长链非编码RNA在结直肠癌组织中的表达特征和LINC02595在结直肠癌发生发展中的作用机制
发布时间：2021-03-01 15:52
背景及目的:结直肠癌（colorectal cancer,CRC）被认为是当今全球最常见的威胁人类生命健康的恶性肿瘤之一[1]。结直肠癌每年的发病率和死亡率在所有恶性肿瘤当中都高居前列。根据最新的流行病学统计,全世界每年都有超过60万患者死于结直肠癌,流行病学调查研究显示超过90%的患者的死亡原因是由于肿瘤的远端转移引起的[2]。因此,如何及早的发现及早期干预治疗,对于降低结直肠癌患者的死亡率及预后生存质量具有重要的意义。随着基因组学和转录组学的研究发展,不断深入的研究证实长链非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）在多种疾病,尤其是在多种恶性肿瘤的发生发展的过程中扮演重要的角色[3-6]。lncRNA是一种最近被研究证实的具有特定调控功能的RNAs,lncRNA长度大于200个碱基,由于缺乏明显的开放阅读框而不具备编码蛋白质的功能[7]。目前对于lncRNA的研究手段包括:长链非编码RNA芯片[8]、RNA-seq[9]、以及...
【文章来源】：中国医科大学辽宁省
【文章页数】：127 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
KEGGpathyway分析
中国医科大学博士学位论文13图1.6lncRNAs转录本在CRC组织及配对癌旁组织中表达水平。用qRT-PCR检测12个lncRNA转录本在10例CRC患者配对组织中的表达水平，PVT1为质控组，*P<0.05。其次，我们发现在验证的12个lncRNAs中ENST00000456532.1(LINC02595)在这10例CRC患者肿瘤组织中的表达差异最为显著。这些结果说明LINC02595可能在CRC的发生、发展进程中扮演重要角色。3.4LINC02595在TCGA数据库CRC患者组织的表达特征首先，我们从TCGA数据库中下载了506例CRC患者（包含534个肿瘤组织和41个配对的癌旁组织）的RNA-seq数据及完整的临床信息数据，通过R语言及perl语言程序对原始数据分析，结果显示869个表达上调的mRNAs和756个表达下调的mRNAs（FC>2，FDR<0.01）（图1.7A）,同时分析结果显示622个lncRNAs表达上调和201lncRNAs表达下调（FC>2，FDR<0.01）(图1.7B）。
中国医科大学博士学位论文14图1.7TCGA数据库CRC组织种mRNA和lncRNA分析聚类。AmRNAs在534例CRC肿瘤组织及41例癌旁组织中的聚类分析,FC>2，FDR<0.01；BlncRNAs在534例CRC肿瘤组织及41例癌旁组织中的聚类分析,FC>2，FDR<0.01。其次，我们对TCGA数据库中差异表达的mRNA也进行了GO(图1.8A-C)（P<0.05）及KEGGpathyway（图1.8D）（P<0.05）分析，结果显示其差异表达的mRNA主要富集通路依然与肿瘤发生发展密切相关，由此证实我们的分析结果可信。
【参考文献】：
期刊论文
[1]Functional role of long non-coding RNA CASC19/miR-140-5p/CEMIP axis in colorectal cancer progression in vitro[J]. Xiao-Dong Wang,Jian Lu,Yun-Shou Lin,Chao Gao,Feng Qi. World Journal of Gastroenterology. 2019(14)
[2]Significance of Bcl-xL in human colon carcinoma[J]. You-Li Zhang, Li-Qun Pang, Ying Wu, Xiao-Yan Wang, Chong-Qiang Wang, Yu Fan Department of Gastroenterology, Affiliated Hospital of Jiangsu University, Zhenjiang 212001, Jiangsu Province, China Department of General Surgery, Affiliated Hospital of Jiangsu University, Zhenjiang 212001, Jiangsu Province, China Cancer Institute, Department of Chemotherapy, Affiliated People’s Hospital of Jiangsu University, Zhenjiang 212002, Jiangsu Province, China. World Journal of Gastroenterology. 2008(19)
本文编号：3057700
【文章来源】：中国医科大学辽宁省
【文章页数】：127 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
KEGGpathyway分析
中国医科大学博士学位论文13图1.6lncRNAs转录本在CRC组织及配对癌旁组织中表达水平。用qRT-PCR检测12个lncRNA转录本在10例CRC患者配对组织中的表达水平，PVT1为质控组，*P<0.05。其次，我们发现在验证的12个lncRNAs中ENST00000456532.1(LINC02595)在这10例CRC患者肿瘤组织中的表达差异最为显著。这些结果说明LINC02595可能在CRC的发生、发展进程中扮演重要角色。3.4LINC02595在TCGA数据库CRC患者组织的表达特征首先，我们从TCGA数据库中下载了506例CRC患者（包含534个肿瘤组织和41个配对的癌旁组织）的RNA-seq数据及完整的临床信息数据，通过R语言及perl语言程序对原始数据分析，结果显示869个表达上调的mRNAs和756个表达下调的mRNAs（FC>2，FDR<0.01）（图1.7A）,同时分析结果显示622个lncRNAs表达上调和201lncRNAs表达下调（FC>2，FDR<0.01）(图1.7B）。
中国医科大学博士学位论文14图1.7TCGA数据库CRC组织种mRNA和lncRNA分析聚类。AmRNAs在534例CRC肿瘤组织及41例癌旁组织中的聚类分析,FC>2，FDR<0.01；BlncRNAs在534例CRC肿瘤组织及41例癌旁组织中的聚类分析,FC>2，FDR<0.01。其次，我们对TCGA数据库中差异表达的mRNA也进行了GO(图1.8A-C)（P<0.05）及KEGGpathyway（图1.8D）（P<0.05）分析，结果显示其差异表达的mRNA主要富集通路依然与肿瘤发生发展密切相关，由此证实我们的分析结果可信。
【参考文献】：
期刊论文
[1]Functional role of long non-coding RNA CASC19/miR-140-5p/CEMIP axis in colorectal cancer progression in vitro[J]. Xiao-Dong Wang,Jian Lu,Yun-Shou Lin,Chao Gao,Feng Qi. World Journal of Gastroenterology. 2019(14)
[2]Significance of Bcl-xL in human colon carcinoma[J]. You-Li Zhang, Li-Qun Pang, Ying Wu, Xiao-Yan Wang, Chong-Qiang Wang, Yu Fan Department of Gastroenterology, Affiliated Hospital of Jiangsu University, Zhenjiang 212001, Jiangsu Province, China Department of General Surgery, Affiliated Hospital of Jiangsu University, Zhenjiang 212001, Jiangsu Province, China Cancer Institute, Department of Chemotherapy, Affiliated People’s Hospital of Jiangsu University, Zhenjiang 212002, Jiangsu Province, China. World Journal of Gastroenterology. 2008(19)
本文编号：3057700
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/zlx/3057700.html
