基于二代测序技术的大肠癌发展过程中肠道微生物变化研究

发布时间：2019-09-28 17:40

【摘要】：大肠癌是常见的恶性肿瘤之一,据世界流行病学调查,发现大肠癌的发病率在男女中都位于恶性肿瘤第三位,在北美、西欧、澳大利亚、新西兰等地的发病率最高,居内脏肿瘤前二位,如今东亚、西班牙和东欧等曾经低风险的地区发病率也正在迅速增加。研究认为大部分的大肠癌由大肠腺瘤演变而来。肠道微生物,由于其在营养代谢及免疫调节上的关键作用,被认为与大肠癌的癌变有直接关联。然而,与大肠腺瘤或大肠癌相关的肠道微生物的物种及其功能还没有进行过全面综合的调查。因此本研究对来自健康人,大肠腺瘤患者,大肠癌患者的3个分组共147个个体的粪便样品进行宏基因组测序,通过对测序数据进行过滤、组装、基因预测与去冗余,构建了3,513,139个非冗余的微生物基因集。基于该3.5M基因集进行宏基因组关联分析(MGWAS),发现在3个分组中肠道微生物整体上及基因、物种、功能上都存在差异。通过对3组样品进行Kruskal Wallis检验,发现了分别富集于这3个人群中的130,715基因,基于这些差异基因进行MLG(Metagenomic linkage groups)分析,并利用MLG进行了健康组与癌症组,健康组与腺瘤组的分类器的构建。并对这3个分组人群的进行了潜在风险因素分析,分析发现红肉的摄入量与造成肠道环境恶化的细菌正相关,而水果、蔬菜的摄取量与这类细菌则是负相关,这一发现将为大肠腺瘤及大肠癌的早期诊断及治疗提供新的思路。
【学位授予单位】：华南理工大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R735.34

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本文编号：2543438