三阴性乳腺癌肿瘤微环境特征免疫相关生物学标志物筛选及功能预测分析

发布时间：2021-11-26 22:13

　　目的通过研究三阴性乳腺癌（TNBC）患者中的免疫微环境细胞浸润情况,从免疫微环境层面对TNBC患者的预后进行分析,提出新的TNBC免疫预后相关生物学标志物并描述其在TNBC中的生物学过程,为临床治疗TNBC提供新的治疗靶点。方法检索GEO TNBC相关公开数据库并下载样本的转录组学信息,通过CIBERSORT分析TNBC患者的免疫细胞成分,再通过无监督聚类对TNBC患者的免疫细胞成分进行聚类,寻找最佳的分类类型。采用差异基因分析探索TNBC中表达量异常的基因;通过lasso-logistic模型进行降维筛选免疫亚型的生物标志物;通过WGCNA进行基因共表达分析,并通过GSEA分析基因模块的主要富集的通路注释其参与的生物学过程。结果通过整理下载的GSE103091数据,共纳入包含mRNA数据和完整总生存数据TNBC患者100例,其免疫细胞成分可分两类:低免疫浸润组43例,其中转移19例（44.2%）;高免疫浸润组57例,其中转移11例（19.3%）,两组转移患者比例差异有统计学意义（χ2=6.09,P=0.01）。低免疫浸润主要受到正向免疫调节相关通路和细胞刺激因子相关通路的调控,患者总... 

【文章来源】：中国肿瘤外科杂志. 2020,12(04)

【文章页数】：8 页

【部分图文】：

三阴性乳腺癌免疫成分的一致性聚类分析

为了描述上述分析得到的5个免疫分组生物学标志物(FOLH1、WDR18、LINC00638、OAS3、SETDB2)，我们采用WGCNA进行共表达分析，再通过基因富集分析描述与此5个基因共表达模块的生物学功能，推测此5个基因的生物学功能。结果发现，FOLH1共表达在黑色模块中，WDR18共表达在天青色模块中，这两个基因主要生物学功能与肿瘤增殖相关;LINC00638共表达在棕色模块中，主要生物学功能与T细胞激活等免疫相关;OAS3共表达在黄绿色模块中，主要生物学功能与病毒基因降解通路相关;SETDB2被分类在灰色模块中，由于灰色模块为非聚类基因集合，所以SETDB2在TNBC中发挥的作用还需要进一步研究。见图7。图3 低免疫浸润组的功能富集分析

低免疫浸润组的功能富集分析


本文编号：3521012