胶质瘤基因芯片表达与其临床特征预后的研究

发布时间：2024-04-14 04:35

　　[目的]通过整合生物信息学分析NCBI-GEO数据库基因表达谱及CGGA数据库mRNAseq转录组数据和临床数据,探讨胶质瘤患者的差异基因和临床性状及预后因素,进一步研究胶质瘤进展的分子机制。[方法]本研究从GEO数据库下载表达谱芯片(Expression profiling by array)和中国脑胶质瘤基因组图谱CGGA数据库下载共1018个mRNAseq转录组表达数据及临床数据。采用GEO2R在线工具分析筛选GEO数据库中正常组织和胶质瘤患者病理组织中存在的差异基因。从CGGA数据库筛选出与临床性状相关的基因,利用韦恩图得到上述基因有交集的目标基因。采用Kaplan-Meier(KM)分析探讨目标CHI3L2表达的预后价值。利用ROC曲线下面积评估其预测准确性。采用Wilcox检验及Kruskal检验分析CHI3L2与临床特征相关性,并分析具有相关性的基因。建立PPI蛋白互作网络,运用GO功能富集分析及KEGG通路富集分析,探讨差异基因潜在的作用机制。利用DRUG-BANK数据库对筛选出的核心基因进行药物靶点网络预测治疗靶点。R语言包行统计计算和图形绘制。[结果]1、通过GEO...

【文章页数】：47 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图１差异基因分析??

标基因的筛选??我们从ＮＣＢＩ－ＧＥＯ数据库选择基因芯片ＧＳＥ１９７２８、ＧＳＥ４４９７１及ＧＳＥ５０丨６１；??采用ＧＥ０２Ｒ及绘制韦恩图分析上述芯片中正常与肿瘤组织的共同的差异基因??（图丨），分别为上调基因共２７４个、下调基因共４６个（表１）。??ＧＳＥ５０１５Ｊ．ＱＳＥ４....

图２目标基因??

?Ｅ－０４??ＴＸＮ?７．６７?６．６７Ｅ－４３?９．１１?１．５６?３．８０Ｅ－０４?９．９１Ｅ－０１?２．４６?９．１１Ｅ－２８?４．０６Ｅ－４８?６??ＤＣ１?Ｅ－０２?Ｅ－４３?Ｅ－０１?Ｅ－０５??２??ＨＩＳ?２．２４?２．２８Ｅ－１２?２．１３?９．３４?１．００Ｅ....

图３生存曲线??

?昆明医科大学硕士学位论文???表５目标表达基因??Ｎａｍｅｓ?ｔｏｔａｌ?ｅｌｅｍｅｎｔｓ??ＧＥＧｓ?＆?ＣＧＧＡ?４?ＰＤＰＮ??ＡＢＣＣ３??ＣＨＩ３Ｌ２???ＳＥＲＰＩＮＡ３???２目标基因的生存曲线??运用Ｓｕｒｖｉｖａ丨包及Ｓｕｒｖｍｉｎｅｒ包对具有独立预测能力且临....

图４ａ单因素独立预后分析??

?昆明医科大学硕士学位论文???３目标基因的独立预后分析??单因素独立预后分析（图４ａ）显示ＣＨＩ３Ｌ２高表达与较差的总体生存率（ＯＳ）??显著相关（风险比ＨＲ：?１．２２５；９５％置信区间［ＣＩ］：?１．１８５－１．２６７；Ｐ＜０．００１）。且患者年??龄、化疗状态、肿瘤复发、....

本文编号：3954125