氢气通过调控CD47/CDC42通路抑制肺癌进展的研究

发布时间：2024-02-29 22:43

　　第一部分氢气干预肺癌细胞的蛋白质组学分析目的:探究氢气干预对肺癌细胞A549蛋白表达水平的影响,以探究氢气抑制肺癌进展的相关机制。方法:将A549细胞分为2组,对照组和60%氢气组,每组设置三个重复实验。氢气处理72 h后收集蛋白,对两组A549细胞中提取的蛋白进行非标记定量蛋白组测序确定2组差异表达蛋白,随后对照这些差异蛋白进行基因本体(Gene Ontology)、KEGG pathway和蛋白-蛋白相互作用(Protein-protein interaction)分析。此外,选取肺癌A549和H1975细胞,均分为对照组和60%氢气处理组,分别应用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(Real-time fluorescent quantitative reverse transcription polymerase chain reaction,q RT-PCR)和蛋白免疫印迹技术(western blotting)检测2组细胞中CD47 m RNA和蛋白的相对表达水平。结果:1.较对照组相比,氢气处理可造成58个蛋白表达差异,其中包含35个上调蛋白,23个下调蛋白;2.58个差异表...

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【部分图文】：

图1蛋白丰度分布图。y轴代表蛋白的绝对量,不同颜色代表该蛋白是否差异表达

如下图1所示,本研究中细胞样本中蛋白的动态范围大于6个数量级。3.定量重复性

图2对照组(NC)和氢气处理组(H)蛋白的定量重复性

定量重复性决定了定量实验的灵敏度和可靠性,无需技术重复,故这里只对生物学重复进行重复性评估。组间定量变异系数越小,表明定量重复性高。如下图2所示,本研究中2组样本中绝大部分蛋白没有表达差异,表明样品之间具有很高的一致性。4.差异表达蛋白分析

图3两组样本中差异蛋白的火山图。深绿色表示下调的蛋白,橙黄色表示上调的蛋白,浅黄色表示无统计学差异的蛋白

本次实验中,多肽和蛋白水平FDR均控制在0.01,差异倍数选择鉴定及定量结果统计如下:当蛋白的表达倍数差异(ratioA/B>1.5),Pvalue<0.05时认为蛋白在不同组间的表达具有显著性差异。据统计,本研究共检测27184个多肽、3395种蛋白、2510个可定量蛋白,....

图4差异蛋白的层次聚类分析图。顶端颜色条代表样品分组情况,底端为对应样品名称,右侧图例Z-score以颜色代表蛋白的相对表达水平,红色表示上调,蓝色表示下调

图3两组样本中差异蛋白的火山图。深绿色表示下调的蛋白,橙黄色表示上调的蛋白,浅黄色表示无统计学差异的蛋白此外,表1列出了5个上调(HIST1H1C、HIST1H2AH、A0A024R4F1、hCG_24991、LSM2)和下调(BAT3、CD47、ACOT13、CLPP、CHM....

本文编号：3915042