基于深度测序及组学研究分析慢性髓系白血病对酪氨酸激酶抑制剂耐药机制研究
发布时间：2021-10-08 01:54
背景和目的酪氨酸激酶抑制剂（tyrosine kinase inhibitor,TKI）的广泛应用显著地改善了慢性髓系白血病（chronic myeloid leukemia,CML）患者的缓解率及长期生存。但仍有小部分患者由于药物不耐受和（或）耐药而出现病情进展和难治复发,这也是目前CML临床治疗中的难点和研究热点。而目前患者对TKI产生耐药的机制主要分为BCR-ABL1依赖性和非BCR-ABL1依赖性两种。BCR-ABL1依赖性主要是由于激酶区突变和BCR-ABL1基因扩增,而非BCR-ABL1依赖性的耐药机制就比较复杂。新进研究发现CML耐药患者白血病细胞中存在能量代谢紊乱,糖酵解亢进,且伊马替尼（Imatinib,IM）治疗可一定程度使敏感细胞内能量代谢正常化,而在耐IM的CML细胞中始终维持着高糖酵解代谢状态。探讨CML白血病细胞对IM产生非BCR-ABL1依赖性耐药机制的能量代谢特点以及能量代谢在耐药机制中的作用。以及对TKI耐药和（或）不耐受的CML患者肿瘤相关基因突变进行检测分析。研究方法使用深度测序及液相色谱联用质谱技术（LC-M S）对比不携带BCR-A B L1激...
【文章来源】：南方医科大学广东省
【文章页数】：111 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图１－２?Ｉｍａｔｉｎｉｂ作用Ｋ５６２－Ｓ和Ｋ５６２－Ｒ细胞４８小时后的凋亡率（°／〇）??
如基因共表达网络构建（ＷＧＣＮＡ）、体细胞突变检测等。??信息分析流程如下图所示：??｜?掀激赌振（ｒａｗ?ｄａｔａ?）?｜??－?Ｉ?（ｄｅｓｎ?ｄｔｕ?）］??参考爲因组对比??１???▼?Ｖ??｜?ａ因表挺麗分析?］?｜?１???＇ｆ??＇?ｒ??［?ＲＮＡ－Ｓ？ｑｉａ矢性分析?｜习分硏１??：?Ｉ?：?”??丨?慕因膝，达分析］?丨８怡基豳￡３？?｜??ｍｍｓｍｍ?｜?ｓ因集＾分栌?｜蛋白巨作网络??．莒ｍ芬析?（ＧＳＥＡ）?｜?分侪??图２－１?ＲＮＡ－ｓｅｑ信息分析技术流程??Ｆｉｇｕｒｅ?２－１?Ｆｌｏｗ?ｃｈａｒｔ?ｏｆ?ＲＮＡ－ｓｅｑ?ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ?ａｎａｌｙｓｉｓ??２．１．２．１数据质控??测序片段被高通量测序仪测得的图像数据经ＣＡＳＡＶＡ碱基识别转化为序列??数据（ｒｅａｄｓ），文件为ｆａｓｔｑ格式，其中主要包含测序片段的序列信息以及其对??１７??
?第二章慢性髓系白血病细胞系多组学研究???ＦＰＫＭ，用盒形图展示不同样本基因表达水平的分布情况，如下图所示。??可看出六个样本的基因定量表达量分布比较相近，由于Ｋ５６２－Ｓ与Ｋ５６２－Ｒ??均为Ｋ５６２细胞株来源，上一章节也通过细胞鉴定己证实同源性，基因表达水平??分布也呈现相近的状态。??ｇｅｎｅ?ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ??：?！??Ｉ?ｉ?ｉ?ｊ?Ｉ??１０．?ｉｌｌ??Ｉ?ｇｒｏｕｐ??碁?｜?＠?Ｋ５６２－Ｓ??蕃?自Ｋ５６２－Ｒ??５－??［ｌｈ?■■?■■?■■??４＂?夺令？?令?分?ｐ??ｓａｍｐｌｅ??图２－２样本基因表达量分布盒形图??Ｆｉｇｕｒｅ?２－２?Ｂｏｘ?ｐｌｏｔ?ｏｆ?ｇｅｎｅ?ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ?ｉｎ?ｓａｍｐｌｅｓ??３．１．２差异分析??对其表达数据进行统计学分析，筛选样本在不同状态下表达水平显著差异??的基因。差异分析主要分为三个步骤。首先对原始的ｒｅａｄｃｏｕｎｔ进行标准化，主??要是对测序深度的校正，然后统计学模型进行假设检验概率（ｐ?ｖａｌｕｅ）的计算，??最后进行多重假设检验校正，得到校正Ｐ值（ｐａｄｊ）?［２８］。我们每组设有３个生物??重复，差异基因筛选的标准定为丨ｌｏｇ２（ＦｏｌｄＣｈａｎｇｅ）｜＞０＆ｐａｄ＿ｊ＜０．０５，在这个标??准上我们筛选出了?１３０８个基因，其中７４４个基因在Ｋ５６２－Ｒ组中表达上升，５６４??个基因表达下降。火山图可直观地展现两组间的差异基因分布情况，如下图所??不。??２４??
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于iTRAQ技术的脓毒症脑病的蛋白质组学研究[J]. 乔阳,陈群,杨光,曹迎亚,鲁卫华. 中国临床药理学与治疗学. 2019(11)
[2]人RhoB基因真核表达载体的构建和表达分析[J]. 王梅林,牛精铃,金若其,徐莹莹,蔡晶晶,陈群力. 生物技术通报. 2019(10)
[3]丙酮酸羧化酶及其在肿瘤代谢中的研究进展[J]. 朱丽颖,张一帆. 内科理论与实践. 2019(03)
[4]骨髓增生异常综合征患者骨髓与循环肿瘤DNA突变位点一致性的分析[J]. 赵攀,朱千赜,范腾,刘为易,肖海燕,秦嘉岳,黄刚,胡晓梅. 中国实验血液学杂志. 2019(01)
[5]定量PCR方法用于恶性血液病患者侵袭性真菌感染的诊断研究[J]. 邵青,高丽,王莉莉,丁一,杨华,索继江,沈定霞,于力. 中国实验血液学杂志. 2010(02)
博士论文
[1]糖皮质激素通过下调P38 MAPK信号通路发挥抑制面神经核团凋亡作用的机制研究[D]. 李强.兰州大学 2019
[2]不同心脏保存液对供体心脏保护效果评价与供体心脏中冷诱导RNA结合蛋白作用机制的研究[D]. 李勇男.兰州大学 2019
硕士论文
[1]碳代谢流分配及辅因子再生提高大肠杆菌苏氨酸产量[D]. 李慧玲.天津大学 2018
[2]低氧条件下E3泛素连接酶Siah2致慢性髓系白血病伊马替尼耐药机制的初步研究[D]. 肖小珍.南方医科大学 2013
本文编号：3423202
【文章来源】：南方医科大学广东省
【文章页数】：111 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图１－２?Ｉｍａｔｉｎｉｂ作用Ｋ５６２－Ｓ和Ｋ５６２－Ｒ细胞４８小时后的凋亡率（°／〇）??
如基因共表达网络构建（ＷＧＣＮＡ）、体细胞突变检测等。??信息分析流程如下图所示：??｜?掀激赌振（ｒａｗ?ｄａｔａ?）?｜??－?Ｉ?（ｄｅｓｎ?ｄｔｕ?）］??参考爲因组对比??１???▼?Ｖ??｜?ａ因表挺麗分析?］?｜?１???＇ｆ??＇?ｒ??［?ＲＮＡ－Ｓ？ｑｉａ矢性分析?｜习分硏１??：?Ｉ?：?”??丨?慕因膝，达分析］?丨８怡基豳￡３？?｜??ｍｍｓｍｍ?｜?ｓ因集＾分栌?｜蛋白巨作网络??．莒ｍ芬析?（ＧＳＥＡ）?｜?分侪??图２－１?ＲＮＡ－ｓｅｑ信息分析技术流程??Ｆｉｇｕｒｅ?２－１?Ｆｌｏｗ?ｃｈａｒｔ?ｏｆ?ＲＮＡ－ｓｅｑ?ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ?ａｎａｌｙｓｉｓ??２．１．２．１数据质控??测序片段被高通量测序仪测得的图像数据经ＣＡＳＡＶＡ碱基识别转化为序列??数据（ｒｅａｄｓ），文件为ｆａｓｔｑ格式，其中主要包含测序片段的序列信息以及其对??１７??
?第二章慢性髓系白血病细胞系多组学研究???ＦＰＫＭ，用盒形图展示不同样本基因表达水平的分布情况，如下图所示。??可看出六个样本的基因定量表达量分布比较相近，由于Ｋ５６２－Ｓ与Ｋ５６２－Ｒ??均为Ｋ５６２细胞株来源，上一章节也通过细胞鉴定己证实同源性，基因表达水平??分布也呈现相近的状态。??ｇｅｎｅ?ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ??：?！??Ｉ?ｉ?ｉ?ｊ?Ｉ??１０．?ｉｌｌ??Ｉ?ｇｒｏｕｐ??碁?｜?＠?Ｋ５６２－Ｓ??蕃?自Ｋ５６２－Ｒ??５－??［ｌｈ?■■?■■?■■??４＂?夺令？?令?分?ｐ??ｓａｍｐｌｅ??图２－２样本基因表达量分布盒形图??Ｆｉｇｕｒｅ?２－２?Ｂｏｘ?ｐｌｏｔ?ｏｆ?ｇｅｎｅ?ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ?ｉｎ?ｓａｍｐｌｅｓ??３．１．２差异分析??对其表达数据进行统计学分析，筛选样本在不同状态下表达水平显著差异??的基因。差异分析主要分为三个步骤。首先对原始的ｒｅａｄｃｏｕｎｔ进行标准化，主??要是对测序深度的校正，然后统计学模型进行假设检验概率（ｐ?ｖａｌｕｅ）的计算，??最后进行多重假设检验校正，得到校正Ｐ值（ｐａｄｊ）?［２８］。我们每组设有３个生物??重复，差异基因筛选的标准定为丨ｌｏｇ２（ＦｏｌｄＣｈａｎｇｅ）｜＞０＆ｐａｄ＿ｊ＜０．０５，在这个标??准上我们筛选出了?１３０８个基因，其中７４４个基因在Ｋ５６２－Ｒ组中表达上升，５６４??个基因表达下降。火山图可直观地展现两组间的差异基因分布情况，如下图所??不。??２４??
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于iTRAQ技术的脓毒症脑病的蛋白质组学研究[J]. 乔阳,陈群,杨光,曹迎亚,鲁卫华. 中国临床药理学与治疗学. 2019(11)
[2]人RhoB基因真核表达载体的构建和表达分析[J]. 王梅林,牛精铃,金若其,徐莹莹,蔡晶晶,陈群力. 生物技术通报. 2019(10)
[3]丙酮酸羧化酶及其在肿瘤代谢中的研究进展[J]. 朱丽颖,张一帆. 内科理论与实践. 2019(03)
[4]骨髓增生异常综合征患者骨髓与循环肿瘤DNA突变位点一致性的分析[J]. 赵攀,朱千赜,范腾,刘为易,肖海燕,秦嘉岳,黄刚,胡晓梅. 中国实验血液学杂志. 2019(01)
[5]定量PCR方法用于恶性血液病患者侵袭性真菌感染的诊断研究[J]. 邵青,高丽,王莉莉,丁一,杨华,索继江,沈定霞,于力. 中国实验血液学杂志. 2010(02)
博士论文
[1]糖皮质激素通过下调P38 MAPK信号通路发挥抑制面神经核团凋亡作用的机制研究[D]. 李强.兰州大学 2019
[2]不同心脏保存液对供体心脏保护效果评价与供体心脏中冷诱导RNA结合蛋白作用机制的研究[D]. 李勇男.兰州大学 2019
硕士论文
[1]碳代谢流分配及辅因子再生提高大肠杆菌苏氨酸产量[D]. 李慧玲.天津大学 2018
[2]低氧条件下E3泛素连接酶Siah2致慢性髓系白血病伊马替尼耐药机制的初步研究[D]. 肖小珍.南方医科大学 2013
本文编号：3423202
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