甲状腺癌早期诊断生物标志物的筛选及初步细胞学验证

发布时间：2021-05-12 13:25

　　背景与目的甲状腺是位于颈部的蝴蝶形腺体,可分泌多种激素,发挥调节血压、体温、心率、代谢和体重等生理功能。甲状腺癌（TC,Thyroid carcinoma）是最常见的内分泌恶性肿瘤之一。近年来,甲状腺癌在我国及世界范围内的发病率上升趋势明显。目前,细针穿刺细胞学检测（FNAC,Fine needle aspiration cytology）是美国甲状腺协会推荐的标准化临床操作,为甲状腺结节临床评估中最准确及经济的方法。然而,约30%的病例得出的细胞学结果不确定,需要进行部分或完全甲状腺切除并完成进一步的组织病理学检查。在临床上建立更好的早期诊断方法,精准地确定结节的良恶性,仍然具有一定的挑战。发现并筛选新的具有潜在应用价值的甲状腺癌生物标志物,提高甲状腺癌患者早期诊断的精准性,特别是对细胞学结果不确定患者的术前评估具有重要意义。方法本研究使用WGCNA方法对来源于NCBI表达谱数据库的265例细胞学结果不确定的甲状腺结节的基因表达谱数据进行显著相关基因分析,从而获得与恶性组织学特征显著相关的基因模块。该结果进一步在来源于cBioPortal癌症病例基因组学数据库的3个独立数据集中进行验... 

【文章来源】：江苏大学江苏省

【文章页数】：83 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
中英文注释表
第一章 绪论
    1.1 甲状腺癌
        1.1.1 甲状腺癌介绍
        1.1.2 甲状腺癌临床检查方法
    1.2 甲状腺癌诊断生物标志物
        1.2.1 生物标志物介绍
        1.2.2 甲状腺癌常见生物标志物、应用及局限性
    1.3 加权基因共表达网络分析(WGCNA)
        1.3.1 基本原理
        1.3.2 基本分析流程
        1.3.3 加权基因共表达网络构建
    1.4 本研究的意义
    1.5 主要研究内容和技术路线
        1.5.1 主要研究内容
        1.5.2 技术路线
第二章 WGCNA方法挖掘甲状腺癌生物标志物
    2.1 研究材料
    2.2 研究方法
        2.2.1 数据预处理
        2.2.2 临床病例样本分组
        2.2.3 加权基因共表达网络的构建
    2.3 实验结果
        2.3.1 去除离群样本
        2.3.2 确定软阈值
        2.3.3 鉴定出与组织学特征相关的基因模块
    2.4 讨论与小结
第三章 甲状腺癌潜在生物标志物的数据库验证
    3.1 研究材料
    3.2 研究方法
        3.2.1 特征基因(蓝色模块中的基因)的表达水平验证
        3.2.2 蓝色模块基因的GO和 KEGG通路分析
        3.2.3 统计分析
    3.3 实验结果
        3.3.1 蓝色模块基因的原数据集验证
        3.3.2 蓝色模块基因的3 个独立数据集验证
        3.3.3 蓝色模块基因的GO和 KEGG通路分析
    3.4 讨论与小结
第四章 甲状腺癌生物标志物的细胞学验证
    4.1 实验材料
        4.1.1 实验所需细胞
        4.1.2 实验仪器及实验耗材
        4.1.3 实验所需试剂及配制方法
    4.2 实验方法
        4.2.1 细胞培养
        4.2.2 细胞传代
        4.2.3 细胞冻存
        4.2.4 细胞接种
        4.2.5 总RNA提取
        4.2.6 逆转录
        4.2.7 qRT-PCR
        4.2.8 制备细胞总蛋白
        4.2.9 测定细胞总蛋白浓度
        4.2.10 Western blot检测目的蛋白含量
        4.2.11 统计分析
    4.3 实验结果
        4.3.1 总RNA质量检测
        4.3.2 总RNA定量
        4.3.3 蛋白定量标准曲线
        4.3.4 蛋白浓度
        4.3.5 qRT-PCR验证甲状腺癌生物标志物细胞表达
        4.3.6 Western Blot验证甲状腺癌生物标志物细胞表达
    4.4 讨论与小结
第五章 临床数据分析恶性甲状腺癌相关风险因子
    5.1 研究材料
    5.2 研究方法
        5.2.1 临床样本预处理
        5.2.2 疾病类型及患者分类
        5.2.3 统计分析
    5.3 研究结果
        5.3.1 基本临床信息统计结果
        5.3.2 危险分型统计结果
    5.4 讨论与小结
第六章 总结
参考文献
致谢
在学期间发表的学术论文及其他科研成果


【参考文献】：
期刊论文
[1]Identify the signature genes for diagnose of uveal melanoma by weight gene co-expression network analysis[J]. Kai Shi,Zhi-Tong Bing,Gui-Qun Cao,Ling Guo,Ya-Na Cao,Hai-Ou Jiang,Mei-Xia Zhang.  International Journal of Ophthalmology. 2015(02)



本文编号：3183495