肝细胞癌相关lncRNA HAO2-ITl的转录因子和靶基因预测以及功能分析
发布时间：2021-09-29 06:29
背景和目的（1）利用TCGA以及GEO数据库通过生物信息学的方法筛选出亚裔肝细胞癌（HCC）特异性lncRNAHA02-IT1,并预测其功能。（2）预测HAO2-IT1上游转录因子及下游调控靶基因,并分析与临床特征的关联性。（3）收集HCC组织样本进行qRT-PCR实验,验证HAO2-IT1、HAO2和LEF1基因的差异表达情况及相关性。材料与方法（1）从TCGA以及GEO数据库下载关于亚裔HCC的表达谱文件以及临床信息文件,进行差异分析后利用Venn分析以及生存分析筛选出共同的差异且和生存相关的lncRNA。（2）利用GSEA软件对HAO2-IT1进行基因集富集分析,利用R软件进行GO以及KEGG分析预测HAO2-IT1的功能。（3）对HAO2-IT1进行共表达分析以及转录因子预测分析筛选出上下游有调控关系的靶基因以及转录因子分别是HAO2和LEF1。（4）通过qRT-PCR对HCC组织标本中HAO2-IT1、HAO2和LEF1的表达差异情况行验证以及相关性分析。结果（1）TCGA 联合 GEO 分析发现 4 个差异 lncRNAs,HHIP-AS1、HAO2-IT1和HAND2-A...
【文章来源】：郑州大学河南省 211工程院校
【文章页数】：49 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
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【参考文献】：
期刊论文
[1]LncRNA-ATB promotes autophagy by activating Yes-associated protein and inducing autophagy-related protein 5 expression in hepatocellular carcinoma[J]. Chuan-Zhuo Wang,Guang-Xin Yan,De-Shuo Dong,He Xin,Zhao-Yu Liu. World Journal of Gastroenterology. 2019(35)
[2]Long non-coding RNA highly up-regulated in liver cancer promotes exosome secretion[J]. Shun-Qi Cao,Hong Zheng,Bao-Cun Sun,Zheng-Lu Wang,Tao Liu,Dong-Hui Guo,Zhong-Yang Shen. World Journal of Gastroenterology. 2019(35)
本文编号：3413224
【文章来源】：郑州大学河南省 211工程院校
【文章页数】：49 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图２ＨＡ０２－ＩＴ１相关的ＧＯ?（左）以及ＫＥＧＧ分析（右）??３?ＨＡ０２－ＩＴ１?的?ＧＳＥＡ?分析??
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【参考文献】：
期刊论文
[1]LncRNA-ATB promotes autophagy by activating Yes-associated protein and inducing autophagy-related protein 5 expression in hepatocellular carcinoma[J]. Chuan-Zhuo Wang,Guang-Xin Yan,De-Shuo Dong,He Xin,Zhao-Yu Liu. World Journal of Gastroenterology. 2019(35)
[2]Long non-coding RNA highly up-regulated in liver cancer promotes exosome secretion[J]. Shun-Qi Cao,Hong Zheng,Bao-Cun Sun,Zheng-Lu Wang,Tao Liu,Dong-Hui Guo,Zhong-Yang Shen. World Journal of Gastroenterology. 2019(35)
本文编号：3413224
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