APOBEC3A/B启动子单核苷酸多态性对胆道系统癌症发生风险影响及机制的研究
发布时间：2021-03-18 14:30
研究背景和目的胆道系统肿瘤（Bile tract cancer BTC）,是指发生于胆道上皮的恶性肿瘤,包括胆管癌（Cholangiocarcinoma CCA）和胆囊癌（Gallbladder cancer GBC）。胆管癌约占消化系统肿瘤的3%,按照解剖位置不同,可进一步分为肝内胆管癌（Intrahepatic cholangiocarcinoma ICC）、肝门部胆管癌（Perihilar cholangiocarcinoma p CC）和远端胆管癌（Distal cholangiocarcinoma d CC）,后两者按第三版《国际肿瘤分类》应归于肝外胆管癌（Extrahepatic Cholangiocarcinoma ECC）范畴[1];胆囊癌则是消化系统第6位常见肿瘤[6]。虽属同一系统,但上述肿瘤在致病诱因、易患人群、发生率、病死率方面均存在显著差别:从致病诱因来看,泰国等沿海地区以寄生虫感染（肝吸虫）为主要诱因,而我国以胆道结石及其导致的慢性炎症为主要病因,欧美国家则主要以原发性硬化性胆管炎（PSC）为主要致病危险因素
【文章来源】：中国人民解放军海军军医大学上海市 211工程院校
【文章页数】：96 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
APOBEC3A rs12157810位点分析
Ensembl数据库显示rs2267401(-338bp,T>G)位点低频基因型(G型)的检出率为34.3%,同样利用Hapmap和Haploview4.2软件对APOBEC3B启动子区域进行分析后,结果显示该启动子包含相同的单体基因型共7个,但彼此之间存在连锁不平衡性(r2=0.95),且该位点最接近APOBEC3B基因编码区,因此将该位点纳入待研究位点。(图2)(3)APOBEC3B rs12628403(+4340bp,APOBEC3A,内含子4区,A>C,APOBEC3B缺失型“代理”位点)
本研究使用荧光探针实时定量PCR技术,3个目标SNP位点在99%以上的样本中成功获得了基因分型,由Roche Lightcycle480实时定量PCR仪计算并生成样本的分型散点图,在Hardy-Weinberg遗传平衡检验中APOBEC3A rs12628403(+4340bp,APOBEC3A,内含子4区,A>C,APOBEC3B缺失型“代理”位点)及APOBEC3B rs2267401(-338bp,APOBEC3B启动子区域,T>G)符合平衡定律,但样本测得APOBEC3A rs12157810(-525bp,APOBEC3A启动子区域,A>C)不符合平衡定律,为探究原因排除检验错误,遂随机送样40例进行Sanger测序,测序结果(GenBank No.MH229491-MH229530)与本中心检验结果完全相符。(图3、4、5)图4 APOBEC3A rs12628403分型检测结果
【参考文献】：
期刊论文
[1]胆管癌诊断与治疗——外科专家共识[J]. Chinese Chapter of International Hepato-Pancreato-Biliary Association;Hepatic Surgery Group,Chinese Society of Surgery,Chinese Medical Association;. 临床肝胆病杂志. 2015(01)
[2]Salmonella typhi and gallbladder cancer:report from an endemic region[J]. Mallika Tewari,Raghvendra R Mishra,Hari S Shukla. Hepatobiliary & Pancreatic Diseases International. 2010(05)
[3]原发性胆囊癌的流行病学研究[J]. 石景森. 肝胆胰外科杂志. 2003(01)
本文编号：3088481
【文章来源】：中国人民解放军海军军医大学上海市 211工程院校
【文章页数】：96 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
APOBEC3A rs12157810位点分析
Ensembl数据库显示rs2267401(-338bp,T>G)位点低频基因型(G型)的检出率为34.3%,同样利用Hapmap和Haploview4.2软件对APOBEC3B启动子区域进行分析后,结果显示该启动子包含相同的单体基因型共7个,但彼此之间存在连锁不平衡性(r2=0.95),且该位点最接近APOBEC3B基因编码区,因此将该位点纳入待研究位点。(图2)(3)APOBEC3B rs12628403(+4340bp,APOBEC3A,内含子4区,A>C,APOBEC3B缺失型“代理”位点)
本研究使用荧光探针实时定量PCR技术,3个目标SNP位点在99%以上的样本中成功获得了基因分型,由Roche Lightcycle480实时定量PCR仪计算并生成样本的分型散点图,在Hardy-Weinberg遗传平衡检验中APOBEC3A rs12628403(+4340bp,APOBEC3A,内含子4区,A>C,APOBEC3B缺失型“代理”位点)及APOBEC3B rs2267401(-338bp,APOBEC3B启动子区域,T>G)符合平衡定律,但样本测得APOBEC3A rs12157810(-525bp,APOBEC3A启动子区域,A>C)不符合平衡定律,为探究原因排除检验错误,遂随机送样40例进行Sanger测序,测序结果(GenBank No.MH229491-MH229530)与本中心检验结果完全相符。(图3、4、5)图4 APOBEC3A rs12628403分型检测结果
【参考文献】：
期刊论文
[1]胆管癌诊断与治疗——外科专家共识[J]. Chinese Chapter of International Hepato-Pancreato-Biliary Association;Hepatic Surgery Group,Chinese Society of Surgery,Chinese Medical Association;. 临床肝胆病杂志. 2015(01)
[2]Salmonella typhi and gallbladder cancer:report from an endemic region[J]. Mallika Tewari,Raghvendra R Mishra,Hari S Shukla. Hepatobiliary & Pancreatic Diseases International. 2010(05)
[3]原发性胆囊癌的流行病学研究[J]. 石景森. 肝胆胰外科杂志. 2003(01)
本文编号：3088481
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