利用RNA转录组数据库挖掘肿瘤细胞EZH2基因候选转录因子

发布时间：2021-02-12 19:00

　　转录因子的筛选是基因转录调控研究的重要环节。通常人们通过候选转录因子基序（motif）结构域的DNA结合序列是否存在于靶基因启动子而进行筛选。基因表达相关性是发现基因间相互作用的一种有效手段。利用已有的多种人类基因组转录组公共数据库,通过对已知转录因子与靶基因共转录关系分析,本研究发现,肿瘤细胞系大百科全书（CCLE）基因共转录相关系数可作为筛选候选转录（抑制和激活）因子的新方法。对所挖掘出的7个与EZH2基因转录高度相关的候选转录因子（TCF7L2、PML、TBP、PHF8、RBBP5、MYBL2、NRF1）进行实验验证,发现PHF8和NRF1过表达（或敲降）确实促进（或抑制）EZH2基因转录;染色质免疫共沉淀实验和荧光素酶报告基因结果亦证实,PHF8和NRF1能够结合EZH2基因启动子DNA,提示PHF8和NRF1可能是EZH2基因的转录因子。 

【文章来源】：中国生物化学与分子生物学报. 2020,36(06)北大核心

【文章页数】：9 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 基因转录组数据库的下载与归一化处理
    1.2 基因共转录相关系数矩阵的构建方法
    1.3 基因共转录相关系数位置序列矩阵的构建方法
    1.4 “已知”转录因子检索及处理
    1.5 细胞来源与培养
    1.6 小干扰RNA转染
    1.7 过表达质粒构建与转染
    1.8 qRT-PCR方法和引物序列
    1.9 分析TCGA数据库中结肠癌与切缘正常组织基因表达量
    1.10 免疫印迹分析
    1.11 染色质免疫共沉淀实验（ChIP）
    1.12 荧光素酶报告基因检测
    1.13 统计学方法
2 结果
    2.1 基因转录数据集整理和共转录相关系数矩阵的建立
    2.2 “已知”转录因子与其靶基因之间存在明确的共转录关系
    2.3 EZH2新转录因子初步鉴定
3 讨论



本文编号：3031301