环状RNA在食管鳞癌患者中的表达谱及预后价值

发布时间：2024-02-13 23:46

　　目的食管鳞状细胞癌(Esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)是一种高侵袭性、预后较差的胃肠道恶性肿瘤。环状RNA在不同组织或不同发育阶段表达的差异性和其环状结构的稳定性使其可能作为一种良好的预后标志物。本研究的目的是探讨环状RNA在食管鳞癌患者中的表达谱,识别出具有预后意义的环状RNA,并利用环状RNA相关特征来预测食管鳞癌患者的生存期。资料及方法通过RNA-seq检测73对食管鳞癌患者的肿瘤组织和正常组织的环状RNA表达谱。采用主成分分析(Principal Component Analysis,PCA)、T分布随机近邻嵌入算法(T-Distribution Stochastic Neighbour Embedding,t-SNE)和层次聚类等生物信息学方法分析环状RNA的表达特征。以73对食管鳞癌患者为测试组,以125例术后食管鳞癌患者的独立队列作为验证组。经过实时定量PCR(Real-time quantitative PCR,qRT-PCR)、琼脂糖凝胶电泳、RNA荧光原位杂交(RNA fluorescence in situ hybri...

【文章页数】：59 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图１?Ａ：环状ＲＮＡ在７３个食管鱗癌术后患者的肿瘤组织和癌旁组织中的表达谱；Ｂ：环状??ＲＮＡ可变剪接体的数量与其基因中外显子数目成正比；Ｃ：环状ＲＮＡ转录本在各个样本??中表达的丰度

?结果???２结果??２．１环状ＲＮＡ在食管癌患者中的表达谱??我们从７３个食管鳞癌术后患者的肿瘤组织和癌旁组织中提取总ＲＮＡ，采??用ＲＮａｓｅＲ消除线性ＲＮＡ，对环状ＲＮＡ转录本进行富集，经高通量测序分析，??从这些样本中共检测到１２８１６５种环状ＲＮＡ，其中２５９４５种环状....

图２?Ａ：经ＰＣＡ及ｔ－ＳＮＥ无监督聚类分析后，可将组织样本分为２组，红色为肿瘤组织，??蓝色为正常组织；Ｂ：在食管癌组织样本和癌旁组织样本中，前２０位差异表达的环状ＲＮＡ

?结果???２．２环状ＲＮＡ食管癌组织与癌旁组织中差异表达??针对７３对食管癌患者组织样本的环状ＲＮＡ的表达谱，用Ｒ包Ｓｅｕｍｔ进行??ＰＣＡ、ｔ－ＳＮＥ降维及无监督聚类分析。我们发现，根据环状ＲＮＡ的表达谱，可??将样本识别并分成两个组，查阅与他们相对应的临床资料，我们发现其中....

图３?Ａ：环状ＲＮＡ在７３对癌组织及癌旁组织中的表达；Ｂ：琼脂糖?

■一?—???—?ｈｓａ＿ｃｉｒｃ＿０００１８２１－２５１ｂｐ??２００ｂｐ?ＺＺ．?ｍｍ?？？?ｍｍ?＾?？？?？？?ｈｓａ＿ｃｉｒｃ＿０００２８７４－１９５ｂｐ??２〇〇ｂｐ：?？？簡ｈｓａ＿ｄｒｃ＿〇〇〇１７〇７＿１６８ｂｐ??ｌＯＯｂｐ?Ｉ?ｈｓａ＿ｃｉｒｃ＿００００４７....

图４：与ＥＳＣＣ患者的ＯＳ显著相关环状ＲＮＡ?（Ｐ＜?０．０５）及其在转录本中的位置??

?结果???６??，１０２９?Ｅｘｏｎ、??①?Ｉｎｔｒｏｎ?６８??４?－?Ｘ＾＾＾ｌｎｔｅｒｇｅｎｉｃ?ｒｅｇｉｏｎ?１０５??ＣＤ?？?．?？？??＞??￥?＃Ｚ、??－２?０?２?４??ＣＯＸ?ｃｏｅｆｆｉｅｎｔ??图４：与ＥＳＣＣ患者的ＯＳ显著相关环状ＲＮＡ?（Ｐ＜?０....

本文编号：3897405