生信分析探索SPP1与EGFR突变NSCLC免疫逃逸的相关性
发布时间：2021-11-17 01:41
目的:本研究利用TCGA公共数据库肺腺癌患者RNA-seq数据集分析EGFR突变对肿瘤微环境（Tumor Microenvironment,TME）的影响以及与分泌型磷蛋白1（secreted phosphoprotein 1,SPP1）介导免疫逃逸的相关性,为指导临床治疗提供新的思路。方法:通过卡方检验或Fisher确切概率法分析不同临床特征间在EGFR基因突变率的差异。采用Wilcoxon秩和检验对比肿瘤组织和癌旁组织,以及EGFR突变型和野生型患者SPP1的表达差异。利用CIBERSORT分析TCGA肺腺癌患者22种免疫细胞浸润情况,分别对比EGFR基因突变以及SPP1表达差异对免疫细胞浸润影响。本研究使用R（3.4.3版本）和SPSS软件（26.0版本）进行分析和作图,以P<0.05表示差异具有统计学意义。结果:1.EGFR基因突变与患者临床特征的关系EGFR基因突变率在不同性别存在差异,女性较男性更容易发生（P=0.002）。不同年龄组、种族、TNM、Stage分期的患者EGFR基因突变率未发现统计学差异。TP53野生型和突变型患者伴随EGFR突变概率未观察到显著差异（...
【文章来源】：河北医科大学河北省
【文章页数】：41 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
EGFR野生型（蓝）与EGFR突变型（红）患者TME中22种免疫细胞浸润差异Fig.1Differencesininfiltrationof22typesofimmunecellsinTMEbetween
14图2.不同组织SPP1表达情况Fig.2ExpressionofSPP1indifferenttissuesTheexpressionofSPP1intumortissuesaresignificantlyhigherthanparacanceroustissues（A）,andtheexpressionofSPP1inEGFRmutantpatientsaresignificantlyhigherthanEGFRwild-typepatients（B）4.SPP1高表达组与低表达组22种免疫细胞浸润差异为了研究SPP1的表达水平对免疫微环境的影响，我们运用CIBERSORT探索了高和低SPP1表达组中22种免疫细胞浸润比例的差异情况。结果如图3所示，低表达组208例和高表达组232例符合筛选标准。与低表达组相比，SPP1高表达组静止的NK细胞（P=0.047），M0型巨噬细胞（P<0.001），M2型巨噬细胞（P=0.0014），嗜中性粒细胞（P<0.001）所占比例更高。相反，与高表达组相比，SPP1低表达组幼稚B细胞（P=0.025），记忆B细胞（P=0.012），CD8+T细胞（P<0.001），记忆性CD4+T细胞（P=0.019），滤泡辅助性T细胞（P=0.039），激活的NK细胞（P=0.033），激活的树突状细胞（P=0.0083），静止的肥大细胞（P<0.001）所占比例更高。因此，这些发现表明SPP1高表达组M2型巨噬细胞所占比例明显更高，CD8+T细胞，B细胞，滤泡辅助性T细胞，NK细胞以及激活的树突状细胞等免疫效应细胞浸润程度较少。
15图3SPP1低表达（蓝）与SPP1高表达（红）患者TME中22种免疫细胞浸润差异Fig.3Differencesininfiltrationof22typesofimmunecellsinTMEbetweenSPP1lowexpression(blue)vsSPP1highexpression(red)patients5.SPP1表达与免疫细胞浸润的相关性分析我们对SPP1表达与不同免疫细胞浸润程度的Spearman相关性分析发现，发现SPP1的表达增加与CD8+T细胞（r=-0.374）、中央型CD4+记忆T细胞（r=-0.236）、滤泡辅助T细胞（r=-0.276）、激活的NK细胞（r=-0.208）、激活的树突状细胞（r=-0.157）浸润程度呈负相关；与巨噬细胞（r=0.405）、M2型巨噬细胞（r=0.285）、静止的树突状细胞（r=0.155）呈正相关。
【参考文献】：
期刊论文
[1]常用肿瘤基因分析方法及基于TCGA数据库的分析应用[J]. 李鑫,李梦玮,张依楠,徐寒梅. 遗传. 2019(03)
本文编号：3499978
【文章来源】：河北医科大学河北省
【文章页数】：41 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
EGFR野生型（蓝）与EGFR突变型（红）患者TME中22种免疫细胞浸润差异Fig.1Differencesininfiltrationof22typesofimmunecellsinTMEbetween
14图2.不同组织SPP1表达情况Fig.2ExpressionofSPP1indifferenttissuesTheexpressionofSPP1intumortissuesaresignificantlyhigherthanparacanceroustissues（A）,andtheexpressionofSPP1inEGFRmutantpatientsaresignificantlyhigherthanEGFRwild-typepatients（B）4.SPP1高表达组与低表达组22种免疫细胞浸润差异为了研究SPP1的表达水平对免疫微环境的影响，我们运用CIBERSORT探索了高和低SPP1表达组中22种免疫细胞浸润比例的差异情况。结果如图3所示，低表达组208例和高表达组232例符合筛选标准。与低表达组相比，SPP1高表达组静止的NK细胞（P=0.047），M0型巨噬细胞（P<0.001），M2型巨噬细胞（P=0.0014），嗜中性粒细胞（P<0.001）所占比例更高。相反，与高表达组相比，SPP1低表达组幼稚B细胞（P=0.025），记忆B细胞（P=0.012），CD8+T细胞（P<0.001），记忆性CD4+T细胞（P=0.019），滤泡辅助性T细胞（P=0.039），激活的NK细胞（P=0.033），激活的树突状细胞（P=0.0083），静止的肥大细胞（P<0.001）所占比例更高。因此，这些发现表明SPP1高表达组M2型巨噬细胞所占比例明显更高，CD8+T细胞，B细胞，滤泡辅助性T细胞，NK细胞以及激活的树突状细胞等免疫效应细胞浸润程度较少。
15图3SPP1低表达（蓝）与SPP1高表达（红）患者TME中22种免疫细胞浸润差异Fig.3Differencesininfiltrationof22typesofimmunecellsinTMEbetweenSPP1lowexpression(blue)vsSPP1highexpression(red)patients5.SPP1表达与免疫细胞浸润的相关性分析我们对SPP1表达与不同免疫细胞浸润程度的Spearman相关性分析发现，发现SPP1的表达增加与CD8+T细胞（r=-0.374）、中央型CD4+记忆T细胞（r=-0.236）、滤泡辅助T细胞（r=-0.276）、激活的NK细胞（r=-0.208）、激活的树突状细胞（r=-0.157）浸润程度呈负相关；与巨噬细胞（r=0.405）、M2型巨噬细胞（r=0.285）、静止的树突状细胞（r=0.155）呈正相关。
【参考文献】：
期刊论文
[1]常用肿瘤基因分析方法及基于TCGA数据库的分析应用[J]. 李鑫,李梦玮,张依楠,徐寒梅. 遗传. 2019(03)
本文编号：3499978
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