基于单细胞转录组测序数据的癌症相关免疫组学研究

发布时间：2021-10-31 10:37

　　癌症是现代社会威胁人类健康的主要因素之一,但癌症免疫疗法也正在彻底改变肿瘤学。肿瘤浸润的免疫细胞对免疫治疗的临床反应有深远的影响,免疫组库中的Ig/Tc R基因序列多样性反映了B/T细胞增殖克隆性和机体的免疫状况,与实体肿瘤、自身免疫病和感染都密切相关。单细胞测序技术的发展推动了免疫组库测序技术的成熟与完善,日益增长的免疫组数据需要高效的免疫组库分析技术以快速准确地实现高通量数据的分析,从而更深入、细致的探究复杂免疫系统内细胞异质性。此外,免疫组学研究能推动癌症免疫治疗的发展,从免疫组学数据探究癌症早期筛查对于癌症治疗有着重要意义,如何基于免疫组学数据利用机器学习方法开发癌症预测模型是一个极具挑战性的问题。因此,本论文主要从以下三个方面开展研究:第一部分,针对日益增长的单细胞免疫组学数据,对现有分析流程存在的问题进行分析,设计一套较为完整的基于单细胞转录组测序数据的免疫组库分析流程,开发一套高效实用的免疫组库分析工具。第二部分,基于非小细胞肺癌、结直肠癌、黑色素瘤三种癌症的单细胞免疫组库数据,借助免疫组库分析工具,选取TCRβ链的CDR3蛋白序列进行V/J基因表达量分析、V/J基因共享... 

【文章来源】：哈尔滨工业大学黑龙江省 211工程院校 985工程院校

【文章页数】：70 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第1章 绪论
    1.1 课题背景及研究的目的和意义
    1.2 单细胞免疫组学研究现状
        1.2.1 单细胞免疫组数据获取途径
        1.2.2 基于单细胞的免疫组库分析现状
    1.3 癌症预测研究现状
        1.3.1 癌症诊断现状
        1.3.2 癌症预测模型研究进展
    1.4 本文的主要研究内容
第2章 基于scRNA-seq数据的免疫组库分析流程构建
    2.1 引言
    2.2 现有免疫组库分析流程的问题分析及改进
        2.2.1 免疫数据结果格式规范化
        2.2.2 规范免疫数据的克隆型分析
    2.3 基于scRNA-seq数据的免疫组库分析流程构建方法
        2.3.1 初始数据的质量控制
        2.3.2 与参考序列的比对
        2.3.3 免疫相关序列的组装
        2.3.4 Ig/TcR注释
        2.3.5 免疫组库下游分析
    2.4 免疫组库分析流程应用
    2.5 本章小结
第3章 三种癌症的单细胞免疫组库分析
    3.1 引言
    3.2 癌症的免疫组库数据及分析方法
        3.2.1 癌症免疫组库分析的数据准备
        3.2.2 三种癌症及其亚型的免疫组库对比分析方法
    3.3 三种癌症的免疫组库分析结果
        3.3.1 非小细胞肺癌的免疫组库分析结果
        3.3.2 结直肠癌的免疫组库分析结果
        3.3.3 黑色素瘤的免疫组库分析结果
        3.3.4 癌症亚型的免疫组库对比分析结果
    3.4 本章小结
第4章 基于单细胞数据的癌症预测模型建立
    4.1 引言
    4.2 癌症预测模型的数据准备及建立方法
        4.2.1 癌症预测模型的数据准备
        4.2.2 癌症预测模型的建立方法
    4.3 癌症预测模型的结果
    4.4 本章小结
结论
参考文献
附录
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]三种统计指标在IGH免疫组库分析中的应用[J]. 王芳,房建成,许媛丽,李婷婷,刘红星.  中国免疫学杂志. 2018(11)
[2]免疫组库分析在血液肿瘤中的研究和应用进展[J]. 刘红星,陈雪,王芳.  白血病·淋巴瘤. 2017 (02)
[3]大数据:基于高通量测序的抗体组学发展与应用[J]. 张在宝,管茜,张镇海.  南方医科大学学报. 2015(04)
[4]Identification of metastasis-associated genes in colorectal cancer through an integrated genomic and transcriptomic analysis[J]. Xiaobo Li,Sihua Peng.  Chinese Journal of Cancer Research. 2013(06)



本文编号：3467978