三阴性乳腺癌易感基因突变的筛选与临床评估
发布时间：2021-03-28 20:04
目的:1.探讨三阴性乳腺癌患者临床病理学特征与预后。2.探讨分析三阴性乳腺癌患者BRCA1/2致病性胚系突变情况及其与临床病理资料的相关性。3.探讨分析三阴性乳腺癌患者除BRCA外其他肿瘤易感基因致病性胚系突变情况及其与临床病理资料的相关性。4.探讨分析三阴性乳腺癌患者肿瘤易感基因意义未明突变情况及其与临床病理资料的相关性。5.探讨分析三阴性乳腺癌患者多基因胚系突变与预后的相关性。方法:1.患者纳入与标本收集:纳入经病理确诊的三阴性乳腺癌患者外周血液标本100例。收集患者外周全血标本5ml,-80℃冻存。收集患者临床病理学数据,患者均每半年进行一次随访复查,并通过电话对患者进行随访。2.DNA提取及二代测序:使用试剂盒提取外周血白细胞基因组DNA,并对DNA进行纯化及质控。运用包含115个基因的测序面板对外周血DNA进行建库杂交及二代高通量测序,包括21个遗传性乳腺癌/卵巢癌相关基因及94个其他恶性肿瘤相关基因或DNA损伤修复通路相关基因。检测包括外显子、侧翼30bp内含子区域以及已知的致病区域。3.测序结果分析:将单核苷酸多态性定义为在人群中突变频率大于1%或之前文献报道的多态性或与...
【文章来源】：天津医科大学天津市 211工程院校
【文章页数】：79 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
碱基组成和碱基质量分析
图 1.2 碱基质量分布量评估机数据进行信息分析，根据 3 项指标来进行数据质量评估：Rawb)：总数据量；Target Mean depth：样品目标区域平均测序深e：目标区域覆盖度；，100 例 TNBC 样本每个样本的总数据量（Raw data yield )达到 我们的 0.8G 的要求。样本目标区域平均测序深度（Target Mean d00X，远超过 200X 的要求。目标区域覆盖度（Coverage）都在 9结果分析核苷酸多态性定义为在人群中突变频率大于 1%或之前文献报道的多传规律明显矛盾者。将致病性突变定义为导致蛋白质截断性改变突变、剪接变异、导致移码突变的插入或缺失。CNV 及已有文献变也认为是致病性突变。
图 2.1 样本 14B1006989 的 chr17 染色体的相对测序深度2.2BRCA2 致病性突变在样本 14B1006981 和 14B1005986 中检测到 BRCA2 基因的移码突变7679_7680delTT（p.Phe2560Serfs*5）和 c.1856delA（p.Q619Rfs*25）（详见表1），BIC 数据库判定该突变为 Class5：Pathogenic，这两个突变都造成 BRCA2因编码蛋白的提前截断，而野生型编码蛋白长度为 3418 个氨基酸，编码蛋白提前终止，会对蛋白功能产生影响。但这两个突变均没有相关文献报道。在样本 14B0951953 和 14S0951985 中分别检测到 BRCA2 基因的无义突变8970G>A 和 c.5959C>T（详见表 2.1），这两个突变都造成了 BRCA2 基因编码白的提前终止，会对其蛋白的功能产生影响，是致病的突变。其中 c.5959C>T 突变在 BRCA2 基因的 BRC 重复基元中。c.7679_7680delTT c.8970G>A 突变在 BRCA2 基因 Zinc-hook 结构域中。表 2.2 BRCA1 及 BRCA2 致病性突变StudyIDAffectedGeneNucleotideChangeVariantEffectProteinChangeFamilyCancerReference
【参考文献】：
期刊论文
[1]Novel CDH1 germline mutations identified in Chinese gastric cancer patients[J]. Qin-Hua Chen,Wei Deng,Xiao-Wei Li,Xiu-Fang Liu,Jing-Mei Wang,Li-Feng Wang,Nong Xiao,Qiong He,Ya-Ping Wang,Yi-Mei Fan. World Journal of Gastroenterology. 2013(06)
[2]Three novel missense germline mutations in different exons of MSH6 gene in Chinese hereditary non-polyposis colorectal cancer families[J]. Shi-Yan Yan, Xiao-Yan Zhou, Xiang Du,Tai-Ming Zhang, Yong-Ming Lu, Xiao-Li Xu, Bao-Hua Yu, Heng-Hua Zhou, Da- Ren Shi, Department of Pathology, Cancer Hospital/Institute, Fudan University; Department of Oncology, Shanghai Medical College, Fudan University, Shanghai 200032, China San-Jun Cai, Department of Abdominal Surgery, Cancer Hospital/Institute, Fudan University, Shanghai 200032, China. World Journal of Gastroenterology. 2007(37)
本文编号：3106162
【文章来源】：天津医科大学天津市 211工程院校
【文章页数】：79 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
碱基组成和碱基质量分析
图 1.2 碱基质量分布量评估机数据进行信息分析，根据 3 项指标来进行数据质量评估：Rawb)：总数据量；Target Mean depth：样品目标区域平均测序深e：目标区域覆盖度；，100 例 TNBC 样本每个样本的总数据量（Raw data yield )达到 我们的 0.8G 的要求。样本目标区域平均测序深度（Target Mean d00X，远超过 200X 的要求。目标区域覆盖度（Coverage）都在 9结果分析核苷酸多态性定义为在人群中突变频率大于 1%或之前文献报道的多传规律明显矛盾者。将致病性突变定义为导致蛋白质截断性改变突变、剪接变异、导致移码突变的插入或缺失。CNV 及已有文献变也认为是致病性突变。
图 2.1 样本 14B1006989 的 chr17 染色体的相对测序深度2.2BRCA2 致病性突变在样本 14B1006981 和 14B1005986 中检测到 BRCA2 基因的移码突变7679_7680delTT（p.Phe2560Serfs*5）和 c.1856delA（p.Q619Rfs*25）（详见表1），BIC 数据库判定该突变为 Class5：Pathogenic，这两个突变都造成 BRCA2因编码蛋白的提前截断，而野生型编码蛋白长度为 3418 个氨基酸，编码蛋白提前终止，会对蛋白功能产生影响。但这两个突变均没有相关文献报道。在样本 14B0951953 和 14S0951985 中分别检测到 BRCA2 基因的无义突变8970G>A 和 c.5959C>T（详见表 2.1），这两个突变都造成了 BRCA2 基因编码白的提前终止，会对其蛋白的功能产生影响，是致病的突变。其中 c.5959C>T 突变在 BRCA2 基因的 BRC 重复基元中。c.7679_7680delTT c.8970G>A 突变在 BRCA2 基因 Zinc-hook 结构域中。表 2.2 BRCA1 及 BRCA2 致病性突变StudyIDAffectedGeneNucleotideChangeVariantEffectProteinChangeFamilyCancerReference
【参考文献】：
期刊论文
[1]Novel CDH1 germline mutations identified in Chinese gastric cancer patients[J]. Qin-Hua Chen,Wei Deng,Xiao-Wei Li,Xiu-Fang Liu,Jing-Mei Wang,Li-Feng Wang,Nong Xiao,Qiong He,Ya-Ping Wang,Yi-Mei Fan. World Journal of Gastroenterology. 2013(06)
[2]Three novel missense germline mutations in different exons of MSH6 gene in Chinese hereditary non-polyposis colorectal cancer families[J]. Shi-Yan Yan, Xiao-Yan Zhou, Xiang Du,Tai-Ming Zhang, Yong-Ming Lu, Xiao-Li Xu, Bao-Hua Yu, Heng-Hua Zhou, Da- Ren Shi, Department of Pathology, Cancer Hospital/Institute, Fudan University; Department of Oncology, Shanghai Medical College, Fudan University, Shanghai 200032, China San-Jun Cai, Department of Abdominal Surgery, Cancer Hospital/Institute, Fudan University, Shanghai 200032, China. World Journal of Gastroenterology. 2007(37)
本文编号：3106162
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