基于甲基化的年龄推断模型构建与效能评估

发布时间：2021-11-29 01:24

　　目的:筛选与中国北方汉族男性个体年龄显著相关的DNA甲基化位点并构建年龄推断模型。方法:结合现有文献和基于前期研究筛选位点,从中筛选出21个与年龄高度相关的甲基化候选位点。并通过UCSC genome browser下载21个DNA甲基化位点所在的21个DNA片段,对这21个DNA片段序列运用Agena Bioscience EpiDesigner software进行引物设计,共获得153个DNA甲基化位点数据。最后运用EpiTYPER技术平台,在476个北方汉族男性血液DNA中检测21个扩增片段在内的153个DNA甲基化位点,并将所有数据结果进行年龄Pearson相关性分析,运用相关系数r值（|r|>0.5）,依据AIC值,和显著水平P（P<0.005）值,拟合线性回归方程构建年龄推断模型。结果:通过关联性分析,从153个DNA甲基化位点中,最终筛选出8个与年龄高度相关的DNA甲基化位点,CpG1、CpG2、CpG4、CpG7、CpG8这5个位点分别位于TRIM59、RASSF5、Clorf132、CSNK1D、ELOVL2基因上,CpG5、CpG6均位于PDE4C上,... 

【文章来源】：山西医科大学山西省

【文章页数】：53 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

琼脂糖凝胶电泳检测扩增后的纯化产物显示结果

2.1 年龄相关性位点筛选结果为了筛选出适合推断中国北方汉族男性年龄的 DNA 甲基化位点，本研究以EpiTYPER 技术平台为基础，结合文献[1,18,20-29]中已报道的及前期工作积累的血液DNA 中与年龄相关的 21 个 DNA 甲基化位点，经过引物设计，及 PCR 扩增，纯化，T 切等步骤，共检测了 476 份男性血液样本中 21 个扩增片段内的 153 个 CpG 位点。用其中 352 份没有缺失值的样本作为训练集构建年龄推断模型，通过分析 352 份样本的年龄与 153 个 CpG 位点之间的相关性，从 153 个候选位点中筛选出 80 个与中国北方汉族男性年龄相关的 DNA 甲基化位点[图 3 153 个甲基化位点以 cg 表示]，然后运用 AIC 结合多元线性回归方法进一步筛选 CpG 位点，结果筛选出 22 个与年龄相关的 CpG 位点。但由于 CpG 位点过多不适用于法医学运用，需要继续筛选位点，结合AIC理论，删除AIC增量最小的CpG位点，同时保证剩下的CpG的P<0.005，最终筛选出 8 个与年龄高度相关的 CpG 位点，位于 7 个基因片段上（表 6）。

PDE4C 19 18233127/31/33 CpG island x6 CSNK1D 17 82273978 S_Shore x7 ELOVL2 6 11044628/31/34 CpG island x8找到相关基因名称；2）无法确定国北方汉族男性年龄推断模型TYPER 技术平台检测的 476 份男性样本，用其中 352 份作为训练集（T筛选出与年龄高度相关的 8 个 CpG 位点，并基于这 8 个 CpG 位点，龄（y）与实际年龄之间的年龄推断模型：7.93+31.14x1-19.73x2+22.35x3–18.80x4+22.85x5+36.57x6-33.02x7+46.33x8，0.93，MAD=2.69 岁，RMSE=3.96，其 MAD 的 95%置信区间为[2.39,断模型可以用于解释 93%的年龄变化（图 4）。图 5 为基于 352 份样本

【参考文献】：
期刊论文
[1]DNA甲基化与年龄推断[J]. 徐程,丰蕾,杨帆,李彩霞,凃政,胡兰.  中国法医学杂志. 2014(05)
[2]甲基化特异性定量PCR技术的应用研究进展[J]. 刘洋,钟文雯,王莉莉,于力,朱宏丽.  山东医药. 2014(19)
[3]DNA甲基化与衰老研究进展[J]. 李春宏,张志勇.  中华疾病控制杂志. 2008(04)
[4]DNA甲基化研究及其检测方法的新进展[J]. 李波,乔振华.  山西医科大学学报. 2006(03)



本文编号：3525555