基于液相色谱-质谱联用技术的早期胃癌尿液代谢组学研究
发布时间：2021-11-01 19:33
目的:采用液相色谱质谱联用技术（LC-MS）对健康志愿者、早期胃癌患者及进展期胃癌患者的尿液样本进行检测,分析三组尿液中代谢产物的差异,进而寻找可以预测早期胃癌的潜在生物学标志物。方法:1、实验分组:根据术前检查及术后病理分为早期胃癌组、进展期胃癌组。另根据体检报告等选取健康志愿者为一组作为对照。2、样本处理:将存放于标本库中的尿液样本取出,于室温下融化,加入乙腈并高速离心（14000rpm,5min）,取尿液样本的上清液供液相色谱质谱联用仪检测分析。3、色谱分析与数据处理:通过液相色谱-质谱仪对三组尿液样本进行检测,得到早期胃癌组、进展期胃癌组及健康志愿者的代谢产物谱。进一步通过matlab软件对原始数据进行归一化等处理并做主成分分析,然后结合方差分析、偏最小二乘判别分析等统计学手段,找到早期胃癌患者、进展期胃癌患者及健康志愿者之间重要的差异代谢产物,将获得的数据导入人类代谢组数据库,对差异代谢物的结构进行鉴定,再利用ROC曲线及均值柱状图的绘制,筛选出区分能力强的差异代谢物作为潜在的生物标志物。结果:通过三组尿液样本的总离子流程图,可以直观地观察出三组尿液样本间的代谢产物存在差异差...
【文章来源】：吉林大学吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：64 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
三组样本的总离子流程图
第3章实验结果22行主成分分析，得到三维主成分分析得分图（图3.2）。在得分图中，样本间代谢物的差异越大，相距越远；代谢物的信息相近则聚集在同一区域。通过主成分分析得分图可以直观地了解同组样本内部及不同样本间的聚集及离散趋势。同组尿液样本的代谢物相似，因而在主成分分析图上分布的比较聚集。图中样本分为4组，不同的颜色代表不同的样本，即质量控制组、进展期胃癌组、早期胃癌组及健康组。图3.2所示，不同尿液样本间离散较远提示代谢产物可能存在较大差异，而同组尿液样本聚集良好则说明代谢物的差异校因此，从主成分分析得分图可知，三组不同的尿液样本间可能存在差异性代谢产物。图3.2三维主成分分析图NOR：健康组EGC：早期胃癌组AGC：进展期胃癌组QC：质量控制组3.4方差分析获得的原始数据经matlab软件归一化、标准化等处理后，将数
第3章实验结果23据导入MetaboAnalyst4.0软件，对健康组、早期胃癌组及进展期胃癌组三组尿液样本数据进行方差分析。在对方差分析的结果进行筛选时，以F值和P值作为主要依据。F值用来评估组间差异，F越大，表示差异越显著，拟合程度也就越好，若F值接近1，则说明各组均值间的差异没有统计学意义，若F值远大于1，则说明各组均值间的差异有统计学意义；P值是衡量控制组与实验组差异大小的指标，P值小于0.05时表示两组存在显著差异。如图3.3所示，输入条件为F值远大于1且P值小于0.05时，筛选出的差异产物由红色表示，即可认为是有意义的代谢产物。本次实验经方差分析共筛选出324个具有统计学意义的代谢物。图3.3方差分析图3.5偏最小二乘判别分析（PLS-DA）应用MetaboAnalyst4.0软件中的偏最小二乘判别分析（PLS-DA）方法对方差分析筛选出的差异性代谢产物进行判别分析。在判别分析
【参考文献】：
期刊论文
[1]Chinese guidelines for diagnosis and treatment of gastric cancer 2018（English version）[J]. National Health Commission of the People’s Republic of China;. Chinese Journal of Cancer Research. 2019(05)
[2]1989～2014年中国胃癌发病率与统计年鉴指标的相关性分析[J]. 韩川,吴琼,倪阵,袁挺,张剑,刘洁,孙妮娜,石淼,刘彩芳,时永全. 肿瘤预防与治疗. 2019(05)
[3]Biomarkers of gastric cancer: Current topics and future perspective[J]. Tasuku Matsuoka,Masakazu Yashiro. World Journal of Gastroenterology. 2018(26)
[4]Cancer incidence and mortality in China, 2014[J]. Wanqing Chen,Kexin Sun,Rongshou Zheng,Hongmei Zeng,Siwei Zhang,Changfa Xia,Zhixun Yang,He Li,Xiaonong Zou,Jie He. Chinese Journal of Cancer Research. 2018(01)
[5]Predictive and prognostic value of serum AFP level and its dynamic changes in advanced gastric cancer patients with elevated serum AFP[J]. Ya-Kun Wang,Lin Shen,Xi Jiao,Xiao-Tian Zhang. World Journal of Gastroenterology. 2018(02)
本文编号：3470675
【文章来源】：吉林大学吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：64 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
三组样本的总离子流程图
第3章实验结果22行主成分分析，得到三维主成分分析得分图（图3.2）。在得分图中，样本间代谢物的差异越大，相距越远；代谢物的信息相近则聚集在同一区域。通过主成分分析得分图可以直观地了解同组样本内部及不同样本间的聚集及离散趋势。同组尿液样本的代谢物相似，因而在主成分分析图上分布的比较聚集。图中样本分为4组，不同的颜色代表不同的样本，即质量控制组、进展期胃癌组、早期胃癌组及健康组。图3.2所示，不同尿液样本间离散较远提示代谢产物可能存在较大差异，而同组尿液样本聚集良好则说明代谢物的差异校因此，从主成分分析得分图可知，三组不同的尿液样本间可能存在差异性代谢产物。图3.2三维主成分分析图NOR：健康组EGC：早期胃癌组AGC：进展期胃癌组QC：质量控制组3.4方差分析获得的原始数据经matlab软件归一化、标准化等处理后，将数
第3章实验结果23据导入MetaboAnalyst4.0软件，对健康组、早期胃癌组及进展期胃癌组三组尿液样本数据进行方差分析。在对方差分析的结果进行筛选时，以F值和P值作为主要依据。F值用来评估组间差异，F越大，表示差异越显著，拟合程度也就越好，若F值接近1，则说明各组均值间的差异没有统计学意义，若F值远大于1，则说明各组均值间的差异有统计学意义；P值是衡量控制组与实验组差异大小的指标，P值小于0.05时表示两组存在显著差异。如图3.3所示，输入条件为F值远大于1且P值小于0.05时，筛选出的差异产物由红色表示，即可认为是有意义的代谢产物。本次实验经方差分析共筛选出324个具有统计学意义的代谢物。图3.3方差分析图3.5偏最小二乘判别分析（PLS-DA）应用MetaboAnalyst4.0软件中的偏最小二乘判别分析（PLS-DA）方法对方差分析筛选出的差异性代谢产物进行判别分析。在判别分析
【参考文献】：
期刊论文
[1]Chinese guidelines for diagnosis and treatment of gastric cancer 2018（English version）[J]. National Health Commission of the People’s Republic of China;. Chinese Journal of Cancer Research. 2019(05)
[2]1989～2014年中国胃癌发病率与统计年鉴指标的相关性分析[J]. 韩川,吴琼,倪阵,袁挺,张剑,刘洁,孙妮娜,石淼,刘彩芳,时永全. 肿瘤预防与治疗. 2019(05)
[3]Biomarkers of gastric cancer: Current topics and future perspective[J]. Tasuku Matsuoka,Masakazu Yashiro. World Journal of Gastroenterology. 2018(26)
[4]Cancer incidence and mortality in China, 2014[J]. Wanqing Chen,Kexin Sun,Rongshou Zheng,Hongmei Zeng,Siwei Zhang,Changfa Xia,Zhixun Yang,He Li,Xiaonong Zou,Jie He. Chinese Journal of Cancer Research. 2018(01)
[5]Predictive and prognostic value of serum AFP level and its dynamic changes in advanced gastric cancer patients with elevated serum AFP[J]. Ya-Kun Wang,Lin Shen,Xi Jiao,Xiao-Tian Zhang. World Journal of Gastroenterology. 2018(02)
本文编号：3470675
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