusion] the expression of miR-193a-5p,miR-486-5p,miR-4778-5p,miR-4271,miR-551b-3p, miR-4646-5p in Xuanwei lung adenocarcinoma is down-regulated. These six miRNA may be involved in cell signal transduction, tumor microenvironment, cell metastasis, cell DNA biosynthesis and apoptosis through target genes in Xuanwei lung adenocarcinoma under the control of SP1 and other transcription factors. Regulate cell membrane stability and participate in DNA methylation. This study provides a theoretical basis and a new idea for the further study of the mechanism of the six miRNA in Xuanwei lung adenocarcinoma.
【学位授予单位】：昆明医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R734.2

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本文编号：2238026