生物信息学筛选肺腺癌miRNA标记物的研究
发布时间：2021-08-15 06:27
研究背景肺癌是目前全球发病率最高的恶性肿瘤之一,也是死亡率最高的恶性肿瘤。就发病率而言,其在美国男性和女性中均位居第二位。肺腺癌是NSCLC最常见的组织学亚型之一。肺癌的早期症状隐匿,不易发现。到目前为止,肺癌的早期诊断仍存在一定程度的难度,有统计称80%的肺癌患者首次诊断已属晚期,无法外科手术治疗。在肺癌的精确治疗中,其发病、进展及耐药的分子机制是目前的研究热点问题,也是药物治疗肺癌的关键所在,而生物标志物的筛选对癌症的精确早期诊断和治疗至关重要。研究方法1.项目通过整合分析中使用的数据包括来自miRNA、mRNA以及人参考miRNA-mRNA网络的肺腺癌的基因表达数据。首先需要收集数据并重建肺腺癌特异性网络,然后根据网络结构及其生物学功能鉴定推测的miRNA生物标志物。筛选出的miRNA需要通过文献挖掘、确认和生物信息学探索,对肺腺癌相关性进行验证。从公开的GEO数据库中提取肺腺癌的基因表达和miRNA表达数据,数据集是GSE63459和GSE36681。将数据标准化,然后用limma R包中的线性模型选择差异表达的mRNA。经验贝叶斯参数方法应用于计算p值和其他参数。应用Benj...
【文章来源】：山东大学山东省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：108 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
图１：数据收集程序，整合分析鉴定ｍｉＲＮＡ生物标志物，??对ｍｉＲＮＡ牛物标志物的验证
文???３．?ｍｉＲＮＡ生物标志物的生物学功能富集验证??进一步进行了功能富集分析，通过Ｄａｔａｂａｓｅ?ｆｏｒ?Ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ、Ｖｉｓｕａｌｉｚａｔｉｏｎ和??Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ?Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ?（ＤＡＶＩＤ）在线工具调查由己鉴定的ｍｉＲＮＡ生物标记调节??的基因的作用。该分析以两种方式进行：基因本体论（ＧＯ）分析和ＫＥＧＧ途??径分析。??在ＧＯ分析中，我们在三个层面进行了分析：生物过程（ＢＰ），细胞组分（ＣＣ）??和分子功能（ＭＦ）。前十名最显著的丰富项目如图２所示。通过进一步的文献??验证，我们发现大多数项目与肺腺癌有很强的关系。例如，相关研宄表明（６３），??分子功能水平上，ＦＧＦＲ２的功能可以由两种蛋白质调节一Ｇｒｂ２和Ｐｌｃｙｌ，在缺乏??生长因子是，两种蛋白质将竞争相同的蛋白质结合位点。ＦＧＦＲ２表达可被??ｍｉＲ－３３８－３ｐ?（—种鉴定的ｍｉＲＮＡ生物标志物）抑制。其他方面，如在细胞质（６４）、??膜界限的细胞器（６５）、代谢过程的正调控（６６）和转录因子结合（６７）等发面，已通过??生物学和临床实验证实其对肺腺癌的发生和转移有影响。??Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ?ｐｒｏｃｅｓｓ??Ｐｏｓｉｔｉｖｅ?ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ?ｏｆ?ｃｅｌｌｕｌａｒ?ｐｒｏｃｅｓｓ?■■■■■■■■■■■■■■??Ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ?ｕｆ?ｎｕｃｒｏｍｕｉｅｃｕｌｅ?ｍｅｔａｂｏｌｉｃ??Ｐｏｓｉｔｔｖｅ?ｒｅｇｕｌａｌｔｏｎ?ｏｆｌｎｏｌｏｇｉｃａｌ?ｐｒｏｃｅｓｓ??Ｋｃｇｕｌａｔｉｏｎ?ｎｌ?ｍｃｒｌａｈｏｌｉｃ?ｐｒｏｃｅｓｓ??Ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ?ｏｆ?ｐｒｉｍａｒｙ?ｍｅｔａｂｏｌｉｃ?ｐｒｏ
?Ｊ?ＳＯ－?Ｊ＇??｜?Ｍ－?｜?Ｗ－Ｊ?｜?＃〇－?（??卜－?卜－．．．．?ｉ?？－厂Ｉ一＾??２０＊?２０?－?２０－?＿Ｉ??〇－?｜?｜?ｉ?ｉ?ｉ?ｉ?■?ｉ?ｉ?ｉ?〇?＜?＞?ｉ?１?１??０?２０?４０?６０?８０?１００?０?２０?４０?ＢＯ?ＳＯ?１００?０?２０?４０?（０?ＢＯ?１００??１００％?■?ＳｐｅｃｍｃｔｔｙＶ?１００＾．?－?Ｓ？＊ｃｌｆｌｃｌｔｙ％?１００％?？?Ｓｐ？ｃｌｆｌｃＭ／Ｖ．??图６：各组ｍｉＲＮＡ及ＣＥＡ、ＣＡ１２５的ＲＯＣ曲线图??表９：各组ｍｉＲＮＡ及ＣＥＡ、ＣＡ１２５的ＲＯＣ曲线分析表??ｍｉＲＮＡ?ＡＵＣ?标准误?ｐ值?９５％可信区间??ｍｉＲ－２０４－５ｐ?０．８３?０．０６?＜０．０００］?０．７２－０．９４??ｍｉＲ－５６７?０．５９?０．０７?０．２２?０．４５－０．７３??ｍｉＲ－４５４－３ｐ?０．８１?０．０５?＜０．０００１?０．７０－０．９２??ｍｉＲ－３３８－３ｐ?０．７１?０．０７?０．００６?０．５８－０．８４??ｍｉＲ－１３９－５ｐ?０．８８?０．０４?＜０？（）００］?０．７９－０．９７??ＣＥＡ?０．８５?０．０５?＜０．０００１?０．７６－０．９５??ＣＡ１２５?０．５１?０．０７?０．９１?０．３６－０．６５??４．血浆中所有ｍｉＲＮＡｓ水平与ＣＥＡ、ＣＡ１２５无明显相关性，??ｍｉＲＮＡｓ组间对比存在一定的相关性??对肺腺癌组患者血浆?ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ｍｉＲ－２０４－５ｐ、ｍｉＲ－５６７、ｍｉＲ－４５４－３ｐ
本文编号：3344039
【文章来源】：山东大学山东省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：108 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
图１：数据收集程序，整合分析鉴定ｍｉＲＮＡ生物标志物，??对ｍｉＲＮＡ牛物标志物的验证
文???３．?ｍｉＲＮＡ生物标志物的生物学功能富集验证??进一步进行了功能富集分析，通过Ｄａｔａｂａｓｅ?ｆｏｒ?Ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ、Ｖｉｓｕａｌｉｚａｔｉｏｎ和??Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ?Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ?（ＤＡＶＩＤ）在线工具调查由己鉴定的ｍｉＲＮＡ生物标记调节??的基因的作用。该分析以两种方式进行：基因本体论（ＧＯ）分析和ＫＥＧＧ途??径分析。??在ＧＯ分析中，我们在三个层面进行了分析：生物过程（ＢＰ），细胞组分（ＣＣ）??和分子功能（ＭＦ）。前十名最显著的丰富项目如图２所示。通过进一步的文献??验证，我们发现大多数项目与肺腺癌有很强的关系。例如，相关研宄表明（６３），??分子功能水平上，ＦＧＦＲ２的功能可以由两种蛋白质调节一Ｇｒｂ２和Ｐｌｃｙｌ，在缺乏??生长因子是，两种蛋白质将竞争相同的蛋白质结合位点。ＦＧＦＲ２表达可被??ｍｉＲ－３３８－３ｐ?（—种鉴定的ｍｉＲＮＡ生物标志物）抑制。其他方面，如在细胞质（６４）、??膜界限的细胞器（６５）、代谢过程的正调控（６６）和转录因子结合（６７）等发面，已通过??生物学和临床实验证实其对肺腺癌的发生和转移有影响。??Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ?ｐｒｏｃｅｓｓ??Ｐｏｓｉｔｉｖｅ?ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ?ｏｆ?ｃｅｌｌｕｌａｒ?ｐｒｏｃｅｓｓ?■■■■■■■■■■■■■■??Ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ?ｕｆ?ｎｕｃｒｏｍｕｉｅｃｕｌｅ?ｍｅｔａｂｏｌｉｃ??Ｐｏｓｉｔｔｖｅ?ｒｅｇｕｌａｌｔｏｎ?ｏｆｌｎｏｌｏｇｉｃａｌ?ｐｒｏｃｅｓｓ??Ｋｃｇｕｌａｔｉｏｎ?ｎｌ?ｍｃｒｌａｈｏｌｉｃ?ｐｒｏｃｅｓｓ??Ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ?ｏｆ?ｐｒｉｍａｒｙ?ｍｅｔａｂｏｌｉｃ?ｐｒｏ
?Ｊ?ＳＯ－?Ｊ＇??｜?Ｍ－?｜?Ｗ－Ｊ?｜?＃〇－?（??卜－?卜－．．．．?ｉ?？－厂Ｉ一＾??２０＊?２０?－?２０－?＿Ｉ??〇－?｜?｜?ｉ?ｉ?ｉ?ｉ?■?ｉ?ｉ?ｉ?〇?＜?＞?ｉ?１?１??０?２０?４０?６０?８０?１００?０?２０?４０?ＢＯ?ＳＯ?１００?０?２０?４０?（０?ＢＯ?１００??１００％?■?ＳｐｅｃｍｃｔｔｙＶ?１００＾．?－?Ｓ？＊ｃｌｆｌｃｌｔｙ％?１００％?？?Ｓｐ？ｃｌｆｌｃＭ／Ｖ．??图６：各组ｍｉＲＮＡ及ＣＥＡ、ＣＡ１２５的ＲＯＣ曲线图??表９：各组ｍｉＲＮＡ及ＣＥＡ、ＣＡ１２５的ＲＯＣ曲线分析表??ｍｉＲＮＡ?ＡＵＣ?标准误?ｐ值?９５％可信区间??ｍｉＲ－２０４－５ｐ?０．８３?０．０６?＜０．０００］?０．７２－０．９４??ｍｉＲ－５６７?０．５９?０．０７?０．２２?０．４５－０．７３??ｍｉＲ－４５４－３ｐ?０．８１?０．０５?＜０．０００１?０．７０－０．９２??ｍｉＲ－３３８－３ｐ?０．７１?０．０７?０．００６?０．５８－０．８４??ｍｉＲ－１３９－５ｐ?０．８８?０．０４?＜０？（）００］?０．７９－０．９７??ＣＥＡ?０．８５?０．０５?＜０．０００１?０．７６－０．９５??ＣＡ１２５?０．５１?０．０７?０．９１?０．３６－０．６５??４．血浆中所有ｍｉＲＮＡｓ水平与ＣＥＡ、ＣＡ１２５无明显相关性，??ｍｉＲＮＡｓ组间对比存在一定的相关性??对肺腺癌组患者血浆?ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ｍｉＲ－２０４－５ｐ、ｍｉＲ－５６７、ｍｉＲ－４５４－３ｐ
本文编号：3344039
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/zlx/3344039.html
