一、肺癌诊断和预后标志物研究 二、三阴性乳腺癌预后相关因子NCAPD2的研究
发布时间：2021-10-12 22:13
第一部分肺癌诊断和预后标志物研究第一章通过肺发育数据挖掘肺腺癌预后相关因子SMC4背景:肿瘤是一种非常复杂的分子网络病,肿瘤中的突变基因不仅数目众多、功能复杂而且处于动态的生物分子网络之中。肿瘤细胞的高度异质性、无序性以及癌前阶段发现难、取材难等特点给肿瘤研究带来了很大的挑战。越来越多的证据显示,胚胎发育和肿瘤发生在基因表达模式以及细胞生物学行为方面存在惊人的相似性,因此肿瘤可以被认为是一种的经历异常和无监控器官发育的特殊器官。但与肿瘤发生不同,胚胎发育是一个高度保守、高度一致性的精密调控过程。胚胎发育过程中,分子调控网络高度有序,而且不同个体的发育过程以及发育过程中发生的分子变化高度一致。因此利用胚胎发育作为研究肿瘤的模型可以在最大程度上规避肿瘤异质性给研究带来的种种困难,有助于阐明掩盖于高度异质性和无序下的肿瘤的内在本质特征。目的:本课题旨在探索通过胚胎发育和肿瘤发生的比较研究挖掘潜在肿瘤关键基因的可行性。材料和方法:分析了44例肺发育数据中1640个持续一致性变化的基因在69例肺腺癌数据中的表达模式,并使用这些基因构建了肺发育过程的分子共表达网络,通过筛选高连通度节点并利用派系过...
【文章来源】：北京协和医学院北京市 211工程院校 985工程院校
【文章页数】：121 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
图３?ＳＭＣ４基因在肺腺癌组织中异常髙表达??（Ａ）?ＳＭＣ４的ｍＲＮＡ表达水平在肺腺癌组织中相对成人肺组织显著高表达
表达组共１２６例（ＳＭＣ４－Ｌ），表达值高于ＳＭＣ４下四分位数的样本定义为ＳＭＣ４??高表达组共３８０例（ＳＭＣ４－Ｈ）。生存分析结果显示，ＳＭＣ４基因高表达与肺腺癌??患者的不良预后密切相关（Ｌｏｇ－ｒａｎｋｔｅｓｔ，?ｐ?＝?０．０２４，图５）。下一步利用Ｃｏｘ比例??风险回归模型来评估ＳＭＣ４基因表达水平对肺腺癌病人生存的影响，单因素以及??多因素Ｃｏｘ回归结果均显示：与ＳＭＣ４基因低表达相比，ＳＭＣ４基因高表达增加了??肺腺癌相关死亡风险（表２）。这一结果表明，ＳＭＣ４基因不仅在肺腺癌组织中??异常高表达，而且其高表达还是肺腺癌独立的预后不良因素。??３６??
?第一部分第二章结果??基因表达谱间存在的整体差异。如图６Ａ所示，肺癌患者样本与健康人样本分布??在不同的区域内、界限清晰，两者的基因表达谱差异明显。健康人样本集中在一??起，而肺癌患者样本分成了两部分分别集中于两个不同的区域。此外，不同病理??类型的肺癌患者样本混杂在一起没有明显的区别。接下来，利用ｋ－ｍｅａｎｓ算法对??样本进行非监督聚类，在样本分类的过程中仅根据样本降维后在三个维度的特征??差别进行分类而不去考虑样本原本的类别。如图６Ｂ所示，所有样本共被分为了??３类，健康人样本主要被分在了?Ｇｒｏｕｐｌ?（８６．８％）中，少部分被分入了?Ｇｒｏｕｐ２??（５．２％）和Ｇｒｏｕｐ３?（７．９％）中；而月市癌样本被分为了?２类分别被分入了?Ｇｒｏｕｐ２??（２３．２％）和Ｇｒｏｕｐ３中（７６．７％）。这些结果表明肺癌患者与健康人的外周血白??细胞基因表达谱具有明显的差异，并且具有不同的分类特征，同时肺癌患者间的??外周血白细胞基因表达谱也存在区别。??Ａ?參?Ｚ－ａｘｉｓ?Ｂ?參鲁?Ｚ－ａｘｉｓ??Ａ?’族、、？?’族、??Ｘ－ａｘｉｓ＿?？?Ｘ－ａｘｉｓ＂＂＂？？－??？?ｆｔ！康人?Ｊ?？?Ｇｒｏｕｐｌ?Ｗ??＊?肺鱗癌?Ｙ－ａｘｔｅ?？?Ｇｒｏｕｐ２?Ｖ－ａｘｉｓ??＊肺腺楠?？?Ｇｒｏｕｐ３??小细胞肺癌??图６肺癌患者和健康人外周血白细胞基因表达谱ｔ－ＳＮＥ降维散点图??（Ａ）利用Ｔ分布随机近邻嵌入算法将高维的基因表达谱数据降维到３维
【参考文献】：
期刊论文
[1]Cancer statistics: updated cancer burden in China[J]. Wanqing Chen. Chinese Journal of Cancer Research. 2015(01)
[2]Gene expression profile of peripheral blood in colorectal cancer[J]. Yu-Tien Chang,Chi-Shuan Huang,Chung-Tay Yao,Sui-Lung Su,Harn-Jing Terng,Hsiu-Ling Chou,Yu-Ching Chou,Kang-Hua Chen,Yun-Wen Shih,Chian-Yu Lu,Ching-Huang Lai,Chen-En Jian,Chiao-Huang Lin,Chien-Ting Chen,Yi-Syuan Wu,Ke-Shin Lin,Thomas Wetter,Chi-Wen Chang,Chi-Ming Chu. World Journal of Gastroenterology. 2014(39)
本文编号：3433400
【文章来源】：北京协和医学院北京市 211工程院校 985工程院校
【文章页数】：121 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
图３?ＳＭＣ４基因在肺腺癌组织中异常髙表达??（Ａ）?ＳＭＣ４的ｍＲＮＡ表达水平在肺腺癌组织中相对成人肺组织显著高表达
表达组共１２６例（ＳＭＣ４－Ｌ），表达值高于ＳＭＣ４下四分位数的样本定义为ＳＭＣ４??高表达组共３８０例（ＳＭＣ４－Ｈ）。生存分析结果显示，ＳＭＣ４基因高表达与肺腺癌??患者的不良预后密切相关（Ｌｏｇ－ｒａｎｋｔｅｓｔ，?ｐ?＝?０．０２４，图５）。下一步利用Ｃｏｘ比例??风险回归模型来评估ＳＭＣ４基因表达水平对肺腺癌病人生存的影响，单因素以及??多因素Ｃｏｘ回归结果均显示：与ＳＭＣ４基因低表达相比，ＳＭＣ４基因高表达增加了??肺腺癌相关死亡风险（表２）。这一结果表明，ＳＭＣ４基因不仅在肺腺癌组织中??异常高表达，而且其高表达还是肺腺癌独立的预后不良因素。??３６??
?第一部分第二章结果??基因表达谱间存在的整体差异。如图６Ａ所示，肺癌患者样本与健康人样本分布??在不同的区域内、界限清晰，两者的基因表达谱差异明显。健康人样本集中在一??起，而肺癌患者样本分成了两部分分别集中于两个不同的区域。此外，不同病理??类型的肺癌患者样本混杂在一起没有明显的区别。接下来，利用ｋ－ｍｅａｎｓ算法对??样本进行非监督聚类，在样本分类的过程中仅根据样本降维后在三个维度的特征??差别进行分类而不去考虑样本原本的类别。如图６Ｂ所示，所有样本共被分为了??３类，健康人样本主要被分在了?Ｇｒｏｕｐｌ?（８６．８％）中，少部分被分入了?Ｇｒｏｕｐ２??（５．２％）和Ｇｒｏｕｐ３?（７．９％）中；而月市癌样本被分为了?２类分别被分入了?Ｇｒｏｕｐ２??（２３．２％）和Ｇｒｏｕｐ３中（７６．７％）。这些结果表明肺癌患者与健康人的外周血白??细胞基因表达谱具有明显的差异，并且具有不同的分类特征，同时肺癌患者间的??外周血白细胞基因表达谱也存在区别。??Ａ?參?Ｚ－ａｘｉｓ?Ｂ?參鲁?Ｚ－ａｘｉｓ??Ａ?’族、、？?’族、??Ｘ－ａｘｉｓ＿?？?Ｘ－ａｘｉｓ＂＂＂？？－??？?ｆｔ！康人?Ｊ?？?Ｇｒｏｕｐｌ?Ｗ??＊?肺鱗癌?Ｙ－ａｘｔｅ?？?Ｇｒｏｕｐ２?Ｖ－ａｘｉｓ??＊肺腺楠?？?Ｇｒｏｕｐ３??小细胞肺癌??图６肺癌患者和健康人外周血白细胞基因表达谱ｔ－ＳＮＥ降维散点图??（Ａ）利用Ｔ分布随机近邻嵌入算法将高维的基因表达谱数据降维到３维
【参考文献】：
期刊论文
[1]Cancer statistics: updated cancer burden in China[J]. Wanqing Chen. Chinese Journal of Cancer Research. 2015(01)
[2]Gene expression profile of peripheral blood in colorectal cancer[J]. Yu-Tien Chang,Chi-Shuan Huang,Chung-Tay Yao,Sui-Lung Su,Harn-Jing Terng,Hsiu-Ling Chou,Yu-Ching Chou,Kang-Hua Chen,Yun-Wen Shih,Chian-Yu Lu,Ching-Huang Lai,Chen-En Jian,Chiao-Huang Lin,Chien-Ting Chen,Yi-Syuan Wu,Ke-Shin Lin,Thomas Wetter,Chi-Wen Chang,Chi-Ming Chu. World Journal of Gastroenterology. 2014(39)
本文编号：3433400
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