TAD边界与肺腺癌预后预测相关研究

发布时间：2021-11-01 02:06

　　肺癌是一种具有高侵袭性、高转移率和高发病率的癌症,死亡率占世界首位。肺腺癌（Lung Adenocarcinoma,LUAD）是诊断最多的肺癌亚型,在其早期阶段没有明显的症状,并且在可被检测时已经发生了肿瘤的侵袭和转移。LUAD生物学的深入研究有助于研发出更有效和更具有针对性的药物。三维染色质结构在基因表达调控、细胞多样性与同一性以及组织发育中都有着不可或缺的作用。其中TAD是兆碱基尺度上的结构单元,特点是区域内相比区域外具有更高水平的相互作用。作为染色体组织的模块化和动态单位,TAD边界的破坏会影响长距离的基因调控,进而引起致病性的表型。在这项研究中,我们通过整合肺部细胞系的Hi-C数据和LUAD患者的高通量数据集,建立了LUAD预后评估模型。该模型筛选出了34个预后相关边界特征（prognostic-related boundary features,PRBFs）,将其表达量水平和危险系数用于构建LUAD患者的风险评分系统。研究提出交互频率加权DLR值（the interaction frequency-weighted DLR,WDLR）的概念表征给定区域内的染色质结构紧缩水平,... 

【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：56 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
缩略语表
1 前言
    1.1 肺腺癌概述
    1.2 染色体三维结构概述
        1.2.1 染色体三维结构
        1.2.2 染色质构象捕获技术及其衍生技术
        1.2.3 Hi-C技术及其数据分析方法
    1.3 癌症中三维基因组的异常结构
    1.4 DNA甲基化修饰影响染色体三维结构
    1.5 本文中所用的算法——随机森林简介
    1.6 研究的目的与意义
2 材料和方法
    2.1 实验主要软件
        2.1.1 Cytoscape
        2.1.2 TCGA
    2.2 数据来源
    2.3 实验方法
        2.3.1 TAD边界的富集分析
        2.3.2 LUAD预后模型的构建
        2.3.3 风险评分公式的建立和验证
        2.3.4 染色质3D空间结构分析
        2.3.5 PRBFs的网络生成和可视化
3 结果与分析
    3.1 TAD边界的富集分析
    3.2 确定TAD边界的预后相关性
    3.3 染色质3D空间结构分析
    3.4 PRBFS的网络表征和可视化
4 讨论
5 总结与展望
参考文献
附录
    附录 A
    附录 B
    附录 C
    附录 D
致谢



本文编号：3469312