肾透明细胞癌相关剪接异构体的识别及功能分析研究

发布时间：2021-02-04 06:03

　　肾细胞癌被认为是泌尿系统发病率极高的恶性肿瘤,而肾透明细胞癌（kidney renal clear cell carcinoma,KIRC）是肾脏恶性肿瘤最常见的亚型。尽管肾透明细胞癌的治疗方法已取得很大进展,但其死亡率仍非常高,尤其是对于晚期/转移性肾透明细胞癌的患者,目前免疫疗法和分子靶向药物的疗效并不理想。癌症相关的异常可变剪接分析是近年来癌症靶标搜索的重要研究方向。可变剪接造成异常蛋白的产生或过度表达,这些蛋白调控细胞周期、细胞凋亡等生命过程,从而导致癌症的发生和发展,但目前缺乏关于可变剪接对肾透明细胞癌影响的全面分析。因此为了改善肾透明细胞癌患者的治疗效果,进一步完善用于肾透明细胞癌患者的预后预测和治疗的生物标志物,以供潜在的诊断性治疗靶点筛选以KIRC治疗,本论文针对与KIRC相关的可变剪接同工型并对其功能作用进行了深入探究,主要分为以下三个方面的内容。首先,为筛选KIRC中癌旁与癌症样本之间差异可变剪接事件（Different alternative splicing events,DASEs）,本论文基于TCGA提供的RNA-Seq数据将252个样本纳入本次研究队列,在... 

【文章来源】：哈尔滨工业大学黑龙江省 211工程院校 985工程院校

【文章页数】：62 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

SpliceSeq评估的剪接事件类型[38]

哈尔滨工业大学理学硕士学位论文16一个基因包含多种AS组合的形式为富集转录组功能多样性提供了巨大的潜力。图2-1KIRC中检测到的可变剪接事件(n=35436)本论文为获得可靠的AS事件，经过严格筛选后的结果如表2-2所示，一共从10205个基因中获得34978个AS事件，其中ES占比最多，而ME最少，这与先前的研究结果保持一致。表2-2筛选前后7种可变剪接事件所含数量SplicetypeBeforefilterAfterfilterRatioAA3821304079.6%AD3270247175.6%AP9509642767.6%AT8632604470.0%ES181171445679.8%ME23515666.4RI2831238484.2%注释：Splicetype：剪接类型；Beforefilter：筛选前对应可变剪接事件所含数量；Afterfilter：筛选后对应可变剪接事件所含数量；Ratio：筛选后可变剪接事件数量占筛选前数量的比例。2.3.3DASE识别结果为确定KIRC特异的AS事件，本论文比较了39个配对肿瘤与癌旁组织之间的PSI值，最终从502个基因中初步筛选到了604个DASE事件(如图2-2A），占筛选的KIRCAS总事件的1.70%，其中有353个在癌组织种上调，有251个在癌组织中下调，如图2-2B所示。DASEs包括11个AA，16个AD，357个AP，118个AT，70个ES，3个ME，29个RI。尽管在KIRC队列中检测到ME事件，但

KIRC中DASE的识别结果


本文编号：3017852