胃癌m 6 A甲基化相关分子筛选初步研究
发布时间：2021-07-28 00:09
背景:表观遗传学是研究不涉及核DNA序列变化的可逆的、可遗传的表型。表观遗传学是一个具有稳定遗传特征的遗传学分支,一般意义上认为的化学修饰主要包括DNA和RNA甲基化、组蛋白修饰等。与DNA甲基化修饰相似,N6-甲基腺苷（m6A）作为整个转录组中最常见的转录后RNA修饰在最近几年中引起了很多的关注。m6A甲基化修饰可由m6A“编码器”发生甲基化,编码器是由核心催化组分（METTL3/METTL14/WTAP）和以及其他调节剂因子组成的,并由m6A甲基化“擦码器”（FTO和ALKBH5）发生去甲基化。m6A的功能由直接与m6A“读码器”（主要是包括含有YTH结构域的蛋白质）执行。材料以及方法:我们选取4对胃癌组织以及相对应的癌旁组织,借助于MeRIP-seq等实验技术,首次构建胃癌了m6A转录组修饰图谱,并深度揭示RNA m6A甲基化修饰在胃癌和正常癌旁组织间的共性和差异性的调控功能。结果:1...
【文章来源】：江苏大学江苏省
【文章页数】：98 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
MeRIP-seq流程图
胃癌m6A甲基化相关分子筛选初步研究20*对于分光光度计，纯RNA的O.D.A260/A280比值应接近2.0(可接受1.8和2.1之间的比值)。外径A260/A230的比值应大于1.8。3.1.2RNA完整性质控另外进行琼脂糖凝胶电泳实验检测RNA样本的完整性，完整的RNA样本的电泳结果应为5S、18S、28S的三条电泳条带均清晰。而我们电泳结果显示各组样本总RNA的三条带都清晰完整，表明提取的总RNA样本非常好的完整性(图3.1)。图3.1总RNA电泳图Figure3.1TotalRNAelectrophoresis3.1.3MeRIP的质量评价(表3.2)。表3.2NanoDropND-1000用于RNA定量和质量保证Table3.2RNAQuantificationandQualityAssurancebyNanoDropND-1000.SampleIDSampleNameConc.(ng/μl)Volume(μl)Quantity(μg)MeRIP-seq1737511T.IP18.86100.192737511N.IP17.9100.183737789T.IP26.67100.274737789N.IP13.48100.135738156T.IP12.58100.136738156N.IP14.79100.157739939T.IP2.78100.038739939N.IP4.96100.05RNA-seq1737511T.Input1568.69148232.172737511N.Input1189.53148176.053737789T.Input1175.56745875.794737789N.Input977.32345337.175738156T.Input973.36345335.816738156N.Input1571.89148232.647739939T.Input543.1814880.398739939N.Input748.03148110.713.1.4RNA文库质控(表3.3-表3.4)
江苏大学硕士学位论文23m6Apeaks，相关联胃癌组织中4259个基因的转录本；在正常癌旁组织中有4093个m6Apeaks，相关联正常胃组织中3174个基因的转录本。图3.2中的Venn图显示了个体间m6ARNA的差异和重叠。其中，在胃癌组织和正常胃组织中都检测到1039个m6Apeaks(仅仅占肿瘤和正常组所有peaks中的12%)以及相关联的1637个m6A修饰基因(同样仅仅占肿瘤和正常组所有m6A修饰基因中的28%)，m6A重叠peak的低百分比表明两组间m6A模式存在差异(图3.2A-B)。通过分析每个m6A修饰基因的m6Apeak分布，我们发现大多数m6A修饰的基因有一到三个m6A修饰位点，而相对较少的基因则含有3个甚至更多的m6A修饰位点(图3.2C)。ABC图3.2转录本m6A序列与m6Apeak分析。(A)m6Apeaks。(B)m6Apeak相对应的转录本。C)每个基因m6A修饰peak的分布；Figure3.2Transcriptomem6A-seqandanalysisofm6Apeaks.(A)m6Apeak.(B)m6Apeaks-representedtranscripts.(C)thedistributionofm6A-modifiedpeakspergene.RNA甲基化区的motif分析。RNA甲基化和去甲基化始于各种结合蛋白与甲基化位点的基序结合。motif本质上是具有生物学意义的核酸序列模式，这些RNA
本文编号：3306808
【文章来源】：江苏大学江苏省
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【学位级别】：硕士
【部分图文】：
MeRIP-seq流程图
胃癌m6A甲基化相关分子筛选初步研究20*对于分光光度计，纯RNA的O.D.A260/A280比值应接近2.0(可接受1.8和2.1之间的比值)。外径A260/A230的比值应大于1.8。3.1.2RNA完整性质控另外进行琼脂糖凝胶电泳实验检测RNA样本的完整性，完整的RNA样本的电泳结果应为5S、18S、28S的三条电泳条带均清晰。而我们电泳结果显示各组样本总RNA的三条带都清晰完整，表明提取的总RNA样本非常好的完整性(图3.1)。图3.1总RNA电泳图Figure3.1TotalRNAelectrophoresis3.1.3MeRIP的质量评价(表3.2)。表3.2NanoDropND-1000用于RNA定量和质量保证Table3.2RNAQuantificationandQualityAssurancebyNanoDropND-1000.SampleIDSampleNameConc.(ng/μl)Volume(μl)Quantity(μg)MeRIP-seq1737511T.IP18.86100.192737511N.IP17.9100.183737789T.IP26.67100.274737789N.IP13.48100.135738156T.IP12.58100.136738156N.IP14.79100.157739939T.IP2.78100.038739939N.IP4.96100.05RNA-seq1737511T.Input1568.69148232.172737511N.Input1189.53148176.053737789T.Input1175.56745875.794737789N.Input977.32345337.175738156T.Input973.36345335.816738156N.Input1571.89148232.647739939T.Input543.1814880.398739939N.Input748.03148110.713.1.4RNA文库质控(表3.3-表3.4)
江苏大学硕士学位论文23m6Apeaks，相关联胃癌组织中4259个基因的转录本；在正常癌旁组织中有4093个m6Apeaks，相关联正常胃组织中3174个基因的转录本。图3.2中的Venn图显示了个体间m6ARNA的差异和重叠。其中，在胃癌组织和正常胃组织中都检测到1039个m6Apeaks(仅仅占肿瘤和正常组所有peaks中的12%)以及相关联的1637个m6A修饰基因(同样仅仅占肿瘤和正常组所有m6A修饰基因中的28%)，m6A重叠peak的低百分比表明两组间m6A模式存在差异(图3.2A-B)。通过分析每个m6A修饰基因的m6Apeak分布，我们发现大多数m6A修饰的基因有一到三个m6A修饰位点，而相对较少的基因则含有3个甚至更多的m6A修饰位点(图3.2C)。ABC图3.2转录本m6A序列与m6Apeak分析。(A)m6Apeaks。(B)m6Apeak相对应的转录本。C)每个基因m6A修饰peak的分布；Figure3.2Transcriptomem6A-seqandanalysisofm6Apeaks.(A)m6Apeak.(B)m6Apeaks-representedtranscripts.(C)thedistributionofm6A-modifiedpeakspergene.RNA甲基化区的motif分析。RNA甲基化和去甲基化始于各种结合蛋白与甲基化位点的基序结合。motif本质上是具有生物学意义的核酸序列模式，这些RNA
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