基于XML的种猪遗传评估系统的应用研究

发布时间：2017-08-16 10:10

  本文关键词：基于XML的种猪遗传评估系统的应用研究

  更多相关文章： XML文档 遗传评估 种猪管理 亲缘关系 种猪谱系

【摘要】：养猪业在畜牧业中占据着核心地位,猪肉是肉食品中蛋白质的主要来源,养猪业的生产效益影响着整个国家畜牧业的经济效益乃至人民的生活水平。随着饲料、人工、防疫和物流成本的提高,养猪业已经进入高投入、高成本、高风险、微利的发展时期,有效提高养猪业的产量和猪的质量成为科研人员的一个重要研究课题。目前世界上养猪业发达的国家都在大力发展遗传育种技术,通过改良猪的遗传基因,持续地选择出优良的遗传个体繁殖后代,从而提高养猪业的生产效益。与其他遗传育种方法相比,Henderson提出的BLUP法能够充分利用候选个体及父母、同胞、后代等所有亲属信息,显著提高种猪遗传育种进展。现有的大多数种猪遗传评估系统的数据库基于关系模式,但关系模式在养猪管理存在如下不足之处:(1)每头猪的管理内容整齐划一,难以满足个体精细化管理;(2)基于数据表结构的操作,一头猪的有关数据分布在不同的数据表中,访问某头猪的数据需要通过多重连接,严重影响了数据操作的效率。随着互联网的快速发展,XML广泛应用于数据交换、电子商务交易和Internet信息传输等领域,已成为Web上信息表示和数据交换的一个重要标准。与传统关系数据库相比,XML的简易性、灵活性和自我描述性使其易于在任何应用程序中读写数据,更适合于半结构化数据的存取。本研究对基于关系模式的种猪遗传评估系统进行分析,针对关系模式在种猪数据管理方面的不足之处,提出了采用XML文档取代关系数据库的方案。一个XML文档集中保存一头猪从出生至死亡的所有数据,通过外部DTD定义XML文档结构的规则,同时引入树形种猪谱系,设计出基于XML的种猪遗传评估系统。通过设计XML文档集的树形目录管理,并且构建标志号生成器生成唯一的标志号作为XML文档的文件名,加快在XML文档集的索引速度。并且向XML文档中引入种猪谱系信息,在使用BLUP方法计算种猪遗传育种估计值过程中,利用树形谱系能够加快数据提取速度和改进分子血缘相关矩阵的计算方法。本研究根据用户的需求,采用B/S开发模式与XML技术,结合MVC三层架构思想,开发出基于XML的种猪遗传评估系统,实现种猪信息管理、谱系查询、亲缘关系查询、数据传输、遗传评估等基本功能。本研究主要通过采用XML文档集管理种猪数据,简化管理员管理数据难度,实现个体精细化管理以及提高育种计算效率。
【关键词】：XML文档 遗传评估 种猪管理 亲缘关系 种猪谱系
【学位授予单位】：华南农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：TP311.52
【目录】：

• 摘要3-4
• Abstract4-9
• 1 绪论9-14
• 1.1 研究背景和意义9-10
• 1.2 国内外相关研究10-12
• 1.2.1 国外相关研究10-11
• 1.2.2 国内相关研究11-12
• 1.3 主要研究内容12-13
• 1.4 章节安排13-14
• 2 种猪遗传育种相关研究14-25
• 2.1 遗传育种理论14-20
• 2.1.1 遗传评估方法14
• 2.1.2 动物模型BLUP14-15
• 2.1.3 方差组分估计15-17
• 2.1.4 分子血缘相关矩阵17-19
• 2.1.5 近交系数19-20
• 2.2 种猪数据管理20-24
• 2.2.1 种猪数据管理模式20-21
• 2.2.2 关系数据库21-23
• 2.2.3 关系数据库在养猪应用及其不足之处23-24
• 2.3 本章小结24-25
• 3 系统关键技术研究25-36
• 3.1 XML技术25-30
• 3.1.1 XML25
• 3.1.2 XML文档结构25-26
• 3.1.3 XML文档验证26-27
• 3.1.4 XML解析27-29
• 3.1.5 XML的优势29-30
• 3.2 XML在种猪管理的应用30-31
• 3.3 Web开发技术31-35
• 3.3.1 Java EE应用31-32
• 3.3.2 MVC模式32-34
• 3.3.3 Web技术在本系统中的应用34-35
• 3.4 本章小结35-36
• 4 基于XML的种猪遗传评估系统的分析与设计36-54
• 4.1 系统需求分析36-39
• 4.1.1 业务需求36
• 4.1.2 用户需求36-37
• 4.1.3 开发规程37-38
• 4.1.4 系统性能需求38
• 4.1.5 系统功能需求38-39
• 4.2 系统总框架设计39-42
• 4.2.1 系统架构分析39-40
• 4.2.2 系统架构设计40-41
• 4.2.3 系统特点41-42
• 4.3 系统功能设计42-43
• 4.4 数据库设计43-50
• 4.4.1 XML文档集管理43-44
• 4.4.2 数据库概念设计44-46
• 4.4.3 DTD设计46-47
• 4.4.4 XML文档标志号47-48
• 4.4.5 XML文档设计48-49
• 4.4.6 XML谱系设计49-50
• 4.5 在遗传育种方面应用XML50-53
• 4.5.1 动物模型BLUP法计算过程50-51
• 4.5.2 基于XML改进的数据提取51-52
• 4.5.3 基于XML改进的分子血缘相关矩阵求法52-53
• 4.6 本章小结53-54
• 5 基于XML的种猪遗传评估系统的实现54-62
• 5.1 系统环境54
• 5.2 系统功能实现54-59
• 5.2.1 系统管理模块54
• 5.2.2 种猪管理模块54-57
• 5.2.3 遗传育种模块57-59
• 5.2.4 XML文档实现59
• 5.3 系统测试59-61
• 5.4 本章小结61-62
• 6 结论62-64
• 6.1 总结62-63
• 6.2 展望63-64
• 致谢64-65
• 参考文献65-69
• 附录69
• 附录A 参加研究项目69
• 附录B 攻读学位期间研究成果69

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 张勤;丁向东;陈瑶生;;种猪遗传评估技术研发与评估系统应用[J];中国畜牧杂志;2015年08期

2 董怀冰;;基于XML技术的WEB信息收集方法研究[J];电子技术与软件工程;2015年03期

3 吴珍芳;;从种猪育种看中国养猪产业发展[J];今日养猪业;2014年12期

4 叶小平;汤庸;张智博;陈钊滢;林衍崇;;语义协同时态XML索引研究与实现[J];计算机学报;2014年09期

5 祝胜林;余联昌;吴同山;李岩;;XML数据管理在养猪管理中的应用研究[J];广东农业科学;2014年04期

6 赵长虹;;我国育种现状及解决办法[J];科技创新导报;2014年03期

7 位孟聪;;谈山东省种猪业存在的问题与发展对策[J];中国畜禽种业;2014年01期

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9 李娅兰;刘珍云;刘敬顺;王青来;;世界种猪育种体系及对我国种猪育种借鉴[J];中国畜牧业;2013年06期

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本文编号：682681